交通大學的另一支起源於1896年創辦於山海關的山海關北洋鐵路學堂。
由於19世紀末天津發生義和團運動，因此北洋大學堂的師生被波轉移到南洋公學繼續教學，從而近代中國第一批大學畢業生是在南洋公學畢業的。
南洋公學因為地處上海租界，較少受戰火侵擾。當時教學所用全為麻省理工學院的原版教材，時稱“東方MIT”。
南洋公學成立後幾經更名。1910年代後期改為南洋大學。之後又改為上海工業專門學堂。
1911年至1912年，唐文治長校期間，曾把“郵傳部高等實業學堂”改名為“南洋大學堂”。
1920年12月，北洋政府交通總長葉恭綽以交通部所屬上海工業專門學校、唐山工業專門學校、北平鐵路管理學校、北平郵電學校四校散居各地，不便管理，於1921年統一學製，統稱交通大學。而分稱各校為交通大學上海學校（滬校）、唐山學校（唐校）、北京學校（平校）。校慶4月8日也是取自交通要“四通八達”之意（唐校即今日之西南交通大學，校慶為5月15日）。
當時交通大學的老師大部分是留美博士，水平很高。而交通大學對學生的管理也很嚴格，因此畢業生大都較為優秀。當時交通大學在世界上也享有較高的知名度。錢學森去美國麻省理工學院求學時，發現許多課程與在交通大學學習的完全一樣，要求免修得到批準。茅以升從交通大學唐山工學院畢業去美國卡內基梅隆大學時，該校起初不承認交通大學唐校之學曆，故出題考核茅之水平，因為茅以升回答極為出色，故該校後來決定從此對交通大學的留學生免試入學。王安去美國哈佛大學時，由於抗戰沒有帶交大畢業證書和成績單，哈佛大學知道是交大畢業的，決定破格錄取。中華人民共和國原國家主席江澤民也畢業於交通大學。
抗日戰爭時期，交通大學上海分部內遷到重慶，唐山分部和北平分部也內遷到貴州遵義。
國共內戰之後，交通大學部分教職員隨國民政府遷至台灣，但國民政府直至數年後才允許在台校友於新竹複校，仍稱國立交通大學。
1955年，鑒於當時的國際形勢，同時也為支援西北教育建設，國務院決定交通大學在1955年至1957年兩個學年中分批遷往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，學校第一批西遷開始。最後實驗設備，圖書（約92%）和檔案的大部分，約60%的師生遷至西安，而其餘則留在上海。交通大學分為交通大學西安部分和交通大學上海部分。
1959年7月31日，經國務院批準，交通大學兩部分獨立建校，分別成立上海交通大學和西安交通大學。此時上海交通大學有19個專業，西安交通大學有23個專業。
聖約翰大學
聖約翰大學是一所19世紀末20世紀初中葉在上海的一所高等教育學府，是在華辦學時間最長的一所教會學校，1952年各院係被分拆並入其他各高等院校，原校址位於現在的華東政法學院所在地。
建國前，中國共有14所教會大學，分別是燕京大學、齊魯大學、東吳大學、聖約翰大學、之江大學、華西協和大學、華中大學、金陵大學、華南女子文理學院、湘雅醫科大學、金陵女子文理學院、滬江大學、嶺南大學、協和大學等。雖然數量不多，但起點很高。在當時的曆史條件下，特別是在20世紀20年代以後，教會大學在中國教育近代化過程中起著某種程度的示範與導向作用。因為它在體製、機構、計劃、課程、方法乃至規章製度諸多方麵，更為直接地引進西方近代教育模式，從而在教育界和社會上產生頗為深刻的影響。由此可見，教會大學史是中國近代教育史不可缺少的重要篇章，它們為中國高等教育作出了不可磨滅的貢獻。