核戰爭的邊緣
肯尼迪在積極探索美國社會“新邊疆”的同時，還麵臨著一個更為艱巨的任務，就是要製定出一種對外政策，以適應一個動蕩不定的世界。冷戰已經進入第16個年頭，而1961年局麵卻大大不同於1945年，評論家們紛紛撰寫文章，大談其“戰後世界的結束”。戰後初期形成的兩極對立的世界格局，不論在東方還是西方都出現了裂痕。共產主義陣營已不再是鐵板一塊，蘇、中關係的破裂已是世人皆知。在西方，一個繁榮起來的西歐和創造了經濟奇跡的日本不再承認美國在任何時候都是自由世界當然的領導者，不願一切都唯美國馬首是瞻。亞、非、拉三大洲新獨立的國家，共占世界人口的一半以上，它們超然於冷戰之外，而且經常認為，東、西方利害衝突和它們自己的需要毫不相關。
對於世界正在發生的上述種種變化，肯尼迪有著較為深刻的理解。
他認識到，在新形勢的挑戰麵前，美國的能力是有限的。他曾在自己1957年發表於《外交季刊》的一篇文章中指出：“美國人曆來總是表現出對自動執行的道義原則深信不疑，從而總是渴望能有天啟式的解決辦法和固定格局；他們必須懂得，當前國際政治中的大多數問題並不鼓勵這類不切實際的希望。”肯尼迪和杜勒斯的思維不同，他認為美國並沒有足夠的能力來解決世界上的一切難題。他在1961年時宣稱：“我們必須麵對這樣的事實：合眾國既非全能亦非全知。我們僅占世界人口的6％，我們不可能將我們的意願強加給另外那94％的人類；我們不可能糾正每一樁不公正的事，也不可能扭轉每一種逆境，因此不可能對每一個世界問題都有一個美國式的解決辦法。”
然而，另一方麵，肯尼迪又要極力增進美國的利益。他任參議員時就一再抨擊艾豪威爾的外交政策，他指責艾森豪威爾政府“遏製”共產主義不夠有力，忽視第三世界。他認為，大規模報複戰略是消極的、僵硬的，不能適應變化了的世界。他舉出朝鮮、印度支那、蘇伊士等事件為例，說明美國的原子彈對此無能為力，不能用來阻止那些“規模過小，不值得冒巨大危險去行進大規模報複”對美國安全的逐步侵害。因此，“大規模報複戰略把美國趕進了一個死胡同，在那裏，唯一的抉擇就是要麼毀滅世界，要麼低頭屈服。”他說美國在艾森豪威爾領導下已喪失了它的“卓越地位”，他的職責是要盡快地重新取得那種地位。肯尼迪就任總統後聲稱：“我們絕不能由於相信蘇聯或中國放棄了統治世界的野心而麻痹大意”，在首次國情谘文中他就把美國的對外戰略目標界定為“製止所有的戰爭，全麵戰爭或有限戰爭，核戰爭或常規戰爭，大戰爭或小戰爭”，從而做出把大規模報複戰略轉變為靈活反應戰略的重大決策。靈活反應戰略不僅要求美國保持核優勢，大力發展常規武裝力量，具備從事常規戰爭的能力，還要求建立特種部隊，從事反遊擊戰爭。
它集中體現了肯尼迪以實力進行全球擴張的思想。
盡管肯尼迪強調靈活反應戰略“必須適度而有選擇，有審慎思考的餘地”，“減少非理性的和未經思考的全麵戰爭的危險”，事實上他卻注定了要在一連串的危險事件中，比他的前任更多地采用了戰爭邊緣的政策。
1959年1月，古巴人民在菲德爾·卡斯特羅領導下，推翻了巴蒂斯塔獨裁政權，建立起以卡斯特羅為首的革命政權，並立即開展廣泛的社會經濟改革，特別是沒收了在古巴的美國企業和甘蔗種植園，實行國有化。這使美國深感不安。在古巴與蘇聯簽訂貿易條約後，艾森豪威爾政府揚言決不允許在西半球建立一個“受國際共產主義操縱”的政權。
1960年初，中央情報局根據艾森豪威爾總統的命令，在危地馬拉建立了訓練古巴流亡者的營地，試圖入侵古巴本土。肯尼迪上台後，下令國防部審查中央情報局製定的灘頭進攻計劃，並予以認可。肯尼迪希望通過推翻卡斯特羅政權來遏製所謂共產主義在西半球的蔓延。
1961年4月17日，由1，400多名流亡者組成的古巴旅，乘美國運輸船並在中央情報局雇用人員所駕飛機的掩護下，在古巴南海岸的豬灣登陸。這支入侵力量在登陸後的短短兩天時間內即被古巴政府軍擊潰。中央情報局所預言的古巴本土發生反卡斯特羅的起義並未發生。