結果，塔夫脫贏得了52％的普選票和321張選舉人票，而布賴恩隻得到162張選舉人票。
塔夫脫表示要與羅斯福保持一致，這是他被提名的原因，也是他當選的一個重要原因。1901年，羅斯福繼承了一個保守的政府，他本人卻並不因循守舊，而是積極地實行改革。當他在1909年3月卸任出國到非洲叢林去狩獵時，大多數美國人對他十分佩服，甚至是由衷的崇拜，並讚同或認可了他的政策。至於新當選總統塔夫脫如何實踐他所繼承的事業，還得拭目以待。
新總統塔夫脫就職時，華盛頓降下了一場暴風雪。但是，凜冽的天氣並沒有使塔夫脫高昂的熱情受到絲毫的影響。他充滿自信地發表了就職演說。他特別強調調整關稅率的必要性，宣布他將在不久召開的國會特別會議上討論降低關稅率問題，他還說到他打算建議修改憲法，並加強對托拉斯企業和州際貿易的管理。看起來，塔夫脫的確願意遵守自己的諾言，維護和推進前任總統的施政綱領。他是一位忠誠而恪守職責的共和黨人，認為共和黨是治理國家的唯一合格的政黨。
然而，塔夫脫在入主白宮後不久就遇到了各種嚴重的困難。這位身體圓胖、體重達300英磅的總統顯得非常和善，平易近人，天生一副溫良的性情。但在政治上卻又優柔寡斷，缺乏羅斯福那種雷厲風行、敢做敢當的行事風格。他以往的經曆是擔任法官和委任的行政官職，不曾有過羅斯福那種認為凡不屬法律禁止之事總統都能做得的觀點，而是認為行政首腦隻能做他根據憲法的特定權限允許他來做的事情。他生性不善於耍手腕，又無與人爭論的勇氣。他所受的東部教育和從政經曆促使他“循規蹈矩”。在理論上他對改革派的方案多有讚同，在實際行動上卻又不願違拗黨內那幫“老衛士”（即共和黨保守派）的意誌。
“老衛士”的代表人物在眾議院是伊利諾斯州的“喬大叔”———坎農，在參議院是羅得艾蘭州的奧爾德裏奇，他們控製了國會，對改革持抵製的態度，新總統卻沒有充分的準備和有效的手段來糾正他們的錯誤。
塔夫脫遇事小心謹慎，猶豫遲疑，但並非毫不通權達變。他同意必然變革的想法，但並不特別喜歡變革，更不喜歡被人催促著去進行變革。共和黨內的進步派迫切要求他加快改革的步伐，塔夫脫卻寧願按部就班、不慌不忙地進行。難怪有人取笑他說，塔夫脫在前進過程中“每邁出一步，都要與以往的足跡仔細地加以比較。”
塔夫脫通過召開修訂關稅的國會特別會議敲響了他執政的開場鑼鼓。他在競選演說中，曾許諾要適當降低關稅，這就使他得到了中西部農場主們的支持。中西部地區的很多商品（主要是農產品）都是對外輸出的，降低關稅的要求在這個地區更為迫切。人們還將生活費用的增長歸咎於關稅，並認為高關稅乃是“托拉斯之母”。
西部進步派指望總統支持降低關稅，可是，甚至是在國會特別會議召開之前，他們已初次感到失望了。塔夫脫組成了一個保守派的內閣，其中5名成員曾擔任大公司的法律顧問。來自內布拉斯加州的眾議院年輕議員喬治·諾裏斯和其他進步派要求塔夫脫采取行動，限製“老衛士派”頭子、保護主義者坎農議長的權力，遭到塔夫脫的拒絕。而且，在開始辯論關稅問題時，總統隻字不提他曾主張修訂關稅的看法。
在國會特別會議期間，紐約州眾議員塞裏諾·佩恩拿出一份現成的關稅法草案，其中規定將鐵礦石、亞麻和皮革列入免稅項目表，對鋼鐵、木材和其他許多項目實行減稅。這一草案在眾議院迅速獲得通過，但是在參議院卻遭到代表各製造業集團的參議員的抨擊。當它最後變成《佩恩———奧爾德裏奇關稅法》獲得參議院通過時，人們發現共作了847處修改，約600處是提高關稅。人們紛紛指責該法違背了共和黨要修訂關稅的諾言，奧爾德裏奇卻振振有詞地反駁說：“我們在什麼地方聲明過要修訂出往下削減的關稅呢？”參議員海伯恩更是恬不知恥，竟說什麼“就算共和黨人作過往下削減關稅的保證，人民也有足夠的聰明不去相信他們。”