隨後，工廠行政領導調整分工，馬全生負責工廠的供應、財務、基建、運輸等項工作，後又兼任總會計師。他嚴格按照國家財政政策，建立了公車使用、出差報銷等財務製度；采取一周停運一天，對運輸車輛進行維護和司機安全教育等措施，加強了安全管理。
按照上級的指示，工廠生產航空發動機的廠房需要大規模擴建。為了按時完成施工計劃，馬全生建議將基建科提升為基建處，下設若幹科室，以適應新形勢的需要。他日夜忙碌在工地上，組織水泥、磚等大宗建築材料的供應和生產。當時，施工單位提出冬季施工，要用蒸汽火車頭提供熱氣來滿足水泥養護的條件，馬全生找到哈爾濱鐵路局求援，在鐵路部門的大力支持下，不但解決了熱氣供應問題，還修通了工廠連接鐵路運輸網的專用鐵路線。這些建築至今仍在使用。
1969年6月—1970 年8 月，由於受“文化大革命”的衝擊，哈爾濱國營101 廠（現東北輕合金有限責任公司）的正常生產秩序受到嚴重衝擊，馬全生奉上級指示，與其他同誌組成“五人領導小組”來到該廠分管生產和行政工作。在新的工作環境中，馬全生虛心向同事學習、頻繁下車間了解情況，恢複正常生產秩序，完成國家生產計劃。
1976年1月—1981年8月，馬全生調到第三機械工業部精密機床修理總站擔任黨委書記兼站長。為了精密機床修理基地的恢複和重建，他奔走於中原和東北林區之間，積極組織鋼材、木材等建築材料，進行廠房、辦公樓等的基本建設。
1981年8月—1983年5月，馬全生再次調回東安機械廠擔任黨委書記。當時工廠正值生產任務銳減的困難時期，馬全生來到工廠後，組織召開了黨員代表大會，選舉產生了工廠黨委會，結束了工廠多年未開黨代會的局麵。他還根據工廠的實際，進行了工廠組織機構改革的有益嚐試。1983年5月退居二線後，在航空工業部和工廠黨委的領導下，組織了東安廠航空工業史的編撰工作。曾榮獲航空航天工業部先進離休老幹部、航空航天工業部和哈爾濱市編史修誌先進個人、黑龍江省首屆“金秋和諧伴侶”等榮譽稱號。1983年底離休。