為了早日填補中國轟炸機的空白，王西萍遵照周恩來總理的指示，赴蘇聯談判，引進圖－16轟炸機。1959年初，他組織國營偉建機器廠（現中航工業哈飛）和國營東安機械廠（現中航工業東安）承擔圖－16（中國型號轟6）的研製任務。1959年國慶前夕，使用蘇製零件裝配的第一架轟6 飛機首飛成功。他還積極支持國營洪都機械廠（現中航工業洪都）通過仿製米格－19，開展強5飛機的研製。
1956年製訂全國十二年科學技術發展規劃時，出現了飛機與導彈之爭，王西萍針對導彈與飛機的發展問題，曾多次向中央及有關領導反映，力陳兩者不可偏廢的正確見解。在國家科學技術發展規劃中，噴氣推進和火箭技術同時被列為重點項目。
王西萍十分珍視人才，能正確對待知識分子的出身和曆史問題，特別對有一定工作經驗的技術人員，敢於提拔重用，為航空工業延攬和培養了一批領導幹部和技術骨幹。
1958年，由於“左”傾錯誤的影響，航空產品質量受到嚴重衝擊，特別是從1958年開始試製的米格－19飛機（中國型號殲6）和米－4直升機（中國型號直5）出現了嚴重的質量問題。王西萍較早地發現問題，並立即采取有力措施予以糾正，從1959年年初開始，航空工業局連續在南昌、哈爾濱、西安召開會議，強調質量第一是航空工業永遠不可動搖的方針，要求恢複一切行之有效的規章製度。1960年年初，他又帶隊下廠，具體指導質量整頓。
王西萍經曆坎坷，在1960年召開的國防工業三級幹部會議上，曾受到錯誤的批判和處理，以“國民黨特務嫌疑”蒙冤被隔離審查兩年多，1963年重新分配工作。1963年王西萍調交通部工作，在此期間，他以極大的熱情投入到我國交通事業，主持和參加製訂了全國公路建設規劃及水運工業的規劃和布局。1972—1982年的10年間，他努力實現周恩來總理關於“三年改變港口麵貌”的號召，大力推進全國交通係統的船舶修造工業。在他的領導下，先後建成了一批大中型船廠、船塢，改造了一些老船廠，使交通係統10年造船總量突破200萬噸。改革開放以後，他力主開發建設蛇口工業區，對招商局的發展做出了重要貢獻。
王西萍於1993年去世。