一次，中國科學院“革命委員會”召開“兩條路線鬥爭座談會”，要求竺可楨參加。會上，一個發言人生拉硬扯，編造了許多理由，批判新中國成立以後中國科學院是修正主義黑線專了無產階級的政。聽到這些不顧事實的謊言，竺可楨的倔勁兒又上來了，他這時根本不顧忌個人的利害得失，義正詞嚴地對那個人的發言進行了反駁。他一一列舉新中國成立以來科學院在各個領域所取得的成就，然後以不容置疑的口氣說：“我認為，建國後科學院在兩條路線鬥爭中始終是紅線占主要地位。”
“大雪壓青鬆，青鬆挺且直。”竺可楨在自己隨時都有挨整被批的處境中，還竭盡所能去保護那些在運動中無辜受衝擊的幹部、知識分子免遭迫害。
當時，竺可楨每天都要接待和應付大量的來訪來函外調。所謂“外調”，就是外出調查那些在運動中被揭發和清理出來的人的所謂“曆史問題”。竺可楨當年曾大略地估計了一下，幾年下來他一共接待來自全國各地的外調人員達500多批。平均每年回複來函來人200多件次。他曾這樣難過地歎息道：“‘文革’中，我做不了其他的事，這類事倒成了重要任務。”
話雖這樣說，竺可楨也深知，他提供的材料，決定著被調查人的命運。所以，他從不理會那些外調人員給被調查人定下的調子和框框。每次麵對一個外調人員或一封外調信函，他總是認真查閱自己過去日記中的記錄，如實說明情況，再加以客觀地分析。有一次，為了弄清楚一位故人的一件往事，光翻閱過去的日記他就用了兩天的時間。
1973年，在“清理階級隊伍”的高潮中，外調人員找到竺可楨家，聲稱要調查抗日戰爭時期曾經參加過“青年遠征軍”的浙大學生的曆史問題。
盡管已經是30多年以前的事情，但竺可楨對當時的情形還記得清清楚楚。
那是在浙江大學西遷遵義以後，日本軍隊從廣西攻打貴州。貴州告急。貴陽一旦失守，遵義、重慶也危在旦夕。
大學生們的血液在沸騰，國將不國，怎能安心讀書？
浙大的92位青年大學生為了抗日救國，毅然決然投筆從戎，參加了“青年遠征軍”，奔赴抗日前線。當時擔任浙大校長的竺可楨深為他們的熱情和勇敢所感動，親自為他們送行，並在當天的日記裏一一記下了這92個學生的名字。
竺可楨找出了當年的日記，他激動地對外調人員說：
“這些學生當時都是些二十來歲的熱血青年，誰都知道離開大學校園奔赴前線這一去就可能永遠不能生還，但他們為了國家的利益寧願獻身。請你們設身處地地想一想，他們當初參加國民黨的軍隊，究竟何罪之有？”
麵對竺可楨入情入理的擺事實、講道理，外調人員不得不悻悻而去。
在那些“橫掃一切牛鬼蛇神”的日子裏，竺可楨還牽掛著作家、翻譯家葉君健，惦記著澄清葉君健挨整的所謂“曆史問題”。
那是1947年的事情。
當時，竺可楨作為中國科學家的代表，前往英國參加聯合國教科文組織的會議。那時，葉君健是留學英國的研究生，他被中國代表團聘請，擔任大會期間中國代表團的英文翻譯。而這段曆史，就成了葉君健參加國民黨組織活動的罪狀。
新中國成立後，葉君健在外文出版局工作，每次一有運動，他的這段曆史就要被抖摟一遍。“文革”中，他不但在政治上“靠邊站”，而且還一次又一次地被批鬥，要求他“交代曆史問題”，“說清楚”。
麵對外文出版局“造反派”喋喋不休的逼問，竺可楨嚴肅地駁斥他們道：“葉君健是一個翻譯，在當時的國際活動中做了積極有益的工作。我在當時是代表團正式成員，況且不予追究，你們如此對待一個做普通工作的翻譯，豈不缺乏政策依據？”
竺可楨的仗義執言，使那些“造反派”啞口無言。
諸如此類的事耗去了竺可楨大量的時間和精力。後來，他為了更快更方便地檢索查閱，便把自己日記中所涉及的較重要的人和事加以分類，編成了供他自己檢索的索引。