一、患上口腔癌
1923年4月的一個晚上，弗洛伊德使他的醫生菲力斯·道西大吃一驚，他要求醫生看他嘴裏那“令人不快樂”的東西。他接著說：“你要準備好，會看見你不喜歡的東西。”
看一眼就夠了，弗洛伊德患上了一種晚期的“口腔癌”！道西醫生再看了一眼，認為病情嚴重，需要活體解剖，並且動手術除去染病的薄膜。他們很快就安排好了。道西醫生寫道：“我們一起坐車到醫院，說好了手術完後他可以馬上回家。但是他失血較多，情況緊急，所以必須在醫院單人病房的床上休息，因為那時沒有其他的舒適病房空著。”
不久以後，就開始放射線治療了，這是一連串治療和手術的開端，希望可以防止疾病的蔓延。1923年5月10日，弗洛伊德回複亞伯拉罕給他的生日祝賀信，他尚能寫：“我又可以吃東西、工作和吸煙了！而我將試用你樂觀的口號：祝你青春永駐，萬年長青。”這封信代表著弗洛伊德麵對挑戰，努力不懈的精神。他一直到生命終了時，仍不屈不撓地表現出他真正的英雄本質。
巴德·格斯丁醫生檢查了開刀後的疤痕，認為他正在逐漸複原中。但是弗洛伊德對本地人不太信任，他覺得身體仍然不舒服。8月初，他去拉佛隆和女兒安娜會麵。安娜勸他馬上寫信給在維也納的菲力斯·道西醫生。
道西立刻回了信，並且決定從維也納出發，親自去看弗洛伊德。他抵達拉佛隆後，馬上發現癌細胞已經擴散，必須進行另一個更嚴重的手術。
可是再過幾天，精神分析的核心小組會就要聚集在聖克力斯多佛。而因為弗洛伊德早先計劃，要在8月底去羅馬，現在產生了兩個問題：第一，核心小組的成員，現在還不知道弗洛伊德的情況有多嚴重。他們會不會勸他接受手術（因為他看起來並不希望動手術）？第二，弗洛伊德應該照計劃去羅馬，還是立刻回維也納？
很顯然的，弗洛伊德沒有接受動手術的勸告，就去了羅馬。等他回到維也納之後才知道自己的病情已經很嚴重，而等到許多年後，才有人告訴他核心小組決定不讓他知道真正的情況。
那就是弗洛伊德等待動手術時，他接到一封信，使他感到很滿足。有一位美國的精神分析師，帶著一封史丹利·何爾的介紹信來拜訪他。何爾在信中讚美弗洛伊德說：
“你的成就比現在任何一個精神分析家都要高超！事實上，曆史將要證明，你對我們的貢獻和達爾文對生物學的貢獻相比較，有過之而無不及。我以為，如果你對那些叛離你的門徒寬容一點兒，也不會損及你崇高的學術地位。以我自己來說，你的工作一直是我過去15年來工作上的主要靈感泉源。它已經給予我對於精神生活上的嶄新觀念，你賜給我的，比任何人都要多。”
弗洛伊德讀這封信時，等待著他的是複雜的大手術。事實上，問題牽涉得很廣，外科醫生發現必須先在一個屍體上實驗，然後才能決定是否進行手術。事實上，需要動2次手術。第一個比較小的手術準備在10月4日進行，1周後再進行大手術。首先，嘴唇和麵頰必須割開很大的一個口子，然後將整個上顎和染病處右邊的軟肉割除。
第二個手術進行了7個鍾頭，要經過局部麻醉和一些鎮靜作用。在10月底，弗洛伊德就已經回到了柏格街19號。
現在，弗洛伊德正在康複中，他希望最壞的情形趕快過去，可是還不到2個星期，他的希望就破滅了。11月12日，將先前割下的組織樣品拿去化驗的醫生告訴他，疾病在繼續惡化中。他們建議再動手術，弗洛伊德也同意了，於是就在當天下午開刀。
這次事情看來都很順利，12月底以前，弗洛伊德回到家，顯然在迅速的複原中。
盡管13年後，惡性的細胞才再度被發現，但是弗洛伊德的災難卻繼續不斷。他將會經曆30多次的手術，以除去慢性發炎的地方和病變前的癌細胞組織。
二、帶病工作
1924年，有人建議弗洛伊德說，精神分析應該在銀幕上呈現給大眾，他的反應卻是恐懼和輕視。他不僅僅是恐懼他窮其一生之力所研究的成果會為了投大眾之所好而變成低級趣味，他更不相信精神分析的理論能在銀幕上解釋清楚。
不到6個月，弗洛伊德獲悉，德國最大的電影公司環球影片公司去找亞伯拉罕和沙克斯，想要他們指導如何製作關於精神分析的紀錄影片。他們說得很明白，不論弗洛伊德或他的同事幫不幫忙，他們都決定拍這樣的電影。
於是，一部叫做《靈魂的奧秘》的影片在1926年初發行，漢斯·沙克斯為看過電影的觀眾寫了一篇論文。當《靈魂的奧秘》在德國各地上映時，弗洛伊德更加直接地牽涉到一個早年就潛伏在精神分析上的問題——外行人執行精神分析的問題。這種新的治療方法應該隻準合格的醫生來執行或者也容許外行人參加。
在20世紀初，這問題幾乎沒有被認真地考慮過，在美國，知識分子普遍存在的意見是，隻有醫生可以執行精神分析，而在奧國，可以同時接受醫生和外行人執業。其他的國家采取折中的辦法，如倫敦的鍾士、柏林的艾丁頓等人，他們相信可由外行人執業的原則，但覺得它的實施應該以某些限製來維護——特別是事先應該經過醫生的推薦。
1925年貝德洪堡大會，允許五個歐洲學會和紐約精神分析學會加入國際訓練委員會後，歐洲和美國之間看法的分歧，開始要正麵衝突了。翌年，紐約州宣布外行人執行分析為非法，使一些弗洛伊德的助手大失所望。他們以外行人的身份來到美國，希望他們的服務受到鼓勵，但發現事情卻恰恰相反。
1929年在牛津召開的大會決議，診斷要和治療分開，而且外行的分析師不能為病人提供意見，或直接替病人看病，除非那病人是由一個合格醫藥分析師介紹來的。更多的討論繼續於1932年的德國維斯巴登、1934年的瑞士盧塞尼及1938年的法國巴黎被提出。盡管雙方都曾讓步，但曆次的大會都沒有解決這個問題。到了第二次世界大戰末，死亡和相繼移民外國，使歐洲的精神分析學會的人數銳減，實際掌握發言權的變成了美國人。
盡管弗洛伊德被疾病和死亡的陰影逐漸束縛，而且不斷有叛離的門徒，但他堅守他這一輩子的工作信心。他繼續提醒大眾，相信精神分析能治愈各種神經病現象是不正確的。早在1922年，他為《大英百科全書》所寫的一篇長文中，就提出這個警告。現在他說：“隻要有機體的因素仍然不能掌握，分析的許多地方就仍是在雲裏霧中。”幾年後他的《可中止的與不可中止的分析》的文章，使他的編輯詹姆斯·史特齊承認：“這篇文章給人的印象是，他對精神分析治療的效果感到悲觀。”
在弗洛伊德的研究重點改變得非常清晰可見之前，他曆經了許多次興趣的改變。他寫道：“我的興趣，經過了一輩子迂回於自然科學、醫學和精神治療以後，回到長久以前就使我著迷的文化問題上。我更清楚地發現，人類曆史事件、人類本質和文化發展間的互動、原始經驗的沉積（最著名的例子是宗教）以及自我、本我和超我三者間動態衝突的反映，精神分析就是在研究它們。”
弗洛伊德新論文的第一篇是《幻覺的未來》，開始於1927年初，完成於秋天，在11月出版。論文中認為宗教本身是幻覺，而他知道，他勢必再一次受到攻擊。但是對他來說，這並不是新的經驗，而且如果一個人在年輕時，就已經學會屹立於當代人的不同意之上，在他年老時，他知道不久後就要淩越於別人之上，那麼批評又能對他怎麼樣？
在那篇論文中，弗洛伊德主張，他並沒有增加什麼反對宗教的聲勢，而他的表達隻是“在那些偉大的前人的批評上，加了一些心理學的基礎”。
《幻覺的未來》中的觀念絕不是新的，它受到弗洛伊德30年來所發現的精神分析理論的支持。而這篇論文所引起的反應正是意料中的。在紐約，猶太人牧師納桑·克勒斯道出了一般人的觀念。他說：
“我們習慣於聽一個人談所有的主題，隻因為他在某一方麵做了一些令人注意的事。因為愛迪生知道電學，於是人們就要聽他的神學意見；因為一個人在航空科學上有成就，就有人要求他談宇宙萬物的事。大家都讚美弗洛伊德這位精神分析家，但是我們沒有理由也去尊敬他的宗教哲學！”
弗洛伊德總該有各種理由為《幻覺的未來》得到的反應高興，但是，他至少曾對一個訪客表示出不曾接受讚美的心情。
他以前的一個病人林拉佛果很熱心地讀了那篇論文，並寫信給弗洛伊德，弗洛伊德就邀請他一聚。林拉佛果寫道：
“話一進入正題，弗洛伊德就承認任何人的讚美都會帶給創作者快樂。但是他接著在我的熱心上澆冷水。他說：‘這是我最壞的一本書！它不是弗洛伊德的書。’你們絕想象不到我的詫異，我當即埋怨他的說法！但他仍繼續說下去：‘那是一本老頭子寫的書。’哎！那時我差點昏倒了。他一字一句地加強語氣道：‘此外，弗洛伊德現在已經死了！相信我，真正的弗洛伊德的確是一個偉人。我特別為你感到難過，因為你過去並不了解他！’”
弗洛伊德的陰陽怪氣可能和身體有關，他不斷地有身體上的麻煩而且不停地掙紮。
1929年夏天，當弗洛伊德又住在阿爾卑斯山時，他仍然愛山，仍然喜歡欣賞花草和風景。而為他看病的舒爾醫生發現，“他所有的痛苦並沒有大大減損他那種享受的能力。”但是他不能長途跋涉了，並且發現坐下來讀書是很困難的事。他向朋友訴苦，說一個人總不能整天抽煙和打牌！他知道該怎麼做。於是，他轉而工作，因為“這麼做，時間很快地就過去了”。
工作的成果是3萬字的論文，完成於7月底，題目是《文明中的不快樂》，後來改名為《文明與其不滿》。到了9月中，他不得不再去柏林治療。他的女兒安娜照顧他，他盡情地享受了和他的兩個兒子恩斯特與奧利佛家人共聚的時光。
弗洛伊德把精神分析運用在傳記的寫作上，寫了一篇《湯姆斯·威爾遜——第二十八任美國總統》的論文。論文中他說威爾遜受到一種“父親情結”的影響，以致在事業中的許多關鍵時刻裏搖擺不定。事情的最高潮是他不能主宰巴黎和會，以及把“十四點原則”強加在不甘願的歐洲各國上麵。作為一種精神分析的研究，這本書是很有勸服力和娛樂性的，但是也引起了許多的爭論。
1930年初，弗洛伊德希望《威爾遜》這本書的出版，能使出版社窘困的經濟情形複蘇。但在1932年初，出版的可能性仍然不大，他轉向別的他認為有幫助的事情。那就是《新導論演講詞》，一共有7篇。
第一篇演講是夢的理論的修正，大部分是較早的材料；第二篇談夢和神秘學，透露精神分析至少可以解決一些通常被認為是玄學的事情。接下去的3篇談到“超心理學”，比任何在戰時的演說都複雜，文中介紹許多新的觀念，以及來自“自我與本我”及“潛意識”的材料。
最後2篇歸納了弗洛伊德對醫學以外的主題的觀念，諸如“精神感應”、教育、宗教及共產主義等。
三、遭到威脅
1926年，弗洛伊德70歲生日時，奧地利官方首次承認弗洛伊德。奧地利廣播係統發布了有關他的生平和工作的紀念演講。他對於這次慶祝活動百感交集，他寫信給打算來維也納為他祝壽的女婿哈伯斯塔特道：“你不必因為聽說我已經老了，而且身體也不太健康而驚訝。目前我在療養院接受心髒治療，他們說那並不嚴重，但是需要做這種治療。他們答應我這個月就可以出院，但是我知道，我身上大大小小的病，將不容易繼續做困難的工作了。”