在政治上，納賽爾遇到了日益強勁的“政治逆流”。盡管他推行了許多改革辦法試圖“淨化埃及的公共生活”，保持“革命的純潔”，但不滿和失意情緒仍在潛滋暗長。1968年2月21日，赫勒萬等地發生騷亂，人們不滿於政府工作效率低下和壓抑的安全管製，日益壯大的“精英階層”（主要是高級知識分子）渴望讓“合格的人”進入政府。為此，納賽爾改組了政府，多選拔了專家技術人員進入內閣。3月30日，納賽爾宣布了“政治行動計劃”，他許諾進一步清除官僚主義和特權思想，建立一個現代化的高效率的政府，堅持社會主義，擴大人民的政治權利和自由。但某些人想走得更遠，他們要實行西方式的政黨製度，舉行自由的議會選舉。11月，又發生了阿西特騷亂。學生成了這次騷亂的主力，他們主張用“新社會”代替現存社會。納賽爾憤怒地指責了這場騷亂是“反革命分子”和大學生中“少數不負責任的人”煽動的。他呼籲學生們要認識到在以色列仍然占據著大片埃及領土的情況下，維護全國的團結是壓倒一切的要求。國內政局的動蕩嚴重損害了納賽爾的身體健康。多少年來，他一直忍受著糖尿病、心髒病等疾病給他帶來的痛苦，頑強奮鬥著。也許，他真的已經成了“一隻裂了縫的中國花瓶，永遠無法恢複到原來的樣子了”。
至於阿拉伯世界，巴勒斯坦抵抗運動與約旦當局的矛盾已因近期發生的劫機事件而激化成大規模的屠殺。這種事的調解人無疑還得是納賽爾。1970年，阿拉法特和侯賽因來到開羅，同納賽爾等阿拉伯國家的元首和首腦們共商解決危機的辦法。穆斯林聖書上有這麼一句話：人之將死，其言行常會表現出異常的智慧和遠見。在這次首腦會議上，納賽爾表現出的外交技巧、決心、耐心和幽默感使那些熟悉他的阿拉伯同行們亦感到驚歎。9月27日，在會議主席納賽爾的巨大努力下，停火協議順利簽訂。協議要求巴勒斯坦遊擊隊和約旦軍隊撤出交戰的城市和鄉村；遊擊隊將其兵力集中在約旦邊境上的約旦河穀前沿陣地；阿拉伯各國派出一個軍事監督團和政治觀察員負責決議的執行。
這件事辦完後，納賽爾鬆了一口氣，他突然感到太累了，他準備寬恕自己“偷一個懶”，接受醫生的勸告去亞曆山大度假。他給助手海卡爾掛了個電話：“我太累了……我要先在這裏睡上一整天，然後再考慮去亞曆山大……”納賽爾的思維突然跳到了阿以問題上，他叮囑海卡爾通過美國駐開羅的外交使團向尼克鬆捎個口信，告訴他納賽爾仍在堅持按安理會決議原則，為和平解決阿以爭端而努力奮鬥。
9月28日下午，當納賽爾前往機場，與科威特領導人親切話別時，他突然感到頭暈目眩，無法支撐了。
9月28日晚，開羅廣播電台停止了一切正常節目，播放《古蘭經》經文，氣氛十分慘淡。副總統兼國民議會議長薩達特沉痛宣告：加麥爾·阿卜杜勒·納賽爾總統逝世。消息傳來，開羅市民發瘋似地擁上街頭，擁向尼羅河畔的廣播電台。人群哀號著，哭喊著：“納賽爾沒有死！”
9月29日，中國政府向埃及政府發去唁電：“納賽爾總統領導阿聯人民在1952年推翻了法魯克封建王朝，取得了民族民主革命的重大勝利。他領導阿聯人民對美帝國主義及其侵略工具以色列猶太複國主義進行了長期鬥爭。他支持巴勒斯坦民族解放鬥爭和印度支那人民抗美救國鬥爭，為阿聯人民、阿拉伯人民和亞非人民團結反帝、爭取民族解放事業作出了重要貢獻。”
10月1日，埃及為納賽爾舉行國葬。數百萬埃及人從全國各地擁向開羅，想最後看一眼敬愛的領袖。每一處高地、每一個樓頂、每一所陽台、每一座雕像、每一棵棕櫚樹上都擠滿了人。人們排山倒海般地呼喚：“納賽爾，我們將繼續你的步伐，直到勝利！”
傳說當一個有價值的人死後，天空中就會升起一顆美麗的星。每一個懷有正義感的埃及人都已經看到了這顆照耀著阿拉伯大地的恒星。星光將指引他們勇敢前行，奔向獨立、和平、團結、富強……。