正當明成祖為自己的文治武功而洋洋得意的時候，山東青州爆發了著名的唐賽兒起義。這給諸臣歌舞升平的合奏樂添加了一個不和諧的音符。這看來好象很突然，但實際上是各種社會矛盾激化的必然結果。
明成祖在即位的最初幾年還比較節約，盡量與民休息，可是社會經濟得到恢複並有所發展以後，他那些好大喜功的念頭就開始付諸行動。“普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣。”整個國家好像就是封建帝王的私有財產，他可以使用全國的力量去實現和滿足自己的欲望，不管這欲望是為公還是為私，都名正言順。特別是明成祖還有塊心病，即背著一個“篡逆”的惡名，因此他要盡力表現得比其他的帝王更傑出，以顯示自己乃天命之所歸。所以，他積極經營邊疆，動用 80 萬大軍下安南，郡縣其地；他親自五征漠北，加上丘福那次全軍覆沒的遠征，實有 6 次，消耗驚人。他營建和遷都北京，浚通大運河，派鄭和大規模出使西洋，修建長陵、武當山宮觀、大報恩寺等等，動用數十萬人，時間長、規模大，人力和物力的耗費都是相當巨大的。這麼多、又這麼大的工程，在一個帝王在位的短時間內完成，在中國曆史絕無僅有的。很顯然，這就使全國老百姓的負擔顯得十分沉重。
隨著一筆又一筆數量驚人的開支，永樂初年那種“國用不絀”的局麵便悄然失去，而變得府庫空虛。不管采用什麼方法和途徑，這一筆又一筆巨大的開支最終要落在勞動人民的頭上。這樣，社會矛盾就不可避免地時有激化。在唐賽兒起義前後，永樂年間的小型農民起義常有發生。
為營建北京宮殿，分派大臣赴各地采大木。吏部侍郎師逵赴湖南等地，“以十萬人入山辟道路……頗嚴苛，民不堪，多從李法良為亂。”起義烽火一進燃燒到江西。這次起義於永樂七年（1409）九月被鎮壓，李法良被殺。永樂十六年（1418），在北京附近的昌平爆發了以劉化為首的小型農民起義。同年，潞州農民發生暴動，兵部建議發大軍剿捕，按察使鄭辰說“民苦徭役而已”，自請前去招撫，事情得到平息。永樂十年（1412），在嘉興爆發了以倪弘三為首的小型農
民起義；永樂十八年（1420）底，在曲靖發生了以楊得春為首的起義；永樂二十二年（1421）春天，在湖州發生了以吳貴歸為首的起義。僅此幾例就可看出，永樂年間的農民起義並不是什麼奇怪事，其共同原因就是賦稅徭役過重。所以，發生唐賽兒這次較大規模的起義也就不足為奇了。
唐賽兒是蒲台縣農民林三的妻子，用白蓮教宣傳和組織群眾，自詡“佛母”，詭言能知前後因果成敗之事，還說能剪紙人紙馬為自己打仗。這在迷信觀念盛行的古代是常有的事。她以益都（今山東青州市）為根據地，並在附近的諸城、安丘、莒縣、就是墨等地發動群眾，信徒越來越多。永樂十八年（1420）三月，起義爆發，起義軍迅速占領了益都的卸石棚寨。青州衛指揮高鳳率軍鎮壓，被起義軍擊敗，高鳳也被殺死。初戰告捷，起義軍聲勢很快高漲，“細民翕然從之”，隊伍迅速發展到數萬人。這時，唐賽兒的部下董彥升、賓鴻乘勝攻取了莒縣和即墨，並圍攻安丘。山東的地方官驚慌失措，急忙奏報明成祖。明成祖立命安遠侯柳升率京軍前往鎮壓，將卸石棚寨圍得水泄不通。唐賽兒於夜間突圍，殺死了都指揮劉忠，從而實破了明軍的這次圍攻。這時，明成祖又緊急調來在山東沿海備倭的衛青率騎兵夾擊，起義軍在安丘戰敗。起義軍首領劉俊，王宣等被俘犧牲，還有4000 多起義軍被俘，也全被殺掉。然而，在人民群眾的掩護下，唐賽兒和董彥升，賓鴻等主要起義軍領袖則逃得不知所蹤。
捉不到唐賽兒，這使明成祖十分著急。他懷疑唐賽兒“削發為尼，或混處女道士中”，於是下令，將北京，山東境內的尼姑和道姑全部逮至京師，“先後幾萬人”，弄得人心惶惶，但最終未能捉到唐賽兒。
唐賽兒起義雖最後遭到失敗，但它卻有力地衝擊了明王朝的統治，為明成祖“斯民小康”的藍圖劃了一個大大的問號。
洪武九年（1376），朱元璋冊封中山王徐達的長女為燕王妃，燕王這一年才十七歲。燕王登上帝位後，她就被冊封為皇後。在他們婚後的三十多年裏，徐後稱得上是明成祖真正的賢內助。
從史書上可以看出，明皇室例不得與勳臣家通婚，這是指宣德以後的事。此前，特別是洪武年間，明皇室與勳裏家通婚並不違禁，而是很正常的現象了。朱元璋的長子朱標就娶開平王常遇春之女為妻，秦王娶寧河王鄧愈之女為妻，魯王娶的是信國公湯和之女，代王和安王朱楹娶的都是中山王徐達之女，即徐皇後的
妹妹。朱元璋的公主們也都多數嫁到勳臣家。
徐皇後是徐達的長女，從小知書達理。朱元璋聽說徐達有個賢淑美麗的女兒，就對徐達說：“聞古之君臣相契者，率為婚姻。朕第四子氣質不凡，知卿有令女，能以配焉。佳兒佳婦，足以慰吾兩翁。”例如，韓國公李善長的兒子李祺，穎國公傅友德的兒子傅忠，娶的都是朱元璋的公主。在這種背景下，明成祖娶中山王徐達的女兒也就不奇怪了。
徐達當然隻有俯首聽命。徐皇後自洪武九年（1376）被冊封為燕王妃以後，幫助明成祖創業並守業，不僅在家庭生活中給明成祖以溫馨和幸福，而且在事業上也給他全力支持。
起兵靖難後，明成祖朱棣常常轉戰在外，由世子朱高熾居守北平。有關戰守之事，世子大都要秉命於徐皇後。她也不愧是個將門之女，凡事都處理得合乎時宜。當李景隆率大軍包圍北平時，明成祖率主力在外，城中兵少，且老弱居多，形勢十分危急。徐皇後帶領將校之妻，登城助守，鼓勵將士。終於轉危為安，北平得安然無恙。
明成祖即位後，徐皇後提出了很多好的主張。例如，她對明成祖說，由於長期戰爭，兵民都很疲憊，宜與民休息。又說賢才難得，使用應不分新舊。這些建議對明成祖都產生了正確的影響。在靖難之役期間，她的弟弟徐增壽時常暗中通報朝廷消息，被建文帝殺掉。明成祖要對徐增壽贈爵，徐皇後不同意，但明成祖還是贈爵定國公，並讓徐增壽之子徐景昌襲封。徐皇後則說這不是自己的心意，也不表示感激。
有一次，徐皇後問明成祖：“哪些人在幫著你治理天下？”明成祖回答說，“六卿理政務，翰林職論思。”徐皇後就請將這些大臣的命婦召來，在坤寧宮宴請她們。徐皇後對她們說，妻子事夫，不能隻是管他們的吃飯和穿衣，還要有所助益。
徐皇後還作《內訓》二十篇，又采古人嘉言善行，作《勸善書》，除頒賜宮中和諸命婦外，還頒行天下。
徐皇後於永樂五年（1407）七月病死。臨終前，她還勸明成祖疼惜百姓，廣求賢才，不要驕縱奢侈。她又叮嚀太子不要忘了那些拿起槍保衛北平的將校之妻。
徐皇後死後，明成祖悲痛欲絕，為她舉行了隆重的葬禮，厚葬於長陵。
徐皇後死後，明成祖準備續娶徐皇後的妹妹徐妙錦，但徐妙錦反對明成祖從建文帝手中奪得皇位，因此堅決不同意嫁給他。
明成祖還曾恐嚇說，不嫁給天子，還想找什麼女婿呢？於是，徐妙錦就決定終生不嫁，而出家到南京聚寶門外的王姑庵。
明成祖也像他的父皇朱元璋那樣，在皇後死後就沒有再立皇後。後宮的事務一般由貴妃王氏主持。王貴妃也非常賢德，沒被明成祖看重。明成祖晚年多病，性情也變得越來越暴躁，王貴妃曲為調護，使不少大臣免受懲處，就連太子朱高熾也對她十分依賴。王貴妃於永樂十八年（1420）病死，明成祖也很悲傷，此後他性情也發生很大變化，處理事情多有乖謬，用刑也變得更加殘酷。
永樂七年（1409）二月，明成祖冊封河間王張玉的女兒張氏為貴妃，權氏為賢妃，任氏為順妃。命王氏為昭容，李氏為昭儀，呂氏為婕好，崔氏為美人”。
這些人中，除了張氏和王氏以外，其餘都是朝鮮人。當時，朝鮮和明王朝的關係十分親密，經常貢獻一些女子實後宮，有些人還深受明成祖的喜愛。
其中有一女子權氏她天生麗質，又善吹玉簫，深得明成祖寵愛。權氏的父親也被封為光祿卿。永樂八年（1410），明成祖第一次親征漠北時，其他的嬪妃都留在宮中，隻帶權氏一人隨行左右。不幸的是，權氏經不住長時間征戰跋涉的辛苦，竟死在回師的途中，葬於山東的峰縣。這再一次給明成祖情感上帶來了打擊。
誰也沒有料到，因權氏之死，許多人受牽連被殺。當時，一個宮人挾私誣蔑姓呂的宮女毒死了權氏。明成祖信以為真，一次就殺掉宮人和宦官數百人，這個姓呂的宮女自然必死無疑。後來，宮人呂氏和魚氏與宦官私通，明成祖漸有耳聞。呂氏和魚氏聞知後畏罪自殺，但明成祖還不肯停手。經嚴刑逼供，呂氏的侍婢屈打成招，承認有“欲行弑逆”的想法。
這一來事情就鬧大了，受牽連被殺的達二千人之多。在處死這些人時，明成祖還親自到刑場觀看。明成祖晚年宮中生活不幸福，他晚年身體多病，已影響到他正常生理活動。雖然宮中嬪妃成群，但他的性能力已嚴重衰退，那些嬪妃不能得到正常人的生理滿足，於是就造成了這樣的悲劇。
明成祖也希望像他的父親那樣多妻多子，但已不可能了。他的子女都是在稱帝以前生的，他稱帝後就沒有再生孩子。這對他這個封建帝王來說是一大遺憾。
這個案件發生以後，明成祖疑心更重，不時濫殺宮人。這一次因為呂氏和魚
氏是明成祖的妃子，所以惹得明成祖特別憤怒。他還讓畫工把呂氏、魚氏與宦官相摟抱的形態畫出來，以示警戒。
明成祖在年輕時曾得過所謂瘕病，即腹中有硬塊，有時腹疼難忍。經許多醫生診治，效果不大。後來，朱元璋命禦醫戴思恭前去為明成祖診治。戴思恭先看了一下以前的藥方，認為用的藥都很對，但為何不見療效呢？戴思恭問明成祖在吃飯方麵有什麼喜好，回答說好吃生芹。這使戴思恭恍然大悟，於是投藥一劑，明成祖夜裏就拉下許多所謂“細蝗”，就是今天所說的腸道寄生蟲病。
明成祖即位後身體也時常不適，筋骨常感酸痛。宮中的禦醫幾乎都為他診治過，但效果都不很理想。
一個太監向他推薦名醫盛寅，於是將盛寅召至便殿診治。經診脈後，盛寅說明成祖得的是風濕病。明成祖深以為是，還說了一通南征北戰、為風寒所侵的話。
經服藥效果不錯，盛寅也為此而被授為禦醫，並複豐厚賞賜。
明成祖年輕時在戎馬倥傯之際，也不允許他過多的在意一些小病。隨著年齡的增長，小病逐漸釀成大疾，不斷地折磨他。又加上宮廷中優越的條件，他也漸漸地注重起養生之道來。
最初，明成祖反對各種神仙家的方術，他認為世界上沒有長生不死之人，覺得那些佞佛求壽之類的舉動，實屬愚蠢之極。人隻要清心寡欲，疾病自然就會減少。養好所謂“正氣”，各種“邪氣”自然就難以入侵。這種主張也很受禦醫們的讚同，認為以固本為要，求治不可太急，太急則傷其本。
經過幾場大病的折磨以後，明成祖的身體明顯衰弱，他對神仙家的態度也發生了變化。這以至於影響到他晚年的性情。有一次禮部郎中周訥從福建回來，說福建人祭祀南唐的徐知諤和徐知誨，非常靈驗。明成祖就命周訥前往，迎二徐的像和廟祝來北京，並在北京特意修建了靈濟官，以祭祀二徐。
明成祖每逢有病，便派人前去靈濟宮問神。掌管廟中香火的廟祝謊稱仙方獻上。因藥性多熱，服後痰塞，氣也不順，明成祖也變得脾氣暴躁，甚至失音。
有一天袁忠徹入侍，對明成祖說，這些症狀“實靈濟宮符藥所致”。明成祖立刻大怒道：“仙藥不服，服凡藥耶？”袁忠徹跪下哭泣，兩個內侍也跟著哭起來。這一哭，明成祖更加生氣，立命將兩個內侍拉出去打了一頓棍子，並說：“忠徹哭我，我遂死耶？”袁忠徹十分驚恐，跪著移至台階下，過了好大一陣，明成
祖的怒氣才平息了下來。在明成祖還是燕王時，袁忠徹就和他的父親袁共就效勞於燕王府中，並對起兵之事多有貢獻，所以與明成祖相知甚厚，從而敢進直言。
明成祖這次雖然很惱怒，但也未懲治他。
自永樂十五年（1417）力在北京建了靈濟宮以後，常有方士獻丹藥之舉。明成祖有的接受，有的拒絕。各種跡象表明，這位皇帝晚年的身體十分病弱，並在一定程度上影響到他的性情。
明成祖有三子：長子高熾，即後來的仁宗；次子高煦，即後來的漢王；三子高燧，即後來的趙王。他原本還有個兒子，但很小就死了。他有五個女兒，全都嫁給了功臣之子。
明成祖不像他的父皇朱元璋那樣多妻多子，但這三個兒子為奪儲明爭暗鬥，為此明成祖非常煩心。
洪武二十八年（1395），明太祖朱元璋冊封高熾為燕世子，與之相比，其它兩個兒子隻能當郡王，身份就低得多了。高熾性情溫和，端莊沉靜，又酷愛讀書，時常和儒臣興致勃勃地說古論今，受儒家思想影響較深。
明太祖曾讓高熾和秦、晉、周三王世子分頭檢閱軍士，他回來得最晚。明成祖問其原因，高熾回答說：“早晨特別冷，我等到軍士吃過早飯才檢閱，所以回來得晚了，”明太祖又讓他們分頭批閱奏章，高熾隻拿一些關係到軍民利弊的事上奏，關於一些文字謬誤之類，都未予理睬。
明太祖問他是不是忽略了，高熾回答說：“不敢忽，顧小過不敢瀆天聽。”明太祖再次問他：“堯、湯時水旱，百姓奚恃？”他回答得很好：“恃聖人才恤民之政。”朱元璋聽了以後十分高興。
高煦則不喜歡讀書，隻喜歡武刀弄槍。他性情凶悍，舉止輕浮，帶有十足的無賴氣。他的舅父徐輝祖看他行為不端，隨時都可能闖禍，就在私下教訓了他一通。但他轉臉就依然如故，並偷了徐輝祖的一匹好馬，溜之大吉。
回北平的路上，高煦擅自殺人，在涿州還擅自擊殺了一個驛丞。因此，建文帝的一些大臣還責備明成祖，說高煦受了他的驕縱和指使，才敢於那樣胡作非為，成了明成祖的一條罪狀。
在靖難之役中，高熾一直留守北平，從沒有離開；高煦則一直跟著明成祖南征北討。他悍勇敢鬥，常為先鋒。明成祖多次陷於險境，但因為高煦奮勇接應，
才化險為夷。在戰場上的高煦立下了汗馬功勞。
正因為如此，明成祖覺得高煦與自己最相像，十分欣賞他，高煦則自恃功高，變得越來越驕縱，奪嫡的欲望也越來越強烈。高煦和高燧相勾結，想盡辦法地傾陷高熾。當時，太監黃儼暗中與高煦勾結，不時散播中傷世子的謠言，時時向高煦報告世子在北平的一舉一動。
這種誣陷世子的鬥爭建文帝也知道了，所以才有方學儒遺書世子進行挑撥的事。由於高熾馬上派人將來書送至明成祖軍前，離間計失敗。但此事清楚表明，高煦和高燧頻陷世子的鬥爭已在或明或暗地進行。由於靖難之役還在激烈地進行，這種鬥爭還沒有完全公開化。當明成祖即位以後，為爭立太子，這種鬥爭就更加激化了。
太子又稱儲君，立太子又稱立國本。太子是皇帝的法定繼承人，他和國家的命運緊密地聯係在一起，所以新皇帝一即位，隻要身後有兒子，一都要馬上冊立太子，以免在這個問題上引起猜忘，影響王明成祖即位以後，在立太子的問題上一直搖擺不定。本來，拖了近兩年的時間。在此期間，爭立太子的鬥爭也就越來越激烈了。
明成祖遲遲未立高熾為太子，主要有兩方麵的原因。一是高熾有儒雅之風，體太又較肥碩，不像高煦那樣英武，二是在靖難之役的過程中，高煦出生入死，戰績顯赫。明成祖或明或暗地透露過，高熾多病，事成後將立高煦為太子。
現在明成祖真的當皇帝了，又找不到高熾明顯的過失，廢高熾而立高煦又顯得過於冒然，且與封建宗法製度不合，所以他就隻有拖延。
當時，朝中大臣為立儲事看法不一。淇國公丘福是靖難功臣，久臨戰陣，與高煦氣味相投，而且一起征戰多年，所以很支持高煦，一再主張明成祖立高煦為太子。另外，像駙馬王寧也與高煦友善，也盡力地支持高煦。明成祖也知道高煦在爭當太子，因此在即位後一度讓他到開平戍邊。
有的大臣擔心在立儲的問題上引起一場內戰，特別是看不慣高煦的凶悍，所以大多數人都支持高熾，希望早定儲位。
永樂元年（1403）一月，群臣上表，請立皇太子。明成祖不允，隻敷衍道：
“今長子屬當進學之時，俟其知識益充，道德益進，克膺付界，議之末晚。”兩個月之後，文武官員又一次上表請立太子，明成祖又說了一通“宜預成其學問”
之類的話，未允所請。這就更增加了臣下的猜疑，有人認為周王是明成祖的同母弟，便請周王親自出麵。周王也支持高熾，所以就於永樂元年（1403）四月親自上奏，請立皇太子。
明成祖再一次回絕了立太子的請求。明成祖難言之苦：高熾是世子，自己不同意將他正名為太子，卻又難以廢掉他。朝臣又多數心向高熾，要廢掉高熾而立高煦也不是件容易的事。
然而，明成祖一直拖著不立太子，這本身就是一種信號，表示他對高熾不滿意，另有打算。這也就助長了高煦奪嫡的邪念，這使許多大臣頗為擔心，不少人實際上卷入了這場暗中進行的鬥爭。其中，有幾個人還起了頗為關鍵的作用。
兵部尚書金忠原是個賣卜之人，受袁珙推薦，受知於明成祖。每有疑惑，明成祖就讓他幫著拿主意，屢有效驗，因此深受信任。
明成祖即位南京，接著就讓世子高熾去守北平，金忠也受命前往協助。明成祖在立太子的問題上又遇上了困難，便尋求金忠的意見。金忠支持高熾，極言立高煦不可。金忠是明成祖的心腹，他的話具有很重的分量。
明成祖征求解縉的建議。解縉說：“皇長子仁孝，天下歸心。”明成祖聽了後竟沒有任何反應，這話顯然不合他的初衷。於是，解縉接著又添加了一句畫龍點睛的話：“好聖孫！”這是指高熾的兒子朱瞻基，即後來的宣宗，平時深受明成祖的喜愛。這一句話果然靈，明成祖點頭稱道。
最後起決定作用的也許是袁珙。他善相人術，言人禍福，無不奇中。明成祖決定起兵靖難，袁珙發揮了重要作用，深得明成祖的欣賞。
在立太子上明成祖又遇到了困難，他讓袁珙對高熾相麵，他說是天子之相。
又讓他相高熾的兒子朱瞻基，他說是“萬歲天子”。明成祖有迷信觀念，信天命，於是“儲位乃定”。宮中事秘，後人難以知曉。肯定還會有一些人在這件事上發揮了作用，隻是後人不知罷了。但不管如何，明成祖經過兩年的猶豫，最終決定立高熾為太子。
永樂二年（1404）四月四日，明成祖正式冊封高熾為皇太子，禮儀十分隆重。
值得一提的是，明成祖在冊立的詔敕中說：“學勿至迂，明勿至察，嚴勿至猛，寬勿至縱。”很有哲理成份，也符合傳統的中庸之道。
在此同時，高煦被封為漢王，高燧被封為趙王。但高煦和高燧二人並不善罷
甘休，奪嫡的鬥爭仍沒結束。
高熾除守城以外，沒有上過戰場。他不像高煦那樣英勇善戰。在靖難之役中，高煦隨明成祖南征北戰，屢立戰功。明成祖也覺得高煦更像自己，因此在即位前就說過，世子（高熾）多病，將來立高煦為太子。
但是，迫於眾臣壓力，又找不出高熾有大的過錯，且高熾是明太祖所立的燕世子，自己不願招怨天下，因此並非甘願地冊立高熾做了太子。明成祖的這種態度是太子處境困難的最主要的原因。
明成祖在冊立高熾為太子的同時，又命丘福為太子太師，位居少師朱能之上。
丘福和高煦交情深厚，一直建議立高煦為太子。這時卻讓丘福當太子的太師，似乎有監視之意。高熾很清楚這一點，所以他十分謹慎。不僅如此，到永樂六年（1408）十一月，明成祖又命丘福輔導皇太孫。這樣，他們父子的一舉一動都逃不過丘福的眼睛。
明成祖的這種態度也助長了高煦和高燧的氣焰。他們一有機會就在明成祖跟前說高熾的不足，使明成祖對太子的猜疑越來越深。明成祖在位二十二年，這種猜忌一直未能消除，直到晚年仍總是猜忌太子。
永樂十六年（1418）七月，“讚善梁潛、司諫周冕以輔導皇太子有闕，皆下獄死。”怎麼“有闕”呢？原來，皇太子在南京監國，有個姓陳的千戶小官，因“謀財害命”被皇太子謫戍交恥。皇太子轉念一想，這個陳千戶曾隨父皇“靖難”，有軍功，於是就寬怒了他。
有人就說陳千記不當宥，梁潛和周冕都知道此事，卻未諫止，二人都被逮，下獄致死。可以看出，皇太子既然負有監國之責，無論對陳千戶謫戍還是寬容，根本算不了什麼大事。更不應指責兩個輔導之人。
永樂二十年（1422）九月，禮部尚書呂震的女婿張鶴朝參失禮，被人劾奏，太子寬宥了他。此事被明成祖知道了，禮部尚書呂霞和吏部尚書騫義都以在側不言，被逮係獄中。
太子在南京監國，明成祖常居北京，高煦時進讒言，久而久之明成祖心生猜忌。胡淡是明成祖的心腹大臣，除暗中訪察建文帝以外，還曾受命到南京監察太子。他經過一番調查，向明成祖密疏奏太子七事，極言太子“誠敏孝謹”，並無他意，這才在一定程度上消除了明成祖的猜疑。
皇太子在南京監國，並沒有多大實權，主要進行一些祭祀活動，再就是處理一些日常瑣事。至於臣下的章奏，一般都要送北京行在，聽明成祖處理後再施行。
即使處理一些瑣事，也要記錄在案，等他的父皇回京後複查，看處理是否妥當。
皇太子處理事情不能用寶璽，而隻能用“皇太子寶”。雖然皇太子事事謹慎，但有時也會受斥責。
永樂七年（1409）三月，明成祖申諭太子，不能對臣下治罪，不得授官。太子有監國之名，但權力卻十分有限。
有一次，明成祖從北京回到京師，相信高煦讒言，於是張榜午門，凡是皇太子處分的事情一律廢除，不得實行。皇太子十分害拍，又不知該怎麼解釋，遂憂慮成疾，臥床不起。請醫生診治，也總不奏效。明成祖命蹇義和袁忠徹等人前往探視。
袁忠徹精於相術，深受明成祖信任，他回來後說，皇太子“麵色青藍”，是驚憂之相，除去午門的榜就可以治好他的病。明成祖遂命將午門的榜文揭去，太子的病便果真不治而愈。
在明成祖的三個兒子當中，因高煦的戰功最多，而高燧最受喜愛。從他們的長兄被立為燕世子起，他們二人就聯手陷害高熾。但高熾最終被立為皇太子，他們二人就更加密鑼緊鼓地進行奪嫡活動。
高煦身材高大，勇武善騎射，他兩腋長有數片像龍鱗一樣的痣，術士說他有帝王之相，這就更加增長了他的野心。他對皇太子不僅在暗中誣陷，甚至在公開場合也有不恭之處。
高煦知道，高熾既然已被冊立為太子，很難短時間內把他廢除。因此，一方麵通過心腹偵伺太子的行動，一有機會就向他的父皇進讒言，另一方麵則極力陷害太子的近臣。
高煦為了陷害太子，所以不肯遠離兩京。當明成祖冊立高熾為太子的同時，封高煦為漢王，讓他就藩雲南。但高煦不願到那邊遠之地，向明成祖訴道：“我何罪，斥萬裏。”明成祖無可奈何，隻好讓他隨自己去北京行在。
這時太子在南京監國，為了能隨時偵伺太子的一舉一動，高煦力請讓他的兒子回南京。明成祖也答應了他。他又向明成祖討得天策衛為護衛，平時以唐太宗自比。
不久，高煦又向明成祖討得兩護衛。明代的一衛有五千六百人，當時高煦手下有三衛兵馬，行為就更加助長了驕縱的氣焰。明成祖頭兩次親征漠北，高煦都曾陪伴左右。他每天在明成祖身邊，不時說些中傷太子的話，許多大臣受到了連累。
永樂十三年（1415）五月，明成祖將高煦改封青州（分屬山東），但高煦還是不願前去。之前是說雲南太遠，現在改到近處，還不去，這才引起了明成祖的猜疑，將他訓斥了一番，說不能再變更。但高煦仍已各種借口拒絕，不肯離開京師。也私下選各衛勇士，另外募兵三千人，不隸屬兵部，驕橫不法。
兵馬指揮徐野驢懲罰了幾個高煦的部下，高煦大怒，他親手用鐵爪撾將徐野驢打死，此事不了了之。永樂十四年（1416），明成祖由北京行在回到京師。高煦向他百般懇求，希望能留在南京。
這時明成祖也對一些高煦胡作非為的事有所耳聞，就詢問吏部尚書蹇義，但蹇義不敢說。又問楊士奇，楊士奇回答得很聰明：“臣與（蹇）義俱侍東宮（太子），外人無敢為臣兩人言漢王事者。然漢王兩遣就藩，皆不肯行。分知陛下將徙都，輒請留守南京。惟陛下熟察其意。”明成祖雖不言語，但心裏已大致清楚。
幾天以後，明成祖了解了高煦數十件不法之事，於是將高煦召來，嚴厲斥責，並命剝去他的冠服，囚禁於西華門內，還準備將其廢為庶人。明成祖又殺掉高煦身邊的幾個不法之徒，削去高煦兩護衛，第二年三月徙封樂安（今山東惠民），命即日起行。高煦這次未敢拖延，隻得立刻起程。
密切留意後，高煦的行動受到許多約束，但他奪嫡的活動並未停止。他讓兒子經常往來於兩京，秘密偵伺朝廷中事，隨時向他彙報。他隨時隨地都等待時機，準備一逞。
第三子高燧最小，聰明伶俐，最受明成祖的寵愛。他最初就和高煦相勾結，一起陷害高熾。在高熾被立為皇太子的同時，他被封為趙王，居住北京。當明成祖不在北京時，就由趙王留守，各衙門政務都要啟秉趙王而後行。趙王陷害太子不像漢王那樣暴露，但一刻也沒停止。
永樂七年（1409），趙王幹的一些不法之事有過一次暴露，惹得明成祖大怒，殺掉了趙王的長史顧晟，另選國子監司業趙亨道、董子莊為長史，以對趙王善加輔導。此後，明成祖不在北京時，就改由皇太孫朱瞻塞留守。這件事對趙王高燧
是個很大的教訓，他排陷太子的活動就變得更加隱密了，同時也更加陰險了。
永樂二十一年（1423），明成祖因身體不適，多日未上朝理事，諸事都交由太子處理。太子約束宦官較嚴厲，不許他們幹預朝政。宦官黃儼、江保本來就黨附漢王和趙王，這時自然更遭疏遠。他們就和蜚語，說明成祖有意於趙王，打算廢掉太子。趙王密結護衛指揮孟賢，讓他作好準備，在關鍵時擁兵相助。欽天監官員王射成與孟賢素厚，他對孟賢說：“天象當易主。”於是，這一幫人就加緊活動，意圖一起擁立趙王。他們又勾結興州後屯衛軍高以正，擬好了偽詔。他們陰謀讓宦官楊慶在明成祖的藥中下毒，等毒死明成祖以後，就立刻收起宮中符寶，抓捕諸文武大臣，頒布偽詔，廢掉皇太子，立趙王為皇帝。
高以正把此事告訴了姻家王瑜，王瑜是總旗官，他想拉王瑜為助。王瑜遂將此事密報明成祖，並獻上偽詔。明成祖頓時很惱怒，立命逮捕了孟賢、高以正等人，全部處死。
明成祖親禦右順門訊問，他怒視著高燧問道：“爾為之耶？”高燧嚇得麵如土色，瞠目結舌。皇太子在一旁規勸，說這都是下人所為，高燧事先並不知道。
這實際上是一次未得逞的宮廷政變。高燧雖然沒有受嚴懲，但此後行為有所收斂，不久還是被打發到了彰德。
明成祖三個兒子爭奪皇位繼承權的鬥爭，這本來是他們的家中事，但卻影響到了整個朝廷。許多大臣為此感到擔憂，由於它關係到國家大局的穩定，也關係到未來的皇帝是個什麼樣的人的問題，而皇帝的賢明與否，又關係到王朝的興衰。
不少人因這事被關入獄中，有些人還為此犧牲了性命。
大名士解縉就是這場鬥爭的犧牲品。高熾雖被冊立為太子，但卻常常不合明成祖的心意，而高煦卻格外受寵。解縉便向明成祖諫道：“這等於鼓勵他們兄弟之間相爭，具做法不可取也。”明成祖聞此頗震怒，覺得這是離間他們的骨肉之情，從此便疏遠了解縉。最後解縉的下場是被埋在積雪中凍死。
大理寺右丞耿通也是一個這樣的悲劇人物。他看到高煦奪嫡的活動越來越明顯，太子身邊的臣僚不斷有人得罪，太子處境相當危險，便從容地向明成祖勸諫：
“太子事無過誤，可無更也。”明成祖對此心中不悅。不久，便借故將耿通處死。
永樂十二年（1414），明成祖親征漠北，得勝回師。這次高煦隨征，時常向明成祖說些中傷太子的話。時間一長，明成祖難免不有所心動。回到京師後，便
以皇太子迎駕遲緩為由，對皇太子嚴加訓斥，並將太子身邊的一些大臣逮捕入獄，其中包括明初的名臣黃淮、楊博等人。這一關押就是十年，隻是當明成祖死了以後，高熾登上皇位，才立即將他們放出。
當時，兵部尚書金忠是太子的輔導官，和黃淮、楊士奇一起輔佐太子監國。
當其它的人都被逮係監獄時，金忠因是靖難勳臣沒被治罪。明成祖還密令金忠調查太子的所作所為。金忠說皇太子沒什麼過失，惹得明成祖大怒。金忠馬上跪下叩頭，脫下衣冠，哭著向明成祖陳述，“願連坐以保之”。金忠的話對明成祖產生了很大的影響。太子這次未被廢掉，金忠的話起了很重要的作用。
顧成也是一個很值得重視的人物。他隨耿炳文北征時，被明成祖俘獲，他性忠謹，博見書史，幫助高熾防守北平，多有功勞。明成祖即位後，他不肯統兵，不受兵器，也不肯擔任輔導太子之職。他推辭說：“太子仁明，廷臣皆賢，輔導之事非愚臣所及。”他知道高煦等人急於奪嫡，太子不自安，在回貴州前向太子拜別，趁機向太子說了幾句語重心長的話：“殿下但當竭誠孝敬，孜孜恤民，萬事在天，小人不足措意。”顧成雖未任輔導之職，但這段話是那麼精辟，其輔導之效是其他人的長篇大論所不能比的。一是孝敬，二是恤民，不去與那些小人斤斤計較。從後來高熾的各種表現看來，他也正是這樣做的。這使他贏得了民心，贏得了支持，最終失敗的還是高煦他們。
皇太子高熾就是像顧成所說，心裏明明知道漢王和趙王在陷害自己，但他卻從來不在明成祖跟前說他們二人的壞話，正好相反，還時常為他們二人開脫，處處表現得寬厚仁義，有一種兄長之風。
永樂三年（1405）十月，當趙王回北京時，身為太子的高熾親自為他送行。
當漢王、趙王奪嫡的陰謀敗露而受到明成祖的處治時，太子替他們說情，隻說是下人所為，他們一定不知道。有人問他“亦知有讒人乎？”他回答說：“不知也，吾知盡子職而已。”這使他顯得比漢王和趙王成熟。明成祖也就逐漸信任了他。
這場皇位繼承權的鬥爭最終以高熾的勝利而告終。但高熾當皇帝不到一年就死了，他的兒子宣宗繼位。高煦果然叛變，想步他的父皇的後塵，意圖從侄兒手中奪取皇位。宣宗率兵親征，俘獲了高煦，將其罩在銅缸下燒死。趙王高燧主動獻出了護衛，總算得以善終。
朱棣在多病的晚年不顧一切地持續北征，實在有些使人難以理解。事實上，
這也是一種近乎病態的舉動。
永樂二十二年（1424 年）正月初七，大伺、開平守將奏報遭到韃靼和寧王阿魯台所部侵襲的消息。當時，距離朱棣第四次北征回師才僅僅兩個月的時間。
已經連續兩年出師親征，然而窮蹙已極的阿魯台卻始終沒有歸降。他的這次襲擊，究竟是出於物質需要，還是對大明皇帝的有意挑釁，沒有人去管他，而因此引起的一片北征呼聲卻將朱棣推上了最後的征途。
按照史籍中的記載，朱棣這次出師是在新來歸附的忠勇王金忠慫恿下決定的。
“兵豈堪數動，朕固厭之矣，何況下人。”當金忠請發兵征討阿魯台，並願身為先鋒自效時，朱棣好像還有所顧慮，但他仍把金忠的意思告訴了群臣。
“忠言不可拒，逆賊不可縱，邊患不可坐視，用兵之名不得避也，惟上決之。”
朱棣聽到的是群臣一律支持北征的聲音。
史籍中的這種記述顯然令人質疑，這很可能是出自文臣粉飾之筆。就算不是如此，其源也當歸於朱棣本人。當初他不顧大臣勸誡，執意親征時，就已經沒有人再敢於公開反對。人們都看得到，兵部尚書方賓自殺戮屍，戶部尚書夏原吉仍在獄中，這也就是說，朱棣從未更改初衷。金忠當然是力主北征的，這個韃靼王子在歸附後受到皇帝厚待，希望能有機會有所表示。過去此人素稱桀黠，但歸附後卻忠心耿耿，曆官永樂、洪熙、宣德三朝，官至三公之列。他的外甥把台至景泰中方卒，曾隨明英宗朱祁鎮北征，“土木之變”中被俘，也先使隸於賽罕王帳下，卻不變初衷，常到英宗帳中慟哭，後竟從英宗還朝。
晚年的朱棣令人捉摸不透，出師前不久，他還曾病重幾危，而當他率師離京時，卻又已痼疾若失、精神煥發了。
三月初一，朱棣檢閱了出征的將士，他在敕諭將士們時，重申了北征的原因，並且強調：“朕非好勞惡逸，蓋誌在於保民，有非得已。”一個月後，車駕發於北京，他命令內閣學士楊榮和金幼孜同行，張輔和柳升等人分領諸軍，陳懋和金忠為先鋒。
出征十四天後，大軍到達赤城。這一天是朱棣的六十五歲生日，百官朝賀之請被他回絕：“今親率將士問罪漠北，夙夜勞心軍務，不遑自寧，尚以生日為慶耶？其止勿賀。”朱棣五征漠北，有四次生日是在軍中度過的。這是他生前最後
一個生日，竟也在軍中度過，僅此一點也可以看出他是一個多麼繁忙的皇帝。
四月二十五日，明軍由獨石堡出外長城北上，金忠部下指揮同知把裏禿俘虜到韃靼諜騎，得知阿魯台已北渡答蘭納木兒河，躲避了明軍的兵鋒。朱棣認為阿魯台逃得尚不甚遠，命諸將速進追擊。
朱棣到達開平那天，是一個陰冷的雨天，多日來連續行軍，使他感到疲憊。
這時塞外還寒冷，士兵們衣服都被淋濕，凍得瑟瑟發抖。久經戰陣的朱棣深知體恤士卒的重要，見此情景，開始對這次北征有些動搖了。晚上朦朧入睡時，他好像見到一位畫中的天神，那神向朱棣說道：“上帝好生如是者，再此何祥也！”朱棣猛地驚醒過來，外麵正敲三鼓。第二天，他把隨征的閣臣楊榮、金幼孜召入行幄，說起夢中之事：“豈天屬意此寇部屬乎？”他也似乎感到這是出於天意。
“陛下好生惡殺，上格於天。”楊榮等人趁機向他勸說，“此舉固在除暴安民。
然火炎昆岡，玉石俱毀，惟陛下留意。”朱棣似乎明白了楊榮等人這番委婉的勸諫。
“卿言合朕意。豈以一人有罪，罰及無辜？”他當即下令楊榮等人草敕，詔諭各部落人等，罪止阿魯台一人，餘皆無問。又命軍士們收拾荒野中的遺骸，葬為叢塚，親自撰寫了祭文。
朱棣的天神之夢到底是真是假，人們無法詳考。但有一點可以看出，即在某一特定時期，朱棣曾多次做過類似的夢，這些夢對下一步如何行動都產生過重要的影響。這個夢實際上是個台階，就算遇不上敵人，朱棣也有了撤軍的充分理由。
大軍從開平出發，繼續前進。一路上，朱棣與諸將討論起用兵之道。“謂武有七德，禁暴誅亂為首。”他又一次告誡諸將，“自今凡有歸降者，宜悉意撫安，無令失所。非持兵器以向我師者，悉縱勿殺。”北征已經很難持續下去。明軍到達應昌時，輜重糧車都被遠遠地丟在後麵。朱棣借題發揮，說官渡之戰中曹操能夠打敗袁紹，就是因為曹操先燒了袁紹的輜重糧草。不嚴加保護輜重，是用兵的“危道”。於是，又命將士回兵相迎。而此時作為先鋒的陳懋、金忠所部卻尚未知曉阿魯台的蹤跡。
朱棣在應昌宴請隨征的文武群臣。內侍們唱起太祖高皇帝禦製詞五章，朱棣猶然一陣感慨：“此先帝垂諭創業守成之難，而示戒荒淫酣酗之失也。朕嗣先帝鴻業，兢兢焉惟恐失墜。雖今軍旅之中，君臣杯酒之歡，不敢忘也。”這些話在
一定程度上體現了朱棣的真實心態，自己才是太祖所創天下真正有能力的繼承人，而且對先帝所創鴻業還要發揚光大。他現在戎馬倥傯，遠征在外，正是為了要光大先帝的鴻業。以後兩天的行途中，朱棣也效仿朱元璋作詞五章，講的全是奉天法祖、勤政恤民的道理。到達威遠川再宴群臣時，他命內侍唱起他這五章新作。這一次，朱棣喝得稍有醉意了。
經過艱難的征途，明軍進抵答蘭納木兒河。但這裏隻有廣闊無垠的茫茫荒野，看不到阿魯台騎兵一絲蹤影，以至於沒有留下一點車轍、馬蹄的跡象。看樣子阿魯台已經離開了很長時間。
英國公張輔及成山侯王通分兵在河側山穀進行了仔細的搜查，在方圓三百餘裏的山穀荒野上，沒有發現阿魯台的一人一騎。先鋒陳懋與金忠進抵白邙山，依舊一無所獲，糧盡而還。張輔等人表示願意率騎深入北域：“假臣等一月糧，率騎深入，罪人必得。”朱棣沒有立即同意，這次他要慎重考慮：“今出塞已久，人馬俱勞。虜地早寒，一旦有風雪之變，歸途尚遠，不可不慮。卿等且休矣，朕更思之。”說虜地早寒是正確的，但這是在六月，正值盛夏，天氣轉寒還早。去年北征，這時尚未出師。所以這算不上班師的原因。朱棣意識到，就算再深入，也很難有什麼收獲。這才是班師的真正原因。
明軍前進到翠雲屯時，朱棣召見了張輔等人，決定停止這次北征：“古王者製夷狄之患，驅之而已，不窮追也。且今孽虜所存無幾，茫茫廣漠之地，譬如一粟於滄海，可必得耶？吾寧失有罪，誠不欲重勞將士，朕誌定矣，其旋師。”回師的決定得到群臣的讚成。
永樂二十二年六月二十二日，明軍由翠雲屯分兩路南歸。朱棣率騎兵東行，武安侯鄭亨領步卒西行，定期會於開平，然後全軍返回京師。但是這一次朱棣卻沒能如願以償。
七月的也可的裏速大草原上，浩浩蕩蕩的明軍騎隊緩緩前行。鮮明的儀仗，掩飾不住將士們的疲勞。朱棣也已經不能騎馬，他坐在衛士簇擁的龍輦中，病情日益加重。
回師到達翠微岡，朱棣在禦帳中休息時，支撐著病體，憑幾而坐，向內侍海壽詢問抵達京師的時日。
“八月中可到。”海壽如實回答。朱棣點點頭，沒有說話。對於熟悉行軍計
程的朱棣來說，並不是不知道返京時日，而是他不知道自己是否還能堅持到抵達京師。
略為沉默後，朱棣對楊榮和金幼孜說道：“東宮曆涉年久，政務已熟。還京後軍國事悉付之，朕惟優遊暮年，享安和之福矣。”看來，朱棣這時已感到身體不適，話裏隱約帶有托付後事的意味。而他這畢生的努力，又有多少人能夠了解呢？幾天前，回師到清水源時，他見道旁的岩石高數十丈，曾命楊榮、金幼孜在石崖上刻石記事。他希望萬世之後的人們，都能知道有這樣一個皇帝，曾經多次親征過此。兩天前，他還曾下令嚴禁騎士行軍踐踏莊稼。他要保護那些安居耕種的農戶，但這些民戶卻在大軍到達之前不知逃往何處了。
人之將死，其言也善。朱棣在他最後的日子裏究竟想了些什麼，沒有記載。
但他很可能對自己的所作所為感到了後悔。如果自己不那樣固執。如果當初聽從夏原吉的勸諫，不來北征，是肯定不會落到今天的地步。反對他出征的夏原吉當時還在獄中。朱棣環顧四周，終於歎息道：“夏原吉愛我。”陰沉的天空，孤雁南飛。歸途中的朱棣病已甚篤，夜不能寐，兀自凝神，隻見月隱星沉，天地一片昏暗。夜晚沉重的笳聲分外悲涼，如遊絲一般回蕩在曠野中，又像秋雨卷著殘葉的秋風，縈繞在朱棣的耳際心頭……大軍到達榆木川，朱棣的病情更加嚴重。此時的塞北已為深秋，隨著瑟瑟秋風，片片樹葉蕭蕭落地。烏雲密布的天空下，秋山老樹一片朦朧，北國大地上安靜得連空氣也似乎凝固了。朱棣在這處很多人不知道的荒野上度過了一生的最後時刻。他召見英國公張輔，留下了極其簡短的遺詔：
傳位皇太子，喪服禮儀，一遵太祖遺製。
七月十八日，六十五歲的朱棣，在冷月寒光中安靜的結束了自己的生命，使這次未捷的出師更增添了濃重的悲劇色彩。
當時的人們並沒有把朱棣當成一個殘忍的暴君，人們傳說：“皇帝與韃靼相遇交兵，阿魯台戰死。”“忠勇王自請招安韃靼，扈駕而行，不知去向。皇帝行在所雨冰如瓦，軍人或折臂或碎頭而死，馬亦多折項而死，皇帝以此勞心而崩。”
朱棣的突然病故，直接影響到當時的政局穩定。漢王朱高煦一直存有奪嫡之心。
而這時六師在外，朝中情況不清楚，皇帝病故的消息傳出後，必定引起混亂。從征的英國公張輔，閣臣楊榮、金幼孜和太監馬雲等人決定搜集軍中錫器，製成錫棺，將朱棣的遺體秘密裝殮起來，放在翠華寶蓋龍輿中，每日照舊進膳行禮，嚴
格軍令，不使人知。暗中派楊榮和少監海壽先行馳奔京師，秘報太子朱高熾，預防不測。
八月初二，楊榮、海壽趕回京師，急闖入宮，送上朱棣的遺詔。太子朱高熾連忙命太孫朱瞻基赴開平迎喪。他也因這一突變而感到驚慌失措，直到第二天才想到去找係獄的夏原吉，向這位一直蒙冤的老臣哭訴了噩耗。夏原吉聞訊後也哭倒在地，出獄後立刻與禮部大臣們共同安排了喪禮。
八月初七，朱瞻基趕到軍中，明軍已回師到達雕鶚穀，皇帝病故的消息這時才得以公布，軍中開始發喪。靈柩經過八達嶺居庸關時，文武百官和軍民都趕去哭迎。
居庸關外，殘陽如血，鋪天蓋地的明軍將士灰沙滿身，圍著潔白的龍輿匍伏在地。悲慟的哭聲，在莽莽山穀間回蕩。掛著白色大帳的龍輿裏麵，躺著在馬背上征戰一生的朱棣。這是朱棣最後一次經過素稱北門鎖鑰的雄關。他曾經多次躊躇滿誌地率師出關征戰，又曾經過這裏凱旋。這時在身著素服的軍士儀仗護衛下，龍輿的錫棺中卻是他的遺體。隊伍默默地在北國崇山峻嶺中前行，悲哀的氣氛中體現著無限的壯烈。
十日，朱棣的遺體被停放在皇宮中的仁智殿內。
全國都已經開始哀悼儀式。依照當時的禮儀規定，哀悼將進行二十七日，這時嚴禁一切音樂、嫁娶、祭祀活動百日，各寺觀響起鍾聲，他們要遵照規定各鳴三萬杵。宮中皇室們將要斬衰三年。
九月十日，朱棣被尊諡為“體天弘道高明廣運聖武神功純仁至孝文皇帝”，廟號太宗。一百多年以後的嘉靖十七年（1538 年）九月，明世宗鬧“大禮儀”，要尊本生父母，朱棣被改諡為“啟天弘道高明肇運聖武神功純仁至孝文皇帝”，廟號成祖。他終於被子孫們放到了與他父親太祖朱元璋同等的地位上。
永樂二十二年（1424 年）十二月十九日，朱棣被埋葬在北京昌平天壽山的長陵中。
長陵是明十三陵中最為高大寵偉的陵墓。早在永樂五年（1407 年），禮部尚書根據朱棣的要求，找來風水先生廖均卿等人，經過仔細察看，選擇昌平縣東的黃土山為陵地。朱棣對選擇陵地一事非常重視，親自前往察看，感到這裏氣勢不凡，手是決定作為朱明皇室的新陵地，改黃土山為天壽山。