晚年的康熙身體一直不太好。康熙五十四年（1715）的時候，康熙的右手突然不聽使喚，但他怕內侍擅權，因此不讓人代筆。無奈之下，康熙隻好試著用左手批折子。康熙五十六年（1717）的冬天，康熙得了一場大病，兩個腳腫得厲害，連站都站不起來。
康熙五十一年（1712），太子胤礽二度被廢以後，康熙不願意再提關於立儲的任何事情，如果有大臣敢於在康熙麵前提到此事，康熙往往會勃然大怒，導致萬分嚴重的後果。康熙之所以這樣做有兩個原因：第一個原因是，康熙不願意看見這些皇子們重複胤礽當太子時的骨肉相殘；第二個原因是，康熙怕立了太子之後會威脅到自己對於皇權的統治和自身的安全。立儲之事弄得康熙晚年愁悶不堪，成了康熙的一塊心病，致使康熙有很多本想辦的事情都沒有精力再去繼續完成。
但是，不立儲的話同樣有很大的弊端，阿哥們決不會因為不立太子而停止爭奪，隻不過因為沒有明確的敵人而相互收斂一點而已。康熙五十六年（1717），大臣們為了國家大計，集體請願，要求立儲。康熙也知道此事決非小可，隻好用緩兵之計，他借口當年太子胤礽的儀製逾規，下令重新製定太子儀製，但等群臣製定好了過後，卻又沒了動靜。
康熙當然知道不立儲可能會給整個帝國帶來災難，但康熙一向自信身體狀況良好。況且即使那一天來臨了，他自信也能在最後一刻宣布繼承人選。但人算不如天算，這一天真到來的時候，康熙似乎並沒有做好準備，而這也就有了雍正登基的千古迷案。
《清聖祖實錄》記載，康熙六十一年十月二十一日，康熙一行人前往南苑行獵。因為身體不舒服，康熙於十一月初七回到了暢春園。《永憲錄》則記載說，康熙在十一月初七從南苑回到暢春園，次日有病，康熙還傳旨說：“我偶然染上了風寒，今天已經出汗了。從初十到十五日這段時間靜養齋戒，所有的奏章，不必啟奏給我”。
但是從初七到十三日，不到一周的時間，康熙便突然駕崩了，康熙的死因一時成為謎團。但更引起人們關注的，是康熙的繼任人問題。雖然最後四阿哥胤禛成功登基，坐穩了皇位，但在康熙死後，民間即傳聞：康熙本來想傳位給皇十四子胤，康熙生病時，四阿哥胤禛“進了一碗參湯，不知何故，聖祖皇帝就崩了駕。”胤禛就登了位。說是雍正帝陰謀將乃父毒死。還有人說，康熙帝死後，是隆科多擅自篡改了遺詔，將“傳位十四子”，改為“傳位於四子”，使雍正順理成章地登基。更加令人生疑的事，是雍正五年（1726），胤禛借口將隆科多囚禁而死，隆科多是康熙死前少數在場的大臣，是不是為了殺人滅口？種種謎團，使人不得而知。
還有一種說法認為雍正是康熙的合法繼承人。因為有種種跡象可以證明，康熙欲傳位給四子胤禛。一是在康熙晚年，很多皇子都遭其猜忌，唯有胤禛在康熙病重期間，仍被委以重任。如十一月九日，康熙命胤禛齋戒代行南郊大祀禮。十三日改派鎮國公吳爾占代行祭天，而讓胤禛三次進宮。詳情雖無人所知，但此舉在齋戒期間是非同尋常的，充分說明了康熙對胤禛的信任。二是據《清聖祖實錄》所記，康熙臨終那天，曾召集皇三子允祉和隆科多近前，說：“皇四子人品貴重，能夠深刻的了解到我的心意想法和辛苦，他一定能夠繼承皇帝的基業大統，即皇帝位。”
關於康熙死亡的具體時間，《清聖祖實錄》、《永憲錄》還有《皇清通誌綱要》裏的記載都是“十三日戌刻”，雍正本人欽定的《大義覺迷錄》也是如此陳述，時間節點應該沒什麼問題，十三日康熙病情急劇惡化也是事實。爭議最多的，恐怕還是胤禛在十三日白天曾進康熙的寢宮請安，之間到底做了什麼，說了什麼，因為沒有記載，這在後麵也導致了很多的傳聞。
康熙最終撒手人寰，走完了他人生最後一段路程。至於之後的大清王朝會發生什麼事情，已經不是往日雄才大略的他所能掌控的了。
回顧康熙波瀾起伏的一生，我們看見他幼年登基，繼而喪母，在祖母孝莊太後的扶持和嗬護下，在凶險的環境中穩固了皇位，擊敗鼇拜，平定三藩，統一台灣，肅清漠北。在後來的統治下，整個帝國國泰民安，其個人所留下的種種功績，足以讓他在青史中留名而彪炳千古。作為封建時代的帝王，康熙一生始終能夠以勤勉治國來自我期許，綜觀其一生，的確稱得上是中國曆史上難得一見的英明統治者。
胤禛（後稱雍正）即位後，大臣們給康熙上諡號曰：“合天弘運文武睿哲恭儉寬裕孝敬誠信功德大成仁皇帝”，擬廟號為“聖祖”。至此，大清帝國的一個時代結束，而下一個時代即將開啟。