嘉祐六年（1061），這年朝廷的人事變動十分頻繁。三月份，宰相富弼以母喪為由辭官居喪。閏七月，曾公亮從樞密使之職升任宰相，韓琦升為首相（宰相之首），司馬光知諫院，王安石任知製誥。這樣的人事陣容是相當強大的，改革派的精銳力量都進入了國家的中樞機構。
這年包拯已經六十三歲了，也就在這年的四月二十七日，仁宗皇帝將正式成為三司使的包拯再次升任為樞密副使，並且封了包拯的妻子董氏為永康邵夫人。
當時中書省與樞密院合稱“二府”，中書省的宰相、參政和樞密院的樞密使、副使都是一朝的執宰之臣。包拯也自此踏上了他的仕途巔峰，成為了北宋朝廷的最高軍事長官之一。
而包拯卻上疏仁宗皇帝堅決辭讓，不願就職。仁宗皇帝則在批複中對包拯大加讚賞，稱讚包拯公正嚴明，三司使一職仍不能充分體現他的作用，認為包拯還有更大的潛力可以發掘。堅決要求包拯赴任。
包拯能夠進入“二府”也得到了改革派大臣的熱烈歡迎。那些保守派官員和貪官汙吏們自然就很不高興了。有的朝臣甚至私下相談，說：“包拯進入‘二府’，大家就別想安寧啦，天下就不太平了……”
包拯在樞密副使任上共一年零一個月，期間包拯沒什麼奏章上奏，軍事上也沒什麼大事發生。不過卻有兩件事值得一提。
第一件，便是包拯為預防宦官專權而製定了一套規章製度。其實，在景祐二年（1035），朝廷為了糾正劉太後重用宦官的錯誤，就曾頒布明文規定：宦官升官需要30年時間，素有效勞，超過10年沒有提升的，可以報請仁宗皇帝批示。也就是說，宦官需要40年時間才可能有所提升。然而，隨著時間流逝，到了慶曆年間之後，仁宗皇帝也逐漸忘了先前的規定，而開始重用宦官，宦官們也更加溜須拍馬，迎合仁宗皇帝，慫恿仁宗皇帝追求享樂。包拯便率領樞密院恢複景祐年間的規定：宦官入官，必須滿30年後才能允許考核；有較大的功勞，而且沒有過失的，才能允許升遷；升遷之後，必須20年後才能再次進行考核。這對限製宦官和外戚專權起了很大的作用。
第二件事，便是包拯在任期間率領樞密院完成的一部重要文獻彙編——《機要文字》。這部軍事檔案彙編共1161冊，規模巨大。為鞏固邊疆、加強國防提供了文字參考。
包拯在樞密副使任上第八個月時，正是包拯的壽辰，仁宗皇帝特意派人給他送了親筆寫的祝壽信和禮物。仁宗皇帝在信上寫道：“抱峻清之節，濟沈遠之謀。眷秉軸於宏庭，省夢熊之嘉月。方寵政途之望，特將私館之頒。續而壽祺，昭予禮遇。”對包拯大加讚賞，也彰顯了君臣二十餘年的關係之密切。
不管在怎樣的環境之中，得寵也好，失寵也罷，包拯都會努力幹好自己的本職工作，這大概也是包拯給自己定下的最低標準。很多史學家認為這也是仁宗對他進一步認識並且再次升任的一個根據。包拯“剛直、幹事、幹淨”當時就獲得朝野多數人的讚揚。就連他的反對者也稱他“清節美行，著自貧賤，嚐言正次，聞於朝廷”。