與袁世凱的責任內閣方案相反的是瞿鴻禨、趙炳麟的“保留軍機”方案。瞿為軍機，趙為禦史，二人同屬清流黨人物，與被稱為“濁流”的慶、袁素不相能。所謂官製改革中的鬥爭實際上就是“瞿挾台諫及朝野清流以自重，袁則內倚親貴而以外交、軍事為後援。太後則操縱其間，自矜智術”造成的。申君在《清末民初雲煙錄》中說：“‘大權統於朝廷，庶政公諸輿論’，這是光緒末年清廷‘預備立憲詔’中人所共知的‘名句’，對反對立憲而又不得不抬出立憲幌子騙人的頑固派來說，確是匠心經營的得意之作。這一諭旨出自當時軍機大臣瞿鴻禨的手筆，而在這後麵還有一段瞿與袁世凱相互傾軋的故事。”袁案提出後，趙炳麟即上疏逐條批駁，認為若據此推行，“恐大權久假不歸，君上將擁虛位”，“顛覆之憂，將在眉睫，此固非朝廷之福”。為此他提出：“其內閣、軍機處，無論歸並與否，並易何種名稱，應暫仍舊製，以為承旨傳宣之地位，不作總挈行政之樞機。”以“恐大權久假不歸”來抨擊袁氏方案，的確擊中了袁世凱的要害，而趙炳麟提出的內閣、軍機照舊無疑迎合了一心想防範袁世凱的清廷。與趙炳麟相呼應的瞿鴻禨又利用“總司核定”的有利地位，將袁世凱起草的方案“頗有裁正”。所謂“裁正”，就是在奕劻所進繕單中，加上一句：“或改今日軍機大臣為辦理政務大臣，各部尚書均為參預政務大臣，大學士仍辦內閣事務。雖名稱略異，而規製則同。”寥寥數語，在整個奏折中很不起眼，但它卻給慈禧以從容選擇的機會。20日上諭下，竟采用瞿鴻禨之議，仍用軍機處舊製。
采納瞿氏方案，否定責任內閣，並不單純是一個方案之爭，它標誌著慈禧“疑難之事多取決於本初”、袁“大權獨攬”的時代已經過去。這對於袁世凱無疑是一個沉重的打擊。瞿氏又趁機引薦廣西巡撫林紹年入軍機，作為助手，地位更為鞏固。又新官製主中央集權，規定外交、財政、軍事及輪電路郵歸各部管轄，勿得兼差，袁世凱不但沒有借改製之機擴大權勢，改製後，卻落得個“兼差盡行撤去”的下場。更甚的是，清廷進一步借改製之名，要求袁將北洋六鎮全部歸入陸軍部。袁世凱頗不甘心。奏請“所有第二、第四兩鎮擬請仍歸臣統轄督練”。而諭批“現在各軍，均應歸陸軍部統轄。所有第二、第四兩鎮著暫由該督調遣訓練。欽此”。一為“督飭”，一為“暫歸”，陶湘說：“設非主上生疑，何至如此？”可知袁的窘迫處境。
從本質上講，袁世凱無疑是抱著個人目的來利用這次改革的。趙炳麟鬥爭的直接矛頭就是針對袁世凱的政治野心。對此，他說得非常明白：“直隸總督袁世凱自戊戌政變與皇上有隙，慮太後一旦升遐，必禍生不測，欲以立憲為名，先設內閣，將君主大權潛移內閣，已居閣位，君同贅疣，不徒免禍，且可暗移神器。”“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權移諸內閣，此何心哉！連疏論之。”正因為看透了袁世凱的用心，他才敢大膽地予以揭露，毫不留情。既然丙午改製實際上是一次政治權力的再分配，牽涉所有官員和集團的切身利害，自然會引起不同的反響。當時傳雲官職改革要合並和裁撤都察院、禮部、吏部和翰林院。這樣，不少官員將會丟掉飯碗，於是群起而攻之。這是一股強大的反對力量，京中各衙門，無上無下，盡起而反對之。官製改革鬥爭之尖銳複雜已經發展到了頂點，這是袁世凱所意料不到的。袁世凱設計了一個企圖使內閣專政的改革方案，又企圖與奕劻出而組閣，操縱國柄，“借立憲以傾政府”無疑會遭到一大批官員的反對。
但有意思的是，袁世凱的責任內閣方案正是立憲派改革綱領中的一部分，因而袁世凱又不自覺地充當了立憲派的代言人。改製之初，立憲派報紙就“竭力慫恿”袁世凱搞責任內閣；而改製失敗後，袁世凱的所作所為卻得到了國內立憲派的讚許，並被引為同類。也正是從丙午改製後，國內立憲派開始對袁頓生好感，倚為柱石。