正德十年（1515 年），四川西邊番人磨讓六少等部亂鬆藩，馬昊團結未叛番眾，很快平息了動亂，還在三舍堡至風洞關五十裏交通要道線上修築牆柵，保障往來商旅和饋運暢運，因而再次受到朝廷的賜敕褒獎。
十二年（1517 年），烏蒙（今雲南昭通）、芒部二府接壤的筠連（今四川筠縣）、珙縣（今四川珙縣）等處的千裏山區，蠻人首領僰圍人子、普法惡等部，在流民謝文禮、謝文義兄弟煸動下倡亂，官軍都指揮杜琮圍剿失利。馬昊親率指揮曹昱部進山圍剿。他相度山形、地勢，絕敵水源，一戰而收全功，論功再進右都禦使，陰子錦衣世戶。
此後，馬昊便沾沾自喜，自恃“有才氣、能應變，揮霍自喜，所向輒有功”，而產生驕傲自大的官場習氣，一心追求名位利祿而“銳意立功名”。貪功的心理導致了他不注意團結和不尊重少數民族，終於造成“茂州群蠻懼見侵，遂糾生苗圍城堡”。在處理突發事件中，他又急於求勝而失去往日的理智，結果連連戰敗，損兵折將，參將芮錫出師不利，指揮龐升戰死，副總兵張傑、副使吳澧大敗於鬆潘，死亡官兵三千餘人。他怕影響自己仕途，既匿不上報實情，又不設置防務，反而不顧少數民族的反對，在當地冒然實行“改土歸流”，並誘殺土人首領，剝奪土民田產，終於又醞成了“自黎雅以西，天全六番皆相繼亂”的嚴重後果。在南京給事中孫懋、巡按禦史盧雍、黎龍等先後參劾下，朝廷於十四年（1519年），將馬昊押送京師問罪，但行至河南境，他自稱有病，請求回家治養。武宗皇帝看在他過去功勞的份上，以寬大為懷，準其要求，遂中途返回故裏。兩年後世宗皇帝繼位，追究馬昊前過，又被重新逮捕問罪，但仍寬大處理，隻是“尋削籍歸”。回寧夏後，他曾為培養家鄉弟子，在衛學中授課講學，也為續修寧夏新誌做了一些工作，默默終老於家中。史書曾有評論，認為馬昊是一個文職官員，“軍旅非其所長，適用取敗”，有失公允。