當孔子聽說弟子子路被砍成肉醬的時候，在院子裏大哭起來，並叫人趕快把屋子裏吃的醬蓋起來，怕看見了忍受不了。
一個又一個沉重打擊，使孔子的晚年十分淒涼。子路去世的第二年初，孔子就病倒了，子貢、子夏、曾子經常去陪伴他。
一天清早，子貢來看孔子。孔子已經起身，正拄著拐杖在門口站著，像是等待什麼的樣子。因為昨天夜裏孔子做了一場噩夢，心裏非常不安，不等天亮，就掙紮著爬起來了。
孔子一見子貢來了，就說道：“賜啊！你為什麼來這麼晚呢？”接著長歎一聲，吟道：“泰山倒乎，梁柱摧乎，哲人萎乎。”意思是：
巍峨的泰山要崩塌了，
粗壯的梁柱要斷了，
哲人啊——
要像草木那樣枯萎了。
這是孔子最後的歌聲，他唱著唱著流下淚來。子貢看得出老師的心情不同往日，感到他確實是病重了，便趕快扶他進屋，安慰他在床上躺下。孔子老淚橫流，向子貢說起昨晚的噩夢：我夢見在一個很大的廳堂裏，放著幾口棺材。夏代人的棺材是停放在東台階上的，周代人的棺材是停放在西台階上，殷代人的棺材是停放在兩個柱子中間的，而我是坐在兩個柱子中間受人祭奠，我是殷人之後，如今和自己的老祖宗坐在一起，大概不會活太久了。孔子做的夢顯然是他過分憂慮的結果。
從這天起，孔子再也沒有起來，經過他的孫子和弟子們精心侍奉七天後，便與世長辭了，時在公元前479年（魯哀公十六年）夏曆二月十一日，終年七十三歲。
孔子逝世後，魯哀公致以哀悼的誄詞上說：“上天不仁嗬，連個老成人也不給留下。剩下我一人在位，孤孤零零、擔著罪過。嗚呼哀哉！尼父嗬，我今後向誰請教嗬！”對此，子貢指責道：孔子活著的時候不重用他，死後才陳述他的德行，“非禮也”。
孔子葬在古魯都曲阜城北一裏多的泗水旁，他的弟子們把墓築成個橢圓形，被稱做“馬鬣封”。很多前來送葬、祭奠的人，帶來各地的樹苗，栽到墓的附近，天長日久，蔚然成林，後世便稱其為“孔林”。孔子的弟子們像失掉了父親一樣哀痛，弟子們按照當時的規矩，在墓旁蓋起小屋，守喪三年。據說，眾弟子在服喪期間，最憂慮的是今後大家離去，“微言”分散，將使先師之道失傳。所以，他們曾倡議把個人所記的有關孔子的言論，進行整理纂輯。三年之後，弟子們拜墓泣別。子貢不忍離開，一直在墓旁小屋裏住了六年，才依依不舍地拜墓離去。今“孔林”中，孔子墓旁仍有象征當年“子貢廬墓處”的建築物。
（二）儒家經典
《論語》是語錄體的關於孔子及其弟子言行的回憶錄，是儒家學派的主要經典。在現存資料中，《論語》是研究孔子傳記及其思想的最古老和最可信的史料。