但是，最大的危險是軍團的騷亂。由於長期與愷撒分開，軍團紀律非常渙散，連愷撒的代表，士兵也飛石相加，甚至殺害兩位議員。士兵們最後也開始向羅馬進軍，在瑪爾斯練兵場宿營。最終解決再一次由愷撒親自出麵，他隻帶佩劍出現在鬧事者當中。他問：“想要幹什麼？”回答是，要求退役——目的顯然是要求超期服役的酬勞。這時，愷撒在回答時沒有稱呼他們“戰友”，而稱他們“公民”，並宣布他們退役。他向他們許諾，退役將會實現。但隻會在他率領其他士兵出征凱旋之時。抗命士兵被懾服。造反者們哀求一同出征，並自願十中抽一以為懲罰，最後都得到赦免。但在後來出征時，愷撒令首犯離隊，或令其擔任危險的差事，其他人則扣除戰利品分成。
出征又於秋季開始。他將部隊集結於西西裏島西端，公元前47年12月25日（10月1日），第一批人駛離該島，有6個軍團，2000名騎兵和盡可能少的輜重。暴風雨吹散了運輸船隊，各自先後抵達阿非利加。愷撒在行省南部登陸（相當於今天的突尼斯），他上岸時，被絆了一下，跌倒在地。但他鎮定一下將這一凶兆變為吉兆，他順勢撲向地麵，喊到：我抓住了你，阿非利加！由於後麵的部隊渡海緩慢，導致曠日持久的陣地戰，這給士兵帶來了物資上的匱乏。馬匹有時不得不用配上草的海藻喂養。西庇阿總是避而不戰，最後，愷撒進攻重鎮塔普蘇斯，迫使西庇阿應戰。看上去，愷撒似乎是讓對方將自己包圍於該城與解圍部隊之間的一處岬角上，實際上愷撒這樣就把西庇阿逼到了一處他不能完全自如施展的地帶交戰。北非努米底亞國王朱巴的大象群（塔普蘇斯之戰是最後一場使用大象的戰役）受到愷撒的輕裝士兵們的刺激和驅趕，反回頭來向自己的陣營衝去。愷撒士兵的憤激之情以及他們要最終結束一切征伐的願望非常迫切，以致他們不願再受製於人。第10軍團的士兵不顧愷撒的命令（他想等時機更加成熟時再出擊），也不理睬軍官的意願，強迫號手吹響進攻的號角。奔逃的象群突入共和派的人群，缺口使對敵人的包圍成為可能。愷撒的憤激的武士將敵人斬盡殺絕，隻有騎兵得以逃脫。共和派損失5萬人，而愷撒隻死50人，數百人受傷。之後，愷撒又去征討卡托指揮的行省首府烏提卡。卡托在聽到塔普蘇斯慘敗消息後，選擇自殺，這樣，共和政體宣告徹底完結。愷撒立刻在共和政體的墳墓上看到了這一自我犧牲的意義：“這死非我所賜，卡托！因為你不要我的救助。”他知道了，什麼是殉道者。如果他以筆攻擊了死者，那麼，這正是由於他知道了卡托之死，給他的統治沾上了罪責。卡托剛死，西塞羅立即寫出《卡托頌》，為死者豎起了一座文學紀念碑。“這本書顯然感動了讀者，這是一位偉大的語言藝術家對一個值得尊敬的人物的描述。”這使愷撒感到惱火，因為對一位由於他的原因而死去的人的頌揚，無異於是對他的控訴。所以，他著書反擊，羅列了不少對卡托的貶詞，題為《反卡托論》。但愷撒寫此書並非出於仇恨，而是出於政治原因。對於西塞羅和卡托，愷撒下令不得有失尊重。西塞羅得到了讚譽：人們不可以將一個士兵的語彙與一個天生的演說家的語言力量相比較，因為他有充裕的時間。他幾乎曆數了卡托的缺如，包括他對酒的嗜好。對此，他也有一段陳述：那些遇到酒醉之人的人們，當他們向他臉上望去時，自己的臉卻泛起紅來。又補充說：倒可以認為，不是他們抓住了卡托，而是卡托抓住了他們。《反卡托論》與愷撒對卡托遺體的講話，並不矛盾。對愷撒來說，具有決定性的不是個人情感，而是政治需要。政治需要要準備麵對卡托之死產生的宣傳效果，愷撒已有預感。卡托以自己的死，成了幾個世紀中一種行為的象征：在暴君統治下，不自由，毋寧死。