在上一集故事中，從親眼目睹父母被人殺死的陰影中走出來的“蝙蝠俠”，經曆了成長之後，已經不再是那個桀驁不遜的孤單英雄了。在警官吉姆·戈登和檢查官哈維·登特的通力幫助下，“蝙蝠俠”無後顧之憂地繼續滿世界的奔波，與日益增長起來的犯罪威脅做著永無休止的爭鬥，而他所在的高譚市，也是進展最為明顯的地方，犯罪率以一種驚人的速度持續下降著，畢竟對方是能夠上天入地的“蝙蝠俠”，不借兩個膽子誰還敢造次呢？不過像高譚這種科技與汙穢並存的城市，平靜是不可能維持太久的，果不其然，新一輪的混亂很快就席卷了整個城市，人們再次被恐慌籠罩著，而聲稱願意為這一切負責的，自然就是所有混亂的源頭以及支配者－－“小醜”了。
先不管“小醜”掀起一個又一個犯罪狂潮的最終目的為何，他的企圖都是邪惡的，所作所為更是早就危害到了高譚市民的正常生活……其中自然包括了“蝙蝠俠”身邊幾個非常重要的人，而他需要做的，就是將這股新的危機全部親自用手捏得粉碎。然而在麵對著這個有史以來最具針對性、最惡毒的對手時，“蝙蝠俠”卻不得不從他的地下軍械庫裏搬出每一件能夠用得上的高科技武器，還得時刻糾結著為他曾經信仰的一切尋找答案。而他也與警察局長戈登檢察總長哈維登特一起組成了一個打擊罪犯的“黃金三角”，而哈維登特則被認為是這個金三角中最完美的人。
小醜犯罪並不是為了錢，也不是為了一般罪犯所需要的東西，或許令他享受的是犯罪的過程——看著zha藥爆炸，房屋倒塌，人死前的恐懼……他闖入布魯斯韋恩幫哈維登特籌款的晚會他要求蝙蝠俠坦白自己的身份，不然就要一天殺死一個Gotham的市民，他先後殺死了一個法官和警察局長（戈登因此成了局長）還有戈登。為此哈維登特舉行了一個揭露蝙蝠俠身份的重要的新聞發布會，在這個新聞發布會上，哈維登特說自己是蝙蝠俠，因此被警察逮捕，哈維想利用自己被轉移到另一個監獄的機會引出小醜，他達到目的了，就此，一場追車大戰在公路上上演，在緊急關頭，詐死的戈登現身，小醜被捕，但就在此時哈維登特與雷切爾道斯（哈維與布魯斯共同的愛人）被小醜的手下抓到兩個不同的地方並在他們旁邊放滿了定時zha藥。小醜將一枚炸彈放入與他同牢房的一個犯人身體中，戈登與蝙蝠俠輪番上陣最終艱難的從小醜口中問出雷切爾和哈維登特的下落，戈登與蝙蝠俠出去救人時，小醜以一個警察做人質得到了一部手機，引爆了囚犯體中的zha藥得以逃脫。蝙蝠俠本來要去救雷切爾，卻因小醜提供的錯誤地址找到了哈維登特。最終，雷切爾死於爆炸，哈維登特被救出，但是半邊臉部被毀容，在小醜的教唆下，哈維登特變的喪心病狂，小醜令他相信戈登、蝙蝠俠、這個社會才是殺死雷切爾的凶手，哈維登特便一心隻想著為雷切爾複仇。小醜利用媒體透露了自己在市中心醫院放置了炸彈的消息，幸好炸彈爆炸時醫院中的人員已全部疏散完畢。但是更大危機到來，小醜威脅要炸掉整座城市並且提醒市民們不能走大橋，於是利用水路輸送人群的方案啟動了。小醜在兩艘船上安裝了zha藥，一艘船上都是重刑犯，另一艘上都是清白並且地位高尚的上流市民，在兩艘穿上都有啟動對方船上zha藥的裝置，小醜說如果兩艘船上的人都不在12點前啟動炸彈那麼兩艘船都要葬身水底。與此同時，哈維登特在瘋狂的複仇行動下殺死了5個人，其中有兩個是警察，他讓曾經將雷切爾送到她斃命地點的女警察去接戈登的妻兒，由於女警察很受信任，因此戈登得逞了。布魯斯利用福克斯研製出的聲納裝置監聽了全市30萬人的手機，福克斯利用這個幫布魯斯尋找到小醜的方位。此時，兩艘船上的人們積極的討論著是否需要按下炸彈啟動裝置，最後兩艘船上的人們都沒有按下按鈕，這是小醜沒有想到的，到了12點，炸彈依然沒有啟動。小醜此時正在西方的大樓中，在一場激烈的搏鬥後小醜被製服，他對蝙蝠俠道出了一切事情的真諦：“人們看你和看我差不多，都認為我們是怪物，隻不過是他們現在需要你罷了，等到他們不需要你的時候，他們會追捕你，這就是他們所謂的正人君子。看著我創造出來的罪犯（指哈維登特）犯罪比自己犯罪更刺激。”與此同時，戈登來到了他的妻兒所在的地方，見到了哈維登特，在蝙蝠俠的幫助下，哈維登特墜樓而亡，蝙蝠俠說：“他(哈維登特）是Gotham市民的希望，我願意擔下所有的責任，你們來追捕我吧！就算是最完美的人，也有墮落的一天。哈維毀了他精心傳造的一切，整個城市的未來都跟著哈維的瘋狂死了，一切都完了，小醜已經徹底打敗我們之間最完美的人，人們不會因此失去希望，人們還不知道他的所作所為，（戈登說：“他殺了5個人，兩個是警察，這不能磨滅。”）但是絕不能讓小醜得逞，Gotham需要一個真正的英雄，若不是死的像個英雄，就看著自己活生生的變成一個殺不死的大反派，我不怕如此，因為我不是一個英雄，不像哈維這樣，是我殺了這些人，都讓我來承擔吧，Gotham需要什麼，我就成為什麼。”