長征開始的時候，鄧小平仍然擔任《紅星》報的主編。紅軍出發時攜帶了大量裝備，其中肯定也包括編印報紙所需的印刷設備。但在11月底，他們橫渡廣西東北部的湘江時受到三麵夾擊，紅軍攜帶的大部分裝備被迫丟掉。盡管如此，6個星期後，當軍隊在貴州省遵義進行第一次休整時，《紅星》報還是出版了一期綜合性的特刊。鄧小平一定參與了特刊的編纂。另外，他又一次擔任了中央委員會秘書長，這是他第二次擔任中央秘書長，有很多工作需要他去處理。
遵義之所以後來聞名遐邇，是因為1935年1月15日到17日中共中央在這裏召開了政治局擴大會議。
正統的毛主義者認為，這次會議勝利地結束了“左”
傾路線在黨中央的統治，開始了以毛澤東同誌為首的新的黨中央的領導。實際上，遵義會議的結果並沒有這麼明確。從現有的原始文件來看，會議的經過是：
毛澤東成功地爭取到參加長征的6位政治局委員中大多數人的支持，同意召開政治局擴大會議，討論江西失敗的原因；毛澤東抓住這個機會做了精心準備的長篇發言，抨擊周恩來、博古和李德的軍事戰略，得到了與會大多數人的支持。在會上，毛澤東成為中央政治局常委，進入了黨的核心機構，並成為周恩來在黨內的軍事指揮上的幫助者。但毛澤東獲得徹底的勝利是在三周之後。當時，在離遵義很遠地方召開的又一次更大範圍的政治局擴大會議上，會議通過的各項決議包含了毛澤東在遵義會議上發言的主要觀點。在這次會議上，黨的高層人事進一步發生變動，曾在遵義會議上支持毛澤東的洛甫接替博古“負總的責任”。
曾在1933年出麵解救鄧小平並同樣支持了毛澤東的王稼祥，成為正式的政治局委員。在軍隊中，毛澤東在3月擔任了新成立的前敵司令部政委，並和周恩來、王稼祥組成了新的三人軍事小組，一直擔任總司令的朱德曾經平靜地接受兩位文官和一位外國人的領導，現在同樣平靜地接受了新的領導的變動。已經不受歡迎的李德被派到一個基層指揮部視察前線戰事。
鄧小平參加了遵義會議。作為中央秘書長，他一定為準備和發布各項決議做了大量工作。但在遵義會議後，他卻有很長一段時間無事可做。直到5月中旬在他的家鄉四川會理召開的另一次政治局擴大會議上才看到他的活動。在這次會上，出現了反對毛澤東的聲音。雖然紅軍部隊在那個月的月初成功地渡過了金沙江，但在此之前，紅軍是沿貴州和雲南的西南部繞了一個大圈，在這段艱苦的行軍過程中，大批士兵因疲憊而死，付出的代價是很大的。一些高層指揮官抱怨上級領導指揮不力，洛甫也支持他們。但毛澤東擊敗了他們，顯示了他在扞衛自己方麵同在遵義會議上一樣，是所向無敵的。
在那年夏天接下來的大部分時間裏，都是在毛澤東和張國燾間的談判中度過的。毛澤東當時或多或少地得到了從江西出來的政治領導人的支持。張國燾是紅四方麵軍的政委。紅四方麵軍從1932年起就在四川一帶活動，當時的兵力是紅一方麵軍的五六倍。經過8個月的征戰，紅一方麵軍已經從7萬人減少到不足1萬人。
由於這個原因，再加上張國燾很早就是政治局委員，所以毛澤東一點也不敢小看他。
當時，有好幾個重大的政治問題和軍事問題正處於抉擇的關頭，其中首要的問題是：這支會合在一起的7萬多人的隊伍該向何處去？是北上向更靠近蘇聯的地區推進？還是留在四川？因為四川遠離南京，南京政府對它鞭長莫及。經過先後4次會議的討論，最後通過了一項新的行動計劃，確立了新的指揮係統，以及把部隊分成左路軍和右路軍共同北上的計劃。毛澤東堅持北上的意見占了上風。但張國燾取代周恩來成為紅軍總政委，同時他設法使整個紅一方麵軍全部歸他指揮，由第四方麵軍的人分別擔任紅一方麵軍的司令和政委。