努爾哈赤自25歲起兵，身經百戰，戰無不勝，攻無不克，可以說打遍天下無敵手，為此他倍感驕傲、自豪，卻不想在寧遠栽了個大跟鬥，損失又是那樣慘重。據清朝公布的材料說，攻城兩天，共折損遊擊2員、備禦2員、兵500人。這顯然是一個被縮小了的數字。而明朝的戰報則說，後金損傷兵將數千人。不管怎麼說，寧遠之戰是努爾哈赤43年戎馬生涯中第一次大失敗，兵員、物資的損失都極為慘重，對努爾哈赤的打擊也是空前的。他日夜冥思苦想，自己是久經沙場的老將，怎麼會敗在一個第一次帶兵打仗的無名小輩手裏？後金五六萬精銳，為什麼打不過不足二萬的明兵？對這些問題，他百思不得其解。為此，他憤慨，煩惱，苦悶，懊喪，以至於吃不下飯，睡不著覺。
其實，苦果是努爾哈赤自己種下的。努爾哈赤寧遠兵敗最主要的原因，一是驕傲輕敵。由於對明作戰屢戰屢勝，努爾哈赤被勝利衝昏了頭腦，廣寧之戰以來，八旗兵3年來既未打過大仗，訓練也不經心，以致將領怠惰，兵無鬥誌，車、梯、藤牌等武器裝備都很陳舊，有的已經朽壞，部隊戰鬥力大受影響。5年以前，努爾哈赤利用遼東經略易人的機會，很快攻取了沈陽、遼陽。5年之後，孫承宗去職，新經略高第盡撤關外明軍，寧遠成為一座孤城，努爾哈赤錯誤地認為可以很容易地攻下寧遠，直取山海關，因輕敵而對攻寧遠準備不足。以往對明作戰，努爾哈赤針對後金軍長於野戰而短於攻堅的特點，多采取或先期派遣間諜潛入城內，戰時裏應外合而智取，或誘敵出城，在野戰中殲其主力，最後攻城的戰法。寧遠之戰，由於袁崇煥堅壁清野，嬰城固守，努爾哈赤在既無奪門的叛民，又無內應奸細的情況下，過於自信，以為寧遠孤城不難攻下，所以一改以往的戰法，與以逸待勞的明軍大打攻堅戰，以己之短攻敵之長，犯了兵家大忌。二是思想僵化。騎射是女真的長技，努爾哈赤靠騎射起家，把騎射視為一大法寶，抱住不放，無視火器這個新生事物，一方麵，盡管後金在沈、遼之戰和廣寧之戰中繳獲了明軍大量的火器，卻置之不用，另一方麵，也不根據敵人大量使用火器的情況，改變自己的戰術。明軍火器本來就多，袁崇煥又把11門西洋大炮，置於城上，最大限度地發揮了火炮的威力。但努爾哈赤攻寧遠時，仍沿襲故技，以箭矢對付大炮，以人力穴城，白白地增加傷亡。三是努爾哈赤在遼東實施的錯誤政策，引起遼民的不滿與恐懼，既得不到後金轄區漢民的支持，也使得明朝軍民齊心協力地抗擊後金。
這一切，努爾哈赤當然認識不到。不過，他時時都在反省：是我身心厭倦而不留心治理國家，還是我對國勢和民情體察不夠？要不，大概是我在用人上出了偏差？但是很快他就作出了否定的回答。這時他又會想：我的兒子中真有像我這樣盡心國事的嗎？那些大臣們果真都能勤於政事嗎？大明國現在的情形又是怎樣呢？這些問題，沒有人能夠給他回答，他更陷入無言的痛苦之中。
但努爾哈赤決不甘心於失敗，他要用新的戰功，來洗刷寧遠兵敗的恥辱，證明自己的能力，重振國威軍威。四月初四日，努爾哈赤以蒙古喀爾喀五部背盟為由，率領諸貝勒大臣統兵踏上了新的征程。後金軍渡過遼河以後，突襲巴林部，射殺其貝勒囊努克。接著，大軍向西拉木倫河一帶進軍。這次出征異常順利，共掠獲人畜5.7萬有餘，基本收服了喀爾喀部。努爾哈赤剛剛回到沈陽，蒙古科爾沁部奧巴台吉便來朝拜，這使他格外高興，盛情接待，將養孫女嫁予為妻，招為額駙。六月，與奧巴盟誓，賜給土謝圖汗號。
對蒙古的勝利並沒有完全治愈寧遠兵敗給努爾哈赤造成的精神創傷。努爾哈赤已是風燭殘年，哪裏經受得住長期的精神折磨，終於積鬱成疾，背生毒瘡。七月二十三日，努爾哈赤前往清河湯泉療養。八月十一日，因病情加重，欲返回沈陽。他乘船沿太子河而下，入渾河後與前來迎接的大妃阿巴亥相會，當走到離沈陽49裏的真靉雞堡時，68歲的努爾哈赤心髒停止了跳動，帶著征明大業未成的遺恨走了。