經過一番周折，閻又文終於到達延安。在延安邢西萍（徐冰）建議他利用與傅作義同鄉的身份及其他有利條件，到傅作義部隊從事抗日工作。最終他接受了這個建議，來到了傅作義部隊。
1938年國共合作抗日期間，閻又文在傅作義部隊擔任團政治部主任，當時在傅作義的部隊協助政工的中共特派員潘紀文，“瞄”上了這位才華出眾、深得傅作義賞識的青年閻又文，並秘密將其發展為中共地下黨員。
由於才華出眾，文筆鋒銳，閻又文很快得到傅作義的賞識和器重。1939年春，傅作義親自下令調閻又文當其秘書，並兼貫徹社（相當於政宣部）主任，負責抗戰的思想宣傳與政治動員，貫徹傅作義整軍經武的大政方針。
1939年11月在延安七裏鋪訓練班第二期結業後，閻又文被中共西北局社會部安排到國民黨西北軍閥馬鴻逵部隊。後來，他尋機轉入晉軍傅作義部。同年，國民黨掀起第一次反共高潮，共產黨在傅部的政工人員被“禮送出境”。因為事出緊急，黨組織未及時安排，他失去了和黨組織的聯係。
閻又文與傅作義是山西榮河同鄉，逐步取得傅的信任後，在傅作義處擔任文書，秘書。後來升任少將新聞處長、奮鬥日報社長、華北“剿匪”總司令部政工處副處長。
整個抗日戰爭期間，閻又文輔佐傅作義組織並實施了一係列抗擊日寇的戰鬥。其中著名的有襲擊包頭、綏西會戰及收複五原等戰役。閻又文在抗日戰場作戰勇敢，曾在戰鬥中負傷，身上一直留有日軍彈片。
長期以來，閻又文對傅作義交辦的一切任務都完成得很圓滿，因此深得傅作義的器重和信任，傅作義的高級將領和部屬也都對他敬重有加。
像閻又文、謝和賡這樣打入國民黨高官身邊當秘書的中共黨員還有不少，趙榮聲就是其中一位。趙榮聲1936年在燕京大學讀書時就加入共產黨，後來到了延安，加入丁玲領導的“西北戰地服務團”。因文章寫得好，1938年被蔣介石的“五虎上將”之一的衛立煌將軍指名要去當秘書。抗戰期間衛立煌擔任第二戰區副司令長官、河南省主席，國共內戰期間被任命為東北行轅副主任兼東北“剿總”司令，稱得上是國民黨的要員。在給衛立煌當秘書的日子裏，趙榮聲在衛立煌的眼皮底下建立中共地下黨支部，使八路軍從衛立煌處獲得一百萬發子彈及手榴彈、食品等戰略物資。他將自己的同誌安插進國民黨洛陽警備司令部當秘書，營救了不少進步人士。在他的影響下，衛立煌這位在第四次“圍剿”中央蘇區中因“剿共”成績卓越被嘉獎的人、鎮壓福建“中華共和國人民革命政府”的總指揮，思想慢慢地發生了變化，對共產黨的態度也發生了重大變化。由此可見，不可小看秘書的作用。
回頭再敘閻又文與傅作義之間的事。1945年抗戰取得勝利，國民黨積極準備打內戰。不久傅作義擔任了國民黨第十二戰區司令長官，閻又文仍舊擔任他的高級秘書。此時，中共中央急需了解綏遠傅作義部的態度和戰略意圖，派王玉到傅作義總部所在地歸綏（今呼和浩特）尋找和中共黨組織失去聯係的閻又文。與閻又文接上關係之後，王玉向閻又文傳達了黨組織的指示：從現在起受陝甘寧邊區保安處（西北局社會部）直接領導，秘密與王玉單線聯係，不允許與任何地方黨組織發生關係。
根據中共中央的要求，1946年6月閻又文把傅作義的軍事實力和作戰意圖以及傅作義和蔣介石的矛盾，向中共黨組織作了詳盡彙報。這對解放軍在後來的綏東戰役中免受更大損失，起了重要作用。
同年9月，傅作義讓閻又文寫一封致毛澤東的公開信，這個燙手的山芋可把閻又文為難壞了：寫吧，這可是在罵共產黨，罵自己的組織，罵自己的領袖。不寫吧，又是自己分內的事，無法拒絕。左右為難之中閻又文隻好找到了王玉，請示此事該怎麼辦。
很快得到周恩來指示：“要罵得狠些，要能夠激起解放區軍民義憤，能夠導致傅作義狂妄自大。”9月20日，傅作義部隊機關報《奮鬥日報》刊登了《致毛澤東公開電》，第二天，國民黨南京《中央日報》全文轉載。閻又文把這篇傅作義致毛澤東的“檄文”寫得洋洋灑灑，言語犀利，字裏行間極盡譏諷、嘲笑、挖苦之能事。文章發表之後，不但閻又文的身份得到掩護，又產生了如中共中央所期望的影響。毛澤東要求延安《解放日報》全文轉載，說是“奇文共欣賞”。
1947年底，傅作義被蔣介石任命為華北“剿總”總司令，閻又文也跟隨傅作義進入北平。此時，閻又文已是少將軍銜，除繼續做傅作義的秘書外，還兼任華北“剿總”辦公室副主任、政工處副處長、新聞處處長、傅作義的對外發言人等，進入了華北“剿總”的決策核心。鑒於華北的形勢和閻又文的重要地位，他的組織關係轉由中央情報部部長李克農和一室（情報室）主任羅青長直接領導。
1948年5月遼沈戰役前夕，按照李克農的要求，閻又文及時向黨中央彙報了傅作義的政治動向、軍事力量，以及傅、蔣關係等許多重要情報。這些情報對中共中央對解放戰爭全局的決策和布局以及醞釀平津戰役作戰方針起了重要作用。根據閻又文提供的國民黨傅作義部隊“可能西撤綏遠，或由津塘南下與蔣介石會合”的情報，中共中央決定提前發動平津戰役。毛澤東果斷下令東北野戰軍結束休整，不惜一切代價立即入關，切斷敵軍東西兩個方向的退路。
1948年11月27日，蔣介石的嫡係部隊國民黨第八十五軍一一〇師，在淮海戰場起義。領導起義的少將師長廖運周，1927年就參加了中國共產黨，跟隨葉挺部隊參加了南昌起義。1928年1月，他受中央軍委的派遣，到西北軍第二師從事兵運工作。在形勢不斷惡化的情況下，他奉命“長期隱蔽”。在隱蔽敵人軍隊內的21年中，廖運周接受黨組織的單線領導，隻與中共北方局組織部長兼軍事部書記朱瑞單線聯係。此後，廖運周以“黨國忠臣”的麵目出現，職務不斷得以晉升。直到起義後，國民黨才看清他的真正身份。
1948年12月中旬，解放軍完成了對北平的合圍。解放軍包圍北平後，中共中央爭取和平解決北平問題。閻又文根據中共中央的要求，耐心地給傅作義談形勢，講政策，消除其疑慮。他建議傅作義與中共秘密談判，選擇和平解放北平的道路。
12月14日，侯鏡如按李介人的要求與張伯權直接通了無線電話，指示他與李介人合作，與解放軍進行起義談判。在九十二軍與解放軍談判的同一天，傅作義也派《平明日報》社長崔戴之、李炳泉為代表，配備了一部電台連同報務員、譯電員和司機共五人，出城與解放軍進行了第一次正式談判。
同為談判，兩邊結果不一樣。九十二軍方麵與解放軍談得非常順利，地下黨不久派中共學運委小教委書記薛承業到張伯權司令部，張伯權委任他參謀之職作掩護。傅作義第一次派出的談判小組回來後，將情況向他彙報，傅作義聽了後對其“剿總”中將參謀長李世傑說：“你好好準備打仗吧！兩方條件相距太遠，根本不能談。”傅作義和解放軍的第一次談判並不理想。
就在傅作義的代表出城與解放軍進行秘密談判時，蔣介石的特使也輪番飛到北平，令其南撤。傅作義顧慮重重，搖擺在戰與和之間。尤其是12月25日，當他得知自己也在共產黨宣布的“以蔣介石為首的43名重要戰犯名單”當中後，他的情緒極不穩定。閻又文又耐心地給他做工作，讓他放下包袱。