被捕入獄 浴血抗日
1927年年底，侯鏡如奉命回到上海。組織上派他到設在法租界的中央軍委機關工作，而後又調江蘇省軍委工作了一段時間。1928年春，黨組織再派他前往河南省開封市，擔任中共河南省軍委書記。
侯鏡如來到開封，準備和當地的地下黨接頭。不料此時的中共河南省委機關已經被敵人破壞，不知內情的侯鏡如仍照原定方案前往龍亭與省委機關的李某接頭。在接頭時他被特務盯上，當夜他與妻子、侄子一同被捕入獄，被監禁在開封第一監獄。而後被馮玉祥部以中共嫌疑政治犯轉移到河南監獄，同時被關在這裏的還有中共要人安子文。
安子文原名安誌瀚，1909年9月生，陝西省綏德縣雙湖峪鎮人。在米脂高等小學畢業後考入綏德省立第四師範學校，開始接受中國共產黨的影響，加入革命團體共進社。1925年來到北京求學，次年參加李大釗等領導的“三?一八”遊行示威，被北洋軍閥政府衛隊開槍打傷，並被校方開除。後到共青團北京地委從事交通聯絡工作。1927年1月到西安，先在《民國日報》社臨時擔任發行工作，後被中共陝西省委派到馮玉祥部隊第三路軍第十九師擔任政治處副處長，經常向師長吉鴻昌宣傳共產黨的主張，並參加東征河南作戰。1927年12月安子文成為中國共產黨黨員，擔任中共河南省委交通科科長。1928年3月被國民黨當局逮捕，在獄中嚴守黨的機密，被判刑11個月。在開封第一監獄內從事秘密鬥爭，照料重傷的省委領導人。
在獄中，侯鏡如與安子文活動較為自由。他們利用這一有利條件，一起積極開展獄中鬥爭。一開始，他們聯絡獄中的中共黨員，創辦手抄刊物《獄燈》、《鐐聲》，鼓舞鬥誌。據後來擔任過中共中央組織部長的安子文回憶，當時獄中被捕的共產黨員中侯鏡如年紀大一些，又有經驗，獄中沒建立黨組織，大家都聽他的。
1929年春，經過周密策劃，他們準備組織一次暴動，獄中的同誌們一致推侯鏡如擔任暴動的總指揮。他們通過和看守“拉關係”，把腳鐐上的鎖都打開了，準備在馮玉祥軍隊從開封撤退時，利用混亂的機會，用碗、盆為武器，奪取看守的槍支，然後一起闖出去。
正當他們積極準備實施獄中暴動計劃時，情況發生變化，暴動未能實施。韓複榘倒戈，馮軍西退，開封南關的一個兵工廠被炸，敵人在監獄中增加了很多警衛，防範加嚴了。為了不讓同誌們白白犧牲，侯鏡如放棄了這次越獄行動。5月22日，韓複榘接受蔣介石的任命，擔任第三路軍總指揮，從馮玉祥陣營倒戈投靠蔣介石。中原會戰形勢急轉直下，蔣介石一方迅速占盡優勢。
趁敵人內部混戰之際，河南地下黨和紅色濟難會積極組織營救“政治犯”。1929年7月，由於地下黨組織的營救，也由於韓複榘倒戈使蔣、馮大戰形勢發生了變化，馮玉祥部無暇顧及政治犯，監押14個月後侯鏡如、安子文等被馮軍釋放出獄了。
出獄後，侯鏡如於1929年9月回到上海，接受中共黨組織一個多月的培訓後，先後被派往香港中共華南局軍委和天津中共順直省委軍委工作。
1931年春，黨組織把侯鏡如調回上海，準備把他派往蘇區，但由於交通問題尚未布置好，所以改派他到郜子舉的部隊去做策反工作。誰知這時發生了一起重大事件，中央特科擔任行動科負責人的顧順章在武漢被捕叛變，幸虧打入國民黨中央調查科內部的中共地下黨員、“龍潭三傑”之首的錢壯飛及時送出情報，上海的中央特科和顧順章所知道的黨員緊急轉移，才避免了一場災難，使周恩來、陳賡等人幸免於難。由於黨組織緊急轉移，一時間侯鏡如與他們失去了聯係。無奈之下，侯鏡如隻好暫時投奔時任國民黨監察委員的劉峨青。
一心想找到組織的侯鏡如，用掉身上所剩的最後幾個錢，使用了與地下黨約定的假名“侯誌國”和聯絡方法、暗號等，在上海《時事新報》上登出“尋人”啟事：
××胞兄：我找不到你，心急如焚，你若再不來，沒有辦法就自去找工作了。……我始終是孝敬父母的。
侯誌國
然而，登報多日，依然杳無音訊。當時出了叛徒，一下子抓了很多人，已分不清誰奸誰忠，黨員之間就是碰了麵也立即避開，根本不敢相認。就這樣，侯鏡如在上海前後逗留了兩個多月，生活無著，又十分危險不可多停。他隻得做出決定，先離開上海回河南老家再作打算。
1931年5月，侯鏡如經肖灑、艾聖緒兩位原黃埔軍校同學的舉薦，到河南省主席劉峙的部下任開封行營谘議。此後，又以劉峙的代表名義去山西晉城，到河南永城的同鄉、第四十一軍軍長孫殿英那裏去做聯絡工作。9月，孫殿英又委派他任第四十一軍駐南京的代表。
“九?一八”事變後，侯鏡如一心想回到軍隊，上前線抗日。
在孫殿英部，還有一批共產黨員在做統戰工作。當時孫殿英與蔣介石有矛盾，中共黨員靖任秋等人，策動孫殿英反蔣抗日。因為地下黨都是單線聯係，侯鏡如與孫殿英部的黨員沒有聯係上。與黨組織失去聯係後，侯鏡如一直在找黨。
因為是軍事科班出身，又有實戰經驗，侯鏡如在國民黨軍隊中不斷升職。在黃埔一期同學、國民黨中央政治部副部長袁守謙的推薦下，1932年1月侯鏡如調任國民黨第三十軍第三十師政訓處上校主任；1933年6月，升任第三十師少將參謀長；一年後（1934年6月），調任第三十師第八十九旅（旅轄兩團）少將旅長。1935年4月，國民黨政府正式授予他陸軍少將軍銜，侯鏡如躋身國民黨將軍行列。
1937年“七?七”事變爆發時，侯鏡如正在廬山暑期團參加培訓。7月底，侯鏡如奉命中止培訓，返回駐紮在江蘇淮安一帶的第八十九旅。8月底，他奉命率部隊到北平外圍房山、周口店地區堵擊日軍。八十九旅官兵同數倍於己的日軍展開殊死搏鬥，全旅將士不但堅守住了陣地，還英勇殺敵使日軍傷亡慘重，銳氣大挫。接著，侯鏡如所部在平漢路北段的琉璃口與日軍激戰，出色完成了阻擊任務。此後他奉命率部轉移到潼關地區，阻擊南下之敵，緊密配合了忻口戰役。
由於這幾次出色地完成作戰任務，1938年2月侯鏡如調任郜子舉的第九十一軍參謀長。同年6月8日，侯鏡如調任第九十二軍第二十一師（師轄兩旅）師長，同時奉命率部參加徐州會戰。他指揮所部二十一師全體官兵在山東臨沂東南一帶牽製日寇，與友軍共同防守魯南。
1938年8月，侯鏡如所部在鄂豫皖邊區一帶，阻擊南下的日軍，重挫了日寇的侵略氣焰。隨後他的部隊參加著名的娘子關、台兒莊戰役。1939年9、10月，他率部參加長沙會戰，在湖北通城一線，英勇抗擊向長沙進犯之敵。
侯鏡如在對日作戰中屢建戰功，1942年5月31日他升任李仙洲任軍長的第九十二軍中將副軍長。李仙洲升任二十八集團軍軍司令後，1943年1月6日，侯鏡如再升第九十二軍軍長，領中將軍銜，統轄第二十一師、第一四二師和暫編第五十六師。2月，蔣介石電令二十八集團軍“立即援魯抗日”，他即率軍向山東進擊。4月20日在碭山西北地區與日偽軍一場血戰，5月到達山東抗日前線。在半年的援魯抗日期間，侯鏡如部與日偽軍展開大小戰鬥150餘次，殲敵2萬餘人。1945年3月，侯鏡如被保送到國民黨中央陸軍大學將官班甲級第二期受訓三個月。已經是陸軍中將的侯鏡如畢業後仍任原職，回部隊參加湘西會戰。8月，蔣介石讓侯鏡如兼任武昌警備司令。
反對內戰 回到組織
1945年8月15日，日本侵略者投降，抗日戰爭取得了勝利。勝利的消息剛剛傳來，蔣介石就電令侯鏡如率部從湘西趕往武昌受降。9月22日，日軍岡部直三郎下達向國民黨九十二軍投降的命令，侯鏡如奉命解除了日本侵華部隊駐武昌地區的岡部直三郎所轄的第一一六師團，第八十六、第八十八旅團、第十二步兵旅團等部隊的武裝。