上海暴動 反抗政變
接到組織的密信後，侯鏡如佯稱到北方進行策反以配合北伐軍順利北上，以此向何應欽請假，得到何應欽準許。隨後離開北伐軍，他乘一葉小舟取道寧波，再換乘海輪抵達上海。經組織安排，在設在法租界內的中共黨的機關，見到了當時的中央軍委書記兼江浙軍委書記周恩來。
原來，為了配合北伐軍推翻北洋軍閥政府，中共中央決定在上海發動第三次武裝起義。在此之前，為了奪取直係軍閥統治下的上海，在中共上海區委領導下，1926年10月23日，上海工人暴發了第一次武裝起義。起義失敗後，又於1927年2月22日，舉行了第二次“全上海動員暴動”，成立了上海市民臨時革命委員會。由於種種原因，第二次武裝起義不幸地又失敗了。中共中央及時總結了前兩次武裝起義失敗的原因和教訓。針對實力薄弱、準備不足、缺乏訓練等問題，進行了周密的安排。在這個基礎上，周恩來和趙世炎製定了第三次暴動的計劃，並成立總指揮部。周恩來、趙世炎（後來犧牲）再加上徐光英、顧順章（後來叛變）、侯鏡如，組成了暴動指揮部五人領導小組。
黨組織將侯鏡如調來，擔任主席團成員並在總指揮部參與暴動的指揮工作。他分管起義前上海工人糾察隊的軍事訓練，還擔任暴動的部分指揮工作。他在組織的安排下，深入到各訓練點對各區的糾察隊骨幹進行訓練，給他們講授槍械構造和使用方法，教他們如何使用各種掩體以及如何打巷戰和街壘戰等技術知識，同時上政治課。通過戰術、射擊、刺殺、運動等項目的培訓，工人糾察隊的實戰技術有了很大提高。1927年3月，北伐軍進軍蘇州、常州和鬆江，對上海形成包圍。3月21日北伐軍進入上海近效龍華。這天中午，上海總工會命令上海的工人舉行第三次總罷工，第三次武裝起義由此拉開序幕。
在這次武裝暴動中，周恩來派侯鏡如到南市，指揮工人糾察隊攻打上海警察廳和高昌廟兵工廠。
當天上午，侯鏡如和伍鎮率領一部分化了裝的工人糾察隊員，來到上海市警察廳門口。門衛以為他們是來辦事的，侯、伍二人先上前去，趁敵不備突然用手槍頂住門衛的頭說：“黨軍（北伐軍）到了，還不投降！”此刻，周圍的工人糾察隊員全都亮出了左臂的紅袖章，衝進警察廳的大院。警察們看工人糾察隊員人多勢眾，紛紛繳械投降。這一仗打得非常漂亮，工人糾察隊員打開警察廳的武器庫，工人們分到了槍支彈藥，戰鬥力大大增強。
接下來侯鏡如立即召集隊伍，前往攻打高昌廟兵工廠。兵工廠是軍事重地，奉係軍閥派了畢庶澄的不少軍隊守護。能否打下兵工廠，獲得更多的武器彈藥，關係到起義的成敗。侯鏡如沉著地指揮戰鬥，沿途又有不少工人群眾踴躍參加到糾察隊的隊伍裏來，大家鬥誌昂揚。
當隊伍開到龍華車站時，遇上奉軍畢庶澄的一支隊伍，估計有200人之多。他們擺開陣勢，企圖攔截工人糾察隊的進攻。侯鏡如畢竟是黃埔一期的，具有很高的軍事指揮才能，他當機立斷，指揮工人糾察隊員迅速分兵兩路，從兩翼包抄上去，將敵軍團團圍住。這夥敵人見大勢已去，隻好繳械投降。
隨後，侯鏡如指揮隊伍直撲高昌廟兵工廠，在廠內工人糾察隊員的配合下，裏應外合，很快就占領了這家兵工廠。至此，南市的戰鬥勝利告捷。
當時上海守敵畢庶澄的軍部直屬部隊數千人大都集中在閘北地區，閘北戰鬥的勝負是整個上海暴動的關鍵。此時，周恩來正親自指揮閘北激戰。侯鏡如指揮工人糾察隊占領了高昌廟兵工廠後，獲得了大批的軍火，他立即率部將武器彈藥送往閘北，在糾察隊總指揮部協助周恩來指揮戰鬥，支援關鍵性的閘北激戰。敵人的勢力太大，戰鬥進行得非常激烈。周恩來見侯鏡如來了，命令他到龍華去找北伐軍的胡宗南，要求北伐軍迅速進擊上海，協同工人糾察隊作戰，盡快占領整個上海。因為此事非常重要，周恩來要侯鏡如親自去一趟。
侯鏡如火速趕到龍華，以工人糾察隊代表的身份見到胡宗南。誰知胡宗南卻說，已經接到蔣介石總司令的命令，暫時不能進攻畢庶澄，原因是北伐軍正在和畢庶澄談判，爭取和平占領上海。這裏胡宗南按兵不動，那邊工人糾察隊和敵人激戰正酣。侯鏡如不敢耽誤，聽了胡宗南的話後，憤然返回閘北把情況向周恩來總指揮進行了彙報。
周恩來和指揮部其他幾個領導人合計後，決定中共方麵單獨行動，將起義進行到底。因為此前作了周密準備，已經有3000多人組成的工人糾察隊，這些隊員經過武裝訓練，有較強的戰鬥力，完全可以取得戰鬥的勝利。指揮部五人小組堅定信心，指揮工人糾察隊奮勇強攻，與敵軍展開了激戰。
經過兩天一夜30個小時的浴血奮戰，上海工人糾察隊終於打垮了畢庶澄的軍部直屬部隊，占領了敵軍的指揮部，迫使敵軍兩千多人繳械投降。工人糾察隊控製了閘北，進而勝利地占領了整個上海。就這樣，第三次武裝暴動取得了勝利。當工人糾察隊的隊員們還沉浸在勝利的喜悅中，心情還沒徹底平靜下來，4月12日，蔣介石背叛革命發動了反革命政變，許多起義領導者、共產黨人和工人慘遭逮捕或殺害。
在“四?一二”政變中，蔣介石軍隊向工人糾察隊總部的（閘北）商務印書館俱樂部發動了瘋狂進攻。為北伐作出重大貢獻的一大批共產黨員和工人糾察隊員們，慘遭屠殺。麵對敵人的進攻，大部分工人糾察隊員堅守陣地浴血奮戰。特別是守衛在閘北商務印書館俱樂部的工人糾察隊員，是一支精銳的隊伍，在周恩來親自指揮下，奮勇殺敵。這天淩晨6時許，侯鏡如在俱樂部4樓上指揮戰鬥，不幸右胸中彈，流血不止。當時沒有救護人員，他忍受著劇烈的傷痛，堅持戰鬥了兩個多小時。到上午8點多，周恩來聞報趕來看望。隨即周恩來親自安排，派人把他和其他幾位傷員順利地撤入了英租界，送到一家小醫院安頓下來。其後，黨組織不斷派人到醫院看望他和其他傷病員。在地下黨的重點保護下，右胸受傷的侯鏡如活了下來。
1927年4月底，侯鏡如傷愈後乘船到了武漢，接受新的委任，擔任了武漢三鎮保安總隊長。在此期間，侯鏡如和李嵩芸女士結為伉儷。