才過幾天，又出現新情況：3月10日，蔣介石單獨召見劉農畯，說準備把傘兵三團水運到台灣，作為他將來退居台灣的衛隊。
賈亦斌見到蔣經國後，為打消蔣的懷疑，爽快地服從南撤福建。蔣經國終於放賈亦斌回上海。3月12日，賈亦斌在華懋飯店向李正文和段伯宇彙報溪口之行並再商起義計劃。不料，蔣介石還是對賈亦斌不放心，斷然下令撤銷了賈亦斌的預幹團團長和第一總隊長職務，留任國防部部員虛職，等於是撤職看管。這樣一來，賈不僅起義受阻，而且處境十分危險。
段伯宇、李正文、賈亦斌、劉農畯、段仲宇等人迅速召開碰頭會，商討對策。在會上，段伯宇提出先討論賈亦斌的問題，因為蔣介石已撤銷他所兼各職，並準備調總隊到福建進行整訓。大家初步決定賈亦斌盡量拖延移交時間，加速準備起義，待機行動。在討論傘兵三團問題時，李正文透露了一個消息，說上級黨組織決定，保存傘兵三團的實力，作為人民傘兵的基礎。根據國民黨要把傘兵三團水運到台灣的企圖，段伯宇建議：傘兵三團乘船出海後，轉道北上開赴連雲港登陸。
3月15日，賈由嘉興又潛回上海，與李正文、段伯宇、劉農畯等共商下一步行動。賈提議預幹一總隊在嘉興就地起義，然後由莫幹山挺進天目山，與當地遊擊隊會合，策應解放軍渡江。不過還有一個困難，就是這條起義路線的軍用地圖尚未弄到。事不宜遲，段伯宇讓段仲宇趕快行動，段仲宇很快找來地圖送給他。
張執一對賈亦斌部的起義給予了特殊的關注，因為預幹總隊是蔣經國的嫡係部隊，被稱為蔣介石和蔣經國的“子弟兵”、“太子軍”。此外，起義又選在寧滬杭中心地帶，政治影響將是巨大的，即便不能在軍事上給國民黨以重創，也可使其新建30個軍固守江南的計劃受動搖，並與解放軍渡江作戰相呼應。
3月20日，國防部給傘兵司令部下達命令：“因戰局吃緊，日後恐無法解決運輸船隻，三團需提前起程，與傘兵司令部軍械處一道，和傘兵二團合並為一個梯隊，於3月28日撤離上海。”劉農畯一接到命令，趕緊囑咐周其昌立即向“策反委”負責人張執一、李正文報告。
三天後，段仲宇按照“策反委”的指示，給傘兵司令部打報告：“傘兵3團一營在上海北站執行特別警戒，京滬杭警備司令部要集中兵力布防上海外圍戰線，旬日之內抽不出人力接替一營，故3團暫時不能南撤。至於該團待後撤離時的船隻，我當一定負責準備。”實際上，這是給傘兵司令部施加了“滯後南撤”的影響。
傘兵司令張緒滋不敢在沒有接替的情況下，把負有“特別警戒”任務的三團一營拉走。便電告國防部：“擬同意3團與軍械處延至4月13日一起撤往福州。一、二團則在3月28日按時起程。”國防部作了答複，表示同意。
4月2日，李正文和段伯宇傳達上海局策反委員會的指示。上海局批準了嘉興起義方案，決定預備幹部總隊於4月15日起義。當晚，上海全市大戒嚴。被撤職的賈亦斌，已處在特務的監控之下。段仲宇查了火車時刻表，發現當晚11時還有一班車發往杭州。於是段仲宇讓賈亦斌換上灰布長袍，化裝成老百姓，親自開車把他送到上海西站。在擁擠和混亂中，賈亦斌從窗口爬上車，天明趕到了嘉興。
可是，在布置起義任務的時候，消息泄露，因此決定提前發動起義。
4月7日淩晨，賈亦斌率領預幹總隊4000餘人在嘉興起義，起義部隊向解放區挺進。由於賈亦斌是在無法請示的情況下倉促指揮起義，起義官兵遭到國民黨幾萬大軍重重包圍，賈亦斌等英勇突圍。當天晚上，賈亦斌組織起義部隊兵分三路突圍，自己率領一路約三四百人，經兩晝夜激戰轉到吳興雙林鎮。第一大隊大隊長李愷寅率一路約數百人突圍後轉入德清、武康一帶。
從4月8日起，國民黨每天派出十架左右飛機對起義部隊進行偵察和騷擾，並不斷拋撒傳單，誘騙學員，誣蔑賈亦斌。而起義部隊經數日激戰，糧、彈兩缺，在重重包圍中隨時有全軍覆沒的危險。
4月9日早晨，賈亦斌、李愷寅兩路部隊在雙林附近會合後，立即舉行會議，分析研究形勢及下一步行動方案。會上大家一致認為應盡快穿過京杭國道進入天目山區，以便與遊擊隊取得聯係，擺脫敵人的追擊。為此，部隊連夜行軍，並冒充國民黨第三十六師，冒險從吳興城邊通過了京杭國道，順便還繳了浙江省保安團一部的武裝。
4月10日，由總隊輔導組組長劉異等人率領的主力約千餘人突破重圍，到達莫幹山。
11日下午，賈亦斌所部在妙西山良村又遇襲擊。起義部隊奮起反擊，將國民黨軍隊擊退，自己也僅剩80餘人。在安吉境內，部隊最後被打散，賈亦斌隻身突圍。在當地老百姓的幫助下，他找到了遊擊隊，並由遊擊隊員護送，安全到達安徽寧國境內的中共蘇浙皖邊區工作委員會所在地。
盡管預幹一總隊起義沒有完全實現預定計劃，但極大地瓦解和動搖了上海及江南敵守軍的鬥誌。中共上海局領導對此高度評價，稱此次起義“震撼了京滬杭總後方。”賈亦斌後來抵達丹陽，陳毅、曾山、劉曉等首長都接見了他。
回頭再說傘兵三團的起義。傘兵三團和預備幹部訓練團第一總隊一樣，都是蔣介石的嫡係部隊，傘兵三團被稱為蔣家的“禦林軍”。劉農畯和黨組織建立聯係後，地下黨派周其昌等去傘兵三團協助起義。黨組織非常看重三團的戰鬥實力，希望能在解放軍攻打上海時，裏應外合在火線起義。
前文提到，1949年3月10日，蔣介石突然下令調傘兵三團南下去福建，打算把傘兵三團調到台灣擔任自己的警衛部隊，這就打亂了在上海就地起義的原計劃。為此，張執一通過李正文指示段仲宇，要利用掌握的船隻、列車等軍運工具，盡量設法拖延三團南下。這天，國民黨傘兵參謀長戴傑夫來找段仲宇調船運兵，段仲宇雙手一攤：“三團一營還在北火車站擔任警備，接防的湯恩伯部隊還沒下命令調來，一營不能撤。”這樣，戴傑夫便調整行軍序列，報請蔣介石批準傘兵三團推遲一周後再南調。抓住時機，黨組織和劉農畯按原定最佳方案，火速進行傘兵起義的各項準備。