範曄在《後漢書·西域傳》中說：“今撰建武以後其事異於先者，以為《西域傳》，皆安帝末班勇所記雲。”永建二年（127年）班勇被迫離開西域後，《西域記》自然也就絕筆，從此範書缺乏足夠的資料來源，《西域傳》的有關內容，難免缺失或含糊不清，使人難知究竟。可以肯定地說，東漢此時對西域已恢複或重建了統轄關係。被班勇擊敗逃逸的呼衍王雖曾卷土重來，在伊吾一帶騷擾，並對車師後部進行報複，但已無力挽回其頹勢，永和二年（137年）敦煌太守裴岑率郡兵三千人至蒲類海出擊，擊潰匈奴騎兵，誅呼衍王，再一次取得重大勝利。“除西域之災，蠲四郡之害，邊境乂安。”當然，不容忽視的是，匈奴勢力退出天山南北後，新的矛盾複又凸顯，分散的綠洲各國，以強淩弱、更相攻伐，影響著社會的安寧。為加強對綠洲城國特別是南道諸國間的協調和領護，東漢曾通過敦煌太守調整駐守西域的機構與人員，除在車師重置戊己校尉外，西域長史則移駐於闐。
永建四年（129年）於闐王放前殺拘彌王興，自立其子為拘彌王，而遣使者貢獻，敦煌太守徐由上求討之。帝赦於闐罪，令歸拘彌國，放前不肯。陽嘉元年（132年），“徐由遣疏勒王臣磐發二萬人擊於闐……更立興宗人成國為拘彌王而還。”
於闐和拘彌在西漢時均為南道大國，勢均力敵，後於闐益強，而欲兼並拘彌，戰禍不斷，隨之西域長史亦卷入爭端。元嘉元年（151年）長史趙評病死於闐，拘彌王成國與於闐王建一貫不和，揚言趙評為建所害，新任長史王敬在拘彌王主簿秦牧鼓動下，貿然殺建，造成混亂，王敬也為於闐人所殺，繼立建子安國為王。值得注意的是，王敬從敦煌來走馬上任，隻帶左右隨員，並無多少士卒護衛。難道前長史從柳中移駐於闐時，也沒有漢軍隨行？從各種跡象看來，並非如此。原隨班勇至柳中的漢軍，後來很可能一部分劃歸駐於車師的戊己校尉統率，還有一部分隨長史調至南道於闐、精絕諸地駐屯。民豐縣尼雅遺址出土的佉盧文簡牘中，反映漢晉之際有不少被稱為秦人的漢人與當地居民雜居，以務農為生。他們很可能是漢末屯田士卒或其後裔留居於當地者。1959年在尼雅曾發現“司禾府印”，證明該地確曾存在過屯田的管理機構。按有關資料推算，時間應在東漢晚期。在這裏屯墾戍邊的田卒，沒有理由說是從敦煌直接派遣，而有可能是隨西域長史南來。有關史料證明，公元2世紀50-70年代，東漢政府派駐西域的各級官吏，還有效地忠於職守，塔裏木盆地各綠洲城國在西域長史的領護下，有的仍持續進行著防禦匈奴的軍工建設，製作於桓帝永壽四年的《漢龜茲左將軍劉平國作亭誦》就是個很好的例證：
在此刻文近處，又刻：
淳於伯隗作此誦。
龜茲左將軍劉平國很可能就是供職於龜茲城國的漢官，他率領從內地來的秦人（漢人）孟伯山等作列亭，即係列的亭隧、烽火台，作為防禦匈奴的軍事設施。永興元年（153年）車師後部王阿羅多與戊部候嚴皓不和，遂起兵作亂，圍攻漢兵屯田的且固城，殺傷吏士。戊校尉閻詳慮其招引匈奴，將亂西域，乃寬宥其罪，阿羅多乃向詳降，反映即使在與匈奴關係比較密切的車師後部，仍在漢朝的掌控之中。靈帝建寧元年（168年），疏勒王漢大都尉於獵中為其季父和得射殺，和得自立為王。三年，涼州刺史孟佗遣從事任涉將敦煌兵五百人，與戊司馬曹寬、西域長史張晏，率焉耆、龜茲等國兵三萬餘人，“討疏勒，攻楨中城，四十餘日不能下，引去。”上引涼州刺史出兵討伐疏勒事，與陝西博物館碑林所存《曹全碑》略有差異，後者稱：“君諱全，字景完，敦煌效穀人也……建寧二年，舉孝廉，除郎中，拜西域戊部司馬。時疏勒國王和德，弑父篡位，不供職貢，君興師征討……和德麵縛歸死，還師振旅。”對這兩種不同記述，馬雍先生在《東漢〈曹全碑〉中有關西域的重要史料》一文中，作了令人信服的分析比較，指出立於靈帝中平二年（185年）的曹全碑文，更符合曆史實際，疏勒王和德（即和得）“殺父篡位，不供職貢”，涼州刺史孟佗遣從事任涉、西域戊部司馬曹全、西域長史張晏等率焉耆、龜茲、車師前後部共三萬餘人，大規模地進行討伐，在強大的軍事壓力下，和得歸降。由此人們可以清楚地看到，戊部司馬、西域長史正接受涼州刺史的指令，履行著自己的職責。而在漢朝統轄下的西域諸國焉耆、龜茲、車師前後部等，也都接受調遣，參加統一的軍事行動。類似的事件還發生在靈帝熹平四年（175年）：“於闐王安國攻拘彌，大破之，殺其王。戊己校尉、西域長史各發兵輔立拘彌侍子定興為王，人眾裁千口。”上述戊己校尉和西域長史各發兵至拘彌，顯然二人並非處於一地，從柳中已南遷於闐的西域長史，不會再回車師。在王敬事件發生後，也不可能再駐於闐，新的駐所在哪裏？最大的可能是在精絕、樓蘭等地，這裏處境安全，與敦煌聯絡方便，直接可以接受敦煌太守或涼州刺史的指令。至於駐在車師的戊己校尉，現在能見到名字的就是董卓，他在靈帝熹平年間（172-178年）或稍後，曾任此職，並與車師王室關係親密，故史載“車師王侍子為董卓所愛”，獻帝初平二年（191年）侍子在長安犯罪伏法，董卓大怒，還專門為他報仇。