鄭成功一生都在為抗擊清軍作鬥爭，然而，此時的明朝已經滅亡，複明大計更是希望渺茫，這個時候，對於鄭成功來說真的是多事之秋。好不容易經過一番努力收複了台灣，形勢剛剛有所好轉，但是不幸的消息一個接一個的傳來，這些讓飽經滄桑的鄭成功更加顯得悲憤和痛心。這正如古人所說的福無雙至，禍不單行。
鄭成功南京之戰失敗後退居廈門，雖然此時的清廷又多次派兵征剿，但是對鄭成功無計可施。後來鄭成功收複台灣後，清廷更是沒有辦法再剿滅鄭成功了。這個時候，清廷已經感覺到鄭芝龍已經沒有利用價值了，就開始實施當初的平海五策中的後幾策了。順治十八年（1661），清廷采用之前黃梧叛鄭投清時的建議中的“三、其父芝龍羈縻在京，成功賂商賈，南北興販，時通消息，宜速究此輩，嚴加懲治，貨物入官，則交通可絕矣；四、成功祖墳現在各處，叛臣賊子誅及九族，況其祖乎？悉一概遷毀，暴露殄滅，俾其命脈斷，則種類不待誅而自滅也……”清廷下令讓兵部尚書蘇納海於八月時到福建，令黃梧毀鄭氏祖墳，黃梧偕施琅會同提督馬得功、總兵蘇明赴晉江縣的大覺山、南安縣的覆船山、橄欖山、金抗山，鏟毀鄭芝龍父祖和先世的墳墓五座，挖起來之後，即將大杉木鋸開兩邊，中鑿孔相連，將各屍合在內，用鐵箍箍上，外加封皮，沿途遞解，逢郡縣收獄。十月初三，年前被家人尹大器出賣流徙尚陽堡的鄭芝龍，因為跟四輔蘇克薩有過節，就被以跟鄭成功有書信往來，陰謀不軌的理由，在柴市被斬首，他在北京的子孫、家眷11人，全部被殺。
康熙元年（1662）正月的時候，鄭成功正在和諸將商量治理的台灣的一些事宜，此時，有一人前來告訴了鄭成功這些消息。鄭成功聽到這些消息後，感覺就像是晴天霹靂。鄭成功久久沒有緩過來，嘴裏隻是說：“不可能，不可能……”，等到半夜的時候他一個人坐在那裏精神恍惚，頓足辟踴，望北而哭，說：“若聽兒言，何至殺身；然得以苟延至今日者，亦不幸之幸也！”乃令文武官員各掛孝，及知毀墓，更向西咬牙切齒地罵說：“生者有怨，死者何仇？敢如此結不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝屍，枉做人間大丈夫！”後來鄭成功雖然嚴諭搬眷，但是，留守的戶官鄭泰、兵官忠振伯洪旭、前提督黃廷等皆不欲行，據廈門、金門抗令，不發一船到台灣，島上信息完全隔絕。
這個時候對鄭成功來說，真的是諸事不順。他下令後過了多日，依然沒有消息。後來得知金、廈諸將抗命，鄭成功大為震怒，於是解佩劍予董昱、洪有鼎，命再至廈門，諭武衛右鎮周全斌監殺。這時，參軍蔡鳴雷因為在台灣有過失，怕被鄭成功處分，所以告假回廈門搬眷，謊稱鄭成功欲殺諸將十餘人，說：“延平王勢必盡誅，否則罪及監斬者，已密諭南澳周全斌將兵來，此武力對付矣。”洪旭等更加害怕，人人自危；接著聽說鄭成功有病，認為他一定是病糊塗了，乃相與計議，說：“此亂命也，豈可妄從？然，世子，子也，不可以拒父；諸將，臣也，不可以拒君；泰於延平王為兄弟行，拒之可也。”洪旭等於是調援剿右鎮林順守大擔島，並誘周全斌回廈門，即執而拘之，不肯搬眷到台灣，然後聯名上啟。鄭成功看到“報恩有日，侯闕無期”這話，知道金門、廈門諸將抗命，仰天長歎，病情遂更加惡化。其實，早在元旦的時候，鄭成功就曾因為偶感風寒一直臥床不起。
一波未平一波又起，之前的幾件事已經讓鄭成功內心極度激憤。但是，幾個月後，又從家中傳來一個讓他感到非常痛心的消息。原來，鄭成功的長子鄭經和他弟弟的乳母陳氏昭娘私通，於三月時生下一子，鄭經謊稱是他的侍妾所生。鄭成功信以為真，心中非常高興，並且大加賞賜，給他的夫人董氏金六錠、花紅六疋，鄭經金四錠、花紅四疋，陳氏昭娘金二錠、花紅二疋，給孫子的賞賜也是如此。其實，鄭經和陳氏昭娘私通的事情早在三年前就已東窗事發，當時鄭成功下令將陳氏昭娘投海，但鄭經偷偷將她藏了起來，也沒人敢去告訴鄭成功。之後，陳氏昭娘更加囂張，經常和鄭經的夫人唐氏吵架。鄭經的夫人是前尚書唐顯悅的孫女，為了替孫女出一口氣，唐顯悅寫了一封信給鄭成功，並在信中大罵鄭經，當然，也把鄭成功給罵進去了，說：“三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不聞飭責，反而齎賞。此治家不正，安治國乎？”
鄭成功得知事情真相之後，非常生氣，他大怒說：“我欲成大事，乃不能治家，遑問天下。”於是他就派人去殺鄭經，以及他的夫人董氏。黃廷等聞令，嚇了一大跳，說：“主母、小主其可殺乎？”不肯奉令箭。諸將經過商量之後，於是決定隻殺陳氏昭娘母子複命，並為鄭經和董夫人求情。