父親去世時，小約翰·D·洛克菲勒已牢牢掌握一家的財產和權力。到父親把46500萬美元移交給他時，他已掌權15年。早先，小約翰不過跑腿，就一切家族企業、商業和慈善事業和父親商量，但是從1922年起，小約翰就開始作最後決定，分發必要的錢。在繼續監督像洛克菲勒基金、醫學研究所和一般教育委員會這些慈善事業之際，小約翰還獨力岔出去幹他畢生持久而強烈愛好的工作：保護自然。他懷著一種宗教熱忱酷愛野外生活。他永遠不停地欣賞山陵的宏偉、湖泊的寧靜和綠野的開闊。隨著這種享受，他認識到凡是他所享受的，其他人也應當享受。早在1910年。買下緬因州海豹港荒島上的夏季住宅時，他就開始認識到，他所知道的該島崎嶇起伏之美終將因私人擁有一塊塊土地而遭受破壞。為了保存這一景色優美的島嶼，他跟著其他人買下了大約3萬英畝未耕過的土地，從北邊的法國延伸到南邊的大西洋。隨後他設想沿著島的周邊開辟一條公路，以便遊客能毫無幹擾地享受優美的景色。想實現這一設想需要許多年的辛苦經營，他親自設計這些道路和橋梁，監督這條沿海大道的鋪築。他遵循一條保護自然的原則，這一原則在往後的歲月中將一路發展下去。僅僅保存荒蕪的土地還不夠，這片土地還必須加以利用，以便人們能享受保存下來的自然美。這3萬英畝土地，道路暢通。起初靠馬匹和馬車，隨後通行汽車。後來他把它們全部捐給政府，成了阿卡迪亞國立公園，密西西比州以東第一個國立公園。
小約翰1924年周遊過一次西部的國立公園，亞利桑那州的大峽穀、新墨西哥州的班得利厄國立紀念碑、科羅拉多州的梅薩·維爾達和懷俄明州的黃石公園。他帶著約翰第三、納爾遜和勞倫斯一起去，他們背著背包，騎馬或步行穿過這些公園。小約翰·D·洛克菲勒承擔保護天然的責任始自1924年的一次旅行。他和孩子們在梅薩·維爾達參觀史前印第安文化的廢墟時，請公園管理處主任傑西·奴斯巴姆向他們講解了那些錯綜複雜的懸崖宮殿，小約翰就決定捐資就地興建一所公園博物館或一個問訊中心，以便將來的遊客也能有人向他們解釋這些景物。這一試點工作進行得非常好，以致美國今天全部國立公園和大部分州立公園都有問訊中心或自然博物館為遊客造福。
在黃石公園，小約翰看到倒在公園道路兩旁的大小樹木和亂石碎礫，為之大吃一驚。得到的解釋是國會拒絕撥款清理路邊。因此小約翰花5萬美元資助了清理和美化道路，向人清楚地表明能夠幹什麼和應當幹什麼。
五年之後，清理所有國立公園道路又成為政府一項永遠的政策。
1926年他帶著妻子和三個兒子第二次旅行西部，小約翰穿越加利福尼亞州的紅杉林、國立黃石公園，隨後去就在黃石公園南麵的大特頓山，把這一帶的山描寫為“曾經看到的可稱最雄偉和最壯麗的高山……一幅在我看來是無與倫比的瞬息萬變的奇景”。
這裏也是一批自然保護者奮鬥了若幹年，想說服聯邦政府把這一奇美的地區作為國立公園。問題是，這片土地的1／5，橫貫在兩條山脈之間、提供高峙1300英尺的大特頓山景色的部分，散布著私有的農屋、搖搖欲墜的建築、牆板以及諸如此類的東西。
以傑克遜洞著稱的這一山穀，不可能包括在特頓山國立公園計劃內。小約翰決定做政府所不願做的事：全部買下牽涉到33000多英畝的私人業地，使傑克遜洞成為一個完整體，當作禮品交給公眾。
這些決定是小洛克菲勒的決定，但不是輕易作出的。它們要花費時間、精力來研究。按照小約翰·D·洛克菲勒的心意，一度對一項事業承擔義務，他就把它看作一宗沒完沒了、永遠前進的誓約，除非有良好而充分的理由。假使一項事業值得辦，他就打算辦到底，而且要按正確的方法去辦成。在涉及購買土地供公眾使用這一保護自然的行動內，有的是大力反對的私人業主、牧場主、農民、伐木工人，有時還有政客。今天看作有價值的自然保護事業，當時要花若幹年談判和幾百萬的金錢去完成。洛克菲勒家在建設緬因州阿卡迪亞國立公園上花去300多萬美元；購買土地，把特賴恩堡公園送給紐約市花600多萬美元；替紐約州搶救沿哈得遜河的帕利塞茲河邊懸崖花1000多萬美元。他捐200萬美元給加利福尼亞州的“搶救紅杉林同盟”；164萬美元給約塞米蒂國產公園；16萬美元給謝南多亞國立公園；而為大特頓山傑克遜洞的保留花去1749萬美元，把山陵綿延的荒野改造成為遊客享受的遊樂地區。所有這些工程都是小約翰協同當年那些傑出的自然保護者，像費爾菲爾德·奧斯本和霍勒斯·馬爾登·阿爾布賴特之類的人士，承擔下來的。