六、被激造反 擁兵不朝
安史之亂平，唐代宗詔懷恩護送回紇兵歸，經過太原，河東（今山西太原）節度使辛雲京“內忌懷恩”，又以他與回紇為親戚，懷疑可汗襲城，竟然閉關拒絕入城，懷恩大怒。辛雲京串通監軍宦官駱奉先，誣陷懷恩謀反，懷恩上表自辯，言仆固氏為大唐朝廷“身先士卒，兄弟死於陣，子姓沒於軍，九族之內，十不一在，而存者瘡痍滿身”，“二女遠嫁，為國和親”，“一門之內死王事者四十六人”，“闔門忠烈”，朔方將士“功效最高，為先帝中興主人”，“豈誰是臣不忠？”請誅辛、駱二人，代宗詔於廣德初年（763年）進封懷恩為太保，一子三品官，一子四品官，賜鐵券，以名藏太廟，畫像置淩煙閣。但是，因為父子兩代為大唐立大功而卻遭要反叛懷疑，心中怏怏不快，而懷恩性格強固，“不肯為讒毀屈曲”，於是，上書代宗，自言“臣罪”有六。
一、肅宗即位靈武，叛軍進逼河曲，懷恩走靈州討叛，河曲清泰，賊徒奔亡，這是不忠於國；二、子仆固玢被同羅俘又逃回歸順，懷恩斬之以令士眾，這是不愛骨肉之重而徇忠義之誠；三、懷恩有二女，為國和親，都聘遠蕃，借來蕃兵助唐滅叛軍；四、懷恩與子瑒，不顧危亡，父子效命，誌寧邦家；五、懷恩任河北副元帥，撫綏各新附節度使，州縣安定，賦稅以時；六、懷恩與回紇平息叛亂，使蕃夷歸國永為鄰好，萬姓安寧。實際上，這六條應該說是仆固懷恩的六大功勞。唐代宗心裏明白，派黃門侍郎裴遵慶詔懷恩入朝，懷恩抱其足哭訴冤情，答應入朝，但他的副將範誌誠勸他吸取來填、李光弼功成而不見容的教訓，懷恩遂拒不入朝。
七、懷恩兵敗 死於靈州
仆固懷恩部下將士義憤填膺，不堪忍受，部將範誌誠、其子仆固瑒等發難。在河中，仆固瑒被朔方兵馬使張惟嶽等四人斬殺，懷恩聞之，率數百騎，棄其母，渡河走靈武。其母月餘日壽終。代宗一方麵遙授懷恩太師兼中書令、大寧王，另一方麵，急派郭子儀“宣慰”。懷恩在靈武舉起反旗，聯絡吐蕃十萬入涇州、邠州、奉天、醴泉，被郭子儀軍擊退。永泰元年（765年）懷恩又聯絡諸蕃二十萬，南下京師，朝廷大驚，代宗下詔親征，郭子儀以及十幾位大將多路阻擋。懷恩本人率朔方軍及回紇軍，行至靈州鳴沙（今寧夏中寧縣黃河南）“遇疾”，急忙返回靈武，九月九日，死於靈武，“部曲以鄉法焚而葬之”，餘部為郭子儀收編。清嘉慶三年（1798年）《靈州誌跡》載明靈州知州楊芳燦憑吊仆固懷恩詩《過仆固懷恩墓》，對仆固懷恩功過是非作了評價，其中有“壞道沉碑失，陰厓破塚存”，說明清朝嘉慶初，仆固懷恩墓仍可在靈州看到，現在已經不知在何處，有待考古人員發現。仆固懷恩晚年雖然“逆命三年”，最後被逼反唐，但連唐代宗本人都“未嚐言其反”。懷恩死後，唐代宗還說：“懷恩不反，為左右所誤。”宋人孫甫評論仆固懷恩之反唐時說：“肅宗寵信內臣，為將帥之患。郭子儀討平大亂，收複二京，元勳厚德，天下瞻望，但不與（內臣魚）朝恩協，為其讒間，遂罷兵權。李光弼戰伐盡力，動有奇功，才謀忠勇，冠於諸將，亦為朝恩所擾，致有敗卹。仆固懷恩前從郭子儀，知其事實，後事李光弼，憚其嚴而不附，遂與朝恩協議，以敗其功，又施其計矣。以李郭之功，都沒能固其權任，況他帥乎？又，代宗即位之始，程元振輩用事於內（即當內臣），深於（魚）朝恩，來傎局將相之任，一不從元振請托，無罪而殺。此懷恩所以不肯盡忠也。”（《唐史評論》卷中）