因為苻堅的心慈手軟，姑息放縱，終於在十一月，苻柳據蒲扳（今山西永濟西南蒲州鎮），苻雙據上邦（今甘肅天水西南），苻庾據陝城（今河南三門峽西），苻武據安定（今甘肅涇川北）。同時舉兵起義，都把矛頭指向苻堅，一時間苻堅才知道自己的過錯，他對眾人說：“我對他們這些人的恩德已經都到了什麼地步了！他們怎麼還會造反呢！”苻柳眾人依然擁兵自守。後來，戰勢越來越不利於前秦，前秦感到很害怕，派重兵防守陝城以西的重鎮華陽（今陝西華陽東南）。前燕在政治上，王猛一係列的改革措施使前秦政治清明，成力當時最繁榮的國家，而在軍事上，王猛這位軍師多次率軍出征，也毫不遜色，為前秦統一北方立下了汗馬功勞。魏尹範陽王慕容德請求發兵攻打前秦，很多燕國人也請求救援陝城，攻下關中，但是最終燕國也沒有出兵，也使前秦躲過此劫，王猛再一次立下戰功，打破陝城，俘獲苻庾，送至長安，攻克上邦，斬苻柳及其妻子。至此，苻氏的內亂被平息。慕容恪病死之後，前秦、東晉都企圖乘機占有，但是前秦卻因蕭牆之禍無暇外顧。而東晉則於太和四年四月，由桓溫親自率領五萬步騎從姑熟（今安徽當塗）出發開始北伐，東晉的捷捷勝利，使慕容統治集團十分恐懼，派慕容垂代替慕容臧為南討大都督，率征南將軍慕容德等五萬步騎抵禦桓溫，答應割地，讓虎牢（今河南穹陽西北汜水鎮）以西的土地給秦作為條件，苻堅這時召集大臣商議，大家都認為：“當初東晉桓溫伐我們前秦的時候，到了灞上，燕國都沒有來救援，而且燕國也從來也不對我們稱藩，現在我們也沒有必要救援他們啊！”但是王猛並不同意他們的意見，他認為：“燕國如果被東晉滅掉以後，桓溫贏得山東，進屯洛邑，收複大部分地區，陛下的事業就付之東流了啊。現在我們不如與燕國一起對抗桓溫，等到桓溫撤退，燕國也已經大受損失，然後我們就乘機占領燕國，這不是很好嗎？”
苻堅聽從了王猛的意見，八月，派苟池將軍和洛州刺史鄧羌率領2萬步騎救援前燕，這時桓溫在枋頭徘徊不進，靜待燕國的變化，打算坐獲全勝，但是前燕慕容垂英勇善戰，使晉軍大受挫敗，而且晉軍水運斷絕，軍餉欠缺，又給東晉一沉重打擊。九月，桓溫作戰接連失利，又聽說前秦救援就要到達，一氣之下下令焚燒戰船，丟下輜重、鎧甲，率軍從陸路撤回，但是在撤回的路上也難逃前燕慕容垂的截擊，又損失了三萬人。十月，桓溫才狼狽的逃回淮南，這時，前燕雖然戰勝，但是國內的危機卻大大加深了，戰亂給人民帶來的災難愈加嚴重，這時，苻堅的計謀達到了，但是願望一直沒有完全實現，主要因為國內總是戰亂頻繁，雖然現在已經基本穩定，剩下的就隻有一個問題了，那就是對前燕的慕容垂的威名十分忌憚，但是沒有想到，慕容垂被妒忌已久的太傅謀殺未遂，又是與太後勾結的，一時間走投無路，帶著子侄投靠前秦，苻堅見狀大喜，親自到郊外去迎接，情不自禁的拉著他的手說：“你真是天生的賢良將才啊，如果有了你的幫助，我們一定會共創大業的，如果我得到了天下，我一定會還你本邦，世代封為幽州，讓你雖然離國但是不失為臣子之孝，雖然歸於我國卻仍然不失忠誠的美名啊，這不是很好嗎？”慕容垂十分感動，感慨萬分地說：“我是流亡在外的罪臣，陛下不論我的罪，已經是我的幸運了，也是我國最高的榮尚了，我也不敢奢望了啊！”苻堅素來愛惜良才，對待慕容垂也是恩尚有加，賞賜巨萬，當慕容垂每次覲見時，對他的意見都很重視。
苻堅的這些做法卻引來了王猛的憂慮，他對苻堅說：
“慕容垂是前燕的國戚，雄霸天下，明慧達敏，很多士卒都對他感恩戴德，他的才略、權智無人能敵，而且他的子侄都很有才幹，都是傑出的人才，這些人都不容易馴服，可謂是蛟龍猛獸之類，依我的愚見，還是把他們除掉吧！”苻堅卻反駁說：“我因為一向招攬人才，建世代功德，現在人們都知道我對他們是寬厚以待的，現在你又讓我殺掉他們，天下的人們會怎麼說我呢！”
這時前燕綱頹紀紊，日益腐敗，等到桓溫攻打前燕結束以後，又沒有遵守諾言履行割地給前秦，前秦於是因為這個事情為借口，大動幹戈，讓王猛統帥軍隊攻打前燕，而且還令慕容垂的長子慕容令為參軍，擔當向軍，這時，王猛心生一計，打算設一個圈套來考驗慕容垂，於是在出發前，王猛去拜會慕容垂，慕容垂為他餞行，王猛表現出一副依依不舍的神態，歎息到：“今日一別，不知什麼時候才能相見啊，你能贈我一件東西，讓我在思念你的時候睹物思人嗎？”慕容垂深受感動，於是解下佩刀贈與王猛，十二月，秦軍攻下洛陽，太和元年正月，前燕洛陽守將洛州刺史慕容築因為援軍總也不來，很是害怕和擔心，於是就投降了。當梁成再一次進攻穹陽的時候，一下子殲滅燕軍三千餘人，使慕容臧退軍到新樂（今河南新鄉市），王猛攻下洛陽以後，買通了慕容垂的心腹金熙，讓他把佩劍帶給慕容令，又讓他捎去一封信，裝著偷偷摸摸的樣子，假傳慕容垂的口信說：“我們父子逃往到這裏，是來逃難的，現在王猛對我們深惡痛絕，而秦王雖然外表寬厚和善，但是他的真實想法我們卻無法猜透，大丈夫想逃難都不行，會被天下人恥笑的，我聽說東晉現在好了很多呢，我們不如去那裏吧，我現在已經動身了。你也趕快出發吧！”慕容令仔細思索，覺得實在有些可疑，猶豫不定，不過當金熙把父親隨身的佩刀拿出來以後，又不得不相信，於是假裝出外打獵，投奔前燕石門守將慕容臧。王猛見狀，立刻上書彈劾慕容令叛逃，慕容垂害怕，迫不得已騎馬逃跑，卻在藍田被苻堅派來的騎兵追獲。但是苻堅卻沒有絲毫責備慕容垂的意思，反而安慰他說：“你的國家分裂無奈委身去我國。賢子不忘本，懷念本國。這是父子之間都無法達到的境界啊。你怎麼這麼害怕呢！”於是把官位還給他，依舊如初。史學家司馬光在評論此事時，對王猛的這種行為極為不滿。一代英臣竟然如此狹隘，但是為了國家的長遠利益，從以後的事情來看，也算是為難他了。