《原理》這本書鑄就了近代科學革命的裏程碑，被人們推崇為經典力學的締造者。
在結構上，《原理》體現的是一種標準的體係，從最基本的定義和公理出發，第一編為全書的討論成為數學工具上的基礎，並把各種運動形式加以分類，詳細考察了每一種運動形式與力的關係。
第二編近一步考察了各種形式阻力對運動的影響，討論地麵上各種實際存在的力與運動的情況。
在第三編中，用前兩編中數學證明的命題由天文現象推演出使物體傾向於太陽和行星的重力，再運用其他的數學命題由這些力推算出行星、彗星、月球和海洋的運動。
在全書的最後，牛頓為之寫了一段“總釋”，集中表述了牛頓對於宇宙間萬物的根本原因：“萬有引力以及我們的宇宙為什麼是一個優美的體係的總原因的看法，集中表達了他對於上帝的存在和本質的見解。”
在寫作手法上，由於牛頓是一個用心專一的人，他在構建自己的體係時，雖然仿照了歐幾裏得的《幾何原本》，但他是從自己的使命感出發，並解釋了自然現象，他沒有被那些純粹的形式化推理迷失自我。
牛頓是一位偉大的數學家，在數學上有一係列的成就，但他嚴格地把數學當作研究的工具，隻是在有需要時才帶領讀者稍微做一點數學上的遠足。
還有一點，牛頓沒有完全沉醉於純粹的哲學思想中，在《原理》中的命題都來自於現實世界，或是物理學方麵的，或是天文學方麵的，或是數學方麵的，也就是牛頓所理解的自然哲學方麵的。
《原理》中全部的論述都是以命題的形式出現的，每一個命題都有證明或求解，所有的求證求解都是以數學形式出現的，在需要時還可以附加一些推論，而每一個推論又都有證明或求解。當牛頓認為某個問題在哲學上具有特殊意義時，他才另外加上附注，對問題加以說明或進一步推廣。
全書貫穿了牛頓和萊布尼茨分別研究並發明的數學方法——微積分，不過牛頓稱微積分為“流數”，這是牛頓的成就之一。它在科學史上占有重要地位，因為它標誌著經典力學體係的建立。
《原理》不論從科學史還是人類文明史來看，都是一部劃時代的巨著。從人類文明史來考慮，它推動了英國工業革命的發展，在法國誘發了啟蒙運動和大革命，在社會生產力和基本社會製度兩方麵都有直接而豐富的成果。到目前為止，還沒有哪個重要的科學和學術理論，能夠超過《原理》的。
從科學研究內部來看，《原理》是一種現代科學理論體係形成的樣板，包括理論體係結構、如何處理人與自然的關係、研究方法和研究態度等多個方麵的內容。
在科學的曆史上，《原理》是人類掌握的第一個比較完整的科學的宇宙論和科學理論體係，其影響遍及了經典自然科學的所有領域，在以後的300年時間裏不斷取得了豐碩的成果。
《原理》的誕生使牛頓成為了近代物理學界的一顆新星，並且使牛頓得以創立了天體力學，牛頓也因此成為了一位偉大的人物。
在牛頓生活的時代，人們普遍接受笛卡兒的自然哲學，因而，牛頓的一係列違背笛卡兒自然哲學的新理論，自然受到了學者們廣泛的懷疑。
於是，《原理》一書出版後，便遭到了宗教界人士的強烈反對。他們認為牛頓褻瀆了萬能的上帝，認為《原理》具有明顯的反神創論傾向。然而，事情並非他們想象的那樣惡劣，隨著時間的推移，眾多的天文現象證實了萬有引力定律的正確性。同時，也證明了牛頓的清白。
《原理》達到的理論高度是曾未出現過的，即使在後來也不多見。愛因斯坦說過：“至今還沒有可能用一個同樣無所不包的統一概念，來代替牛頓的關於宇宙的統一概念。而要是沒有牛頓的明晰的體係，我們到現在為止所取得的收獲就會成為不可能。”
因而，無論從哪方麵來探討，《原理》都是一部偉大的著作，它永遠都具有很高的價值。