返回劍橋12個月後，牛頓就麵臨著至關重要的研究員選舉。
這是他迄今所麵臨的第一次選舉，也是最重要的一次選舉。就像三年前他對獎學金的名額競爭一樣，這次選舉結果關係到牛頓的整個未來。
這次選舉關係重大，將決定牛頓是否繼續留在劍橋大學，課題研究是否繼續進行，也可以這樣說，是否要回到林肯郡，是否回到他的家庭背景所能安排的鄉村牧師職位上去，這所有的一切都將由這次選舉來決定。
從表麵上看，牛頓成功的機會不是很多。因為三一學院已經三年沒有進行選舉了，隻有9個待補名額。
還有一部分學生享有某種特權，而政治影響也起了很大的作用，那些有關係的便接近王室成員，想方設法地弄到國王的委任信函，指定選舉他們。
剩下的就隻有靠院長和8位高級研究員來選擇了，這對他們影響力的炫耀到處可見。
在9月的最後一周，候選人必須坐在教堂裏4天，接受高級研究員們嚴格的考核。而這些課程，牛頓已經將近4年沒有碰過了。
在這種形勢下，這位往日的減費生不管付出多麼大的努力，被選舉的機會真的是非常渺茫啊！
如果他也有人讚助的話，那麼他勝出的機會就大了。
如果這次選舉成功，就會使牛頓成為學院委員會的永久成員，並且，按照他的個人理解，從此他便可以自由地做研究工作了。
1667年10月，牛頓如願當選為學院研究員，隻是這個研究員的位置並不是那麼重要。9個月後，牛頓從被授予文科碩士學位開始，他才正式登上了重要的研究員的位置。
授予碩士學位隻是一個形式而已，但也從來沒有聽說哪個人拒絕過。
在以後的7年中，最後一步隨時都會到來。
除兩名特定成員外，學院60名研究員的任職，在獲得文科碩士學位後，7年之內要獲得牧師的身份。
1667年10月2日，牛頓成了三一學院的研究員。
獲得了碩士學位後，牛頓在三一學院整整生活了28年。
這些年大致上也正是劍橋大學與三一學院最艱難的時期，因為這段時間國家正處於動亂時期。不論他當初的願望是什麼，都沒有找到一個誌趣相投的學者圈子。
牛頓作為一個追求真理的哲學家，他發現自己身處那些有了職位卻還在找位置的人中間。
他的全部創造生活的背景也正是由於這一基本事實被染上了顏色。
牛頓還是不太適應學院的生活，這一點對他來說其實是非常有利的。
因為研究員生活中的瑣事逐漸多了起來，完全可以將有希望的人給抹殺掉。
牛頓就是有著常人所不具備的精神。他不論在何種情況下，都會熱情地用心鑽研。他遠離群體生活，自己獨處，完全投入到了對知識的追求當中。
學院的管理手冊上的記錄充分證明了牛頓在校學習期間是極少離校的。即使是他離校了，一般也隻是回家看看，但時間不是很長。
1669年，即學院管理手冊指的是到1669年9月29日米加勒節結束的前12個月，牛頓有52個星期全在校；1670年，牛頓49周半在校；1671年，牛頓48周在校；1672年，牛頓48周半在校。
10年後，牛頓發現他去教堂的次數非常的少，因為他每晚都要工作到淩晨兩三點。
通過這件事足以表明，牛頓一直都是在用心研究，而且很少中斷，即使他晚上去教堂也隻是去比較近的聖瑪利亞教堂。
在他讀本科時，學院的寬鬆管理就曾幫過他的忙，現在對他也是十分有利的。
牛頓的同時代研究員喬治·莫特和帕德利克·科克等人，在學院孤獨、單調地生活了將近40年，既沒有去教書，也沒有做任何研究，校方也沒有追究他們的責任，同樣也不會追究牛頓的。
現在的牛頓認為：隻需避開三件不可饒恕的過失，即犯罪、異教與婚姻，他的研究就能繼續做下去。
事實上，牛頓真就是終生未娶。