公元1894年～1895年的中日甲午戰爭的慘敗，喚醒了越來越多的中國人，他們開始尋求救國救民的真理，一些愛國誌士認識到：要救國，隻有維新；要維新，隻有學外國。以康有為等人創辦的強學會為標誌，愛國救亡運動在全國範圍內轟轟烈烈開展起來。於是，親政以後的光緒帝準備召見康有為，商量變法事宜。而榮祿等人說康有為根本不夠資格直接拜見皇上，請求皇上讓他們自己來處理就行了。榮祿對康有為一向甚為痛恨，他曾公開對人說：“康有為設立保國會，現在許多大臣還沒有死，就是亡國也不勞他來保。他如此狂妄，非殺不可！”
光緒二十四年（公元1898年）正月初三下午，總署大臣李鴻章、翁同龠禾、榮祿等在總理各國事務衙門召見了康有為。這實際上是一次大論戰。當談到變法問題時，榮祿先發製人，態度冷傲地說：“祖宗之法不可變！”康有為早有準備，麵色從容地反駁道：“任何事都得因此變通。就拿總署這個衙門來說吧，祖宗當年就沒有設過，現在則增設了。形勢不同，這種變化是免不了的。”榮祿被康有為駁斥得啞口無言。這次召見，從午後三時直到黃昏，榮祿對康有為抱有極大的政治偏見，沒等接見完畢，便先行告退了。
同年四月，康有為在北京成立“保國會”，宣傳保國、保種、保教，榮祿大加詆毀，攻擊康有為“僭越妄為，非殺不可”，要康有為“小心腦袋”。
同年六月，“百日維新”開始，榮祿等人與慈禧密謀策劃扼殺維新運動，先由慈禧逼迫光緒帝罷免其老師及親信翁同龠禾。慈禧罷免翁同龠禾後，很想讓榮祿入軍機處，而榮祿很會察言觀色，並懂得兵權的重要性。所以榮祿極力推辭，他冠冕堂皇地說：“去一漢員，仍宜補一漢員。”他推薦王文韶入總署，他自己則乘機代替王文韶為直隸總督北洋大臣，把持軍事大權。這樣，榮祿輕而易舉地節製了北洋三軍（袁世凱的新建陸軍、聶士成的武毅軍、董福祥的甘軍），並被授予大學士銜，成了權傾內外的重臣。
就在這個時候，榮祿等人已經開始策劃廢黜光緒的問題。榮祿再三懇請慈禧再一次出來“垂簾聽政”。慈禧一方麵躍躍欲試，另一方麵又不無顧忌地說：“我不是想躲在頤和園裏享受，隻是怕人家又要嘲笑我好攬大權了。”榮祿則諂媚討好地說：“所謂‘攬權’，是對臣下講的，怎麼能指太後呢？明白事理的人不會說這種話，說這種話的人無足輕重。”
榮祿曾遍邀王公大臣聯銜懇請慈禧垂簾訓政，其目的是造成一個聲勢煊赫的籲請慈禧垂簾的運動，以便上下勾結，奪取光緒帝的皇權。雖沒有達到目的，但他這些邀寵的舉動，使慈禧更加寵信他了。
戊戌年六月，頑固派諸大臣見光緒廢科舉、興學校，又聽說要裁撤衙門，都感到非常恐懼，紛紛勸榮祿設法阻止。而榮祿卻笑著說：“等到他們鬧到剪辮子的時候，自然有辦法，這個時候你們就這麼著急幹什麼！”榮祿的一席話表明慈禧一黨早已打定主意，隻等一有時機，就立即撲滅新政，取代光緒。