阿合馬大權在握後，開始培植親信，結黨營私，以期達到長期專權的目的。他先後把自己的兩個兒子和兩個侄子都提為達官顯要，安插大批心腹在朝廷各要害部門掌權，甚至安排自己的家奴掌管兵權。隨著阿合馬的權勢日重，他驕奢淫逸的本性充分暴露出來。不少商賈因向他大量行賄而取得官職。他還貪占美女，獻上美女的人因而也能得到高位。為了網羅黨羽，阿合馬竟濫設官府二百餘所，把自己所有的親戚、同黨以及向他行賄私獻美女的人都安排做官。經過近20年費盡心機的經營，阿合馬在朝廷上的黨羽多達七百餘人，真是一人得道，雞犬升天。阿合馬及其黨羽依仗著在朝中的權勢，巧取豪奪，中飽私囊，狼狽為奸，阿合馬強占良田數千頃，牛馬牲畜數千頭和大量財寶，有識之士和百姓對他痛恨至極，“無不思食其肉”。
這時的阿合馬日益感到遵循漢法設立的朝廷機構有礙於自己的橫征暴斂和肆意妄為，便千方百計地去控製、變更或削弱這些機構，大肆破壞漢法。一些大臣看到阿合馬及其同黨權傾朝廷，飛揚跋扈，以致使國運日衰，九鼎難固，因而十分不滿，紛紛起來維護漢法，朝中逐漸分為漢法派和理財派。1268年在漢法派大臣的建議下，忽必烈下令設立禦史台和各道提刑按察司。對於這些監察機構的設立，阿合馬認為構成了對自己的威脅，幾次奏請撤消，因未能得逞，於是他又絞盡腦汁，百般鉗製，不讓其發揮應有的作用。
此時，忽必烈的親戚安童任中書右丞相，他站在漢法派一邊，阿合馬視其為眼中釘。由於安童是忽必烈的親戚，不好除之，詭計多端的阿合馬，就想出了一個明升暗降的計策，奏請忽必烈升任安童太師，企圖架空他。在漢法派大臣的極力阻撓下，忽必烈沒有同意，阿合馬的陰謀落空。作為一個老奸巨猾的陰謀家，不達目的是不能罷休的，阿合馬一計不成，又生一計。第二年，他又奏請設立尚書省，自己當上了尚書省平章政事，並以此來排擠和取代中書省的權力。尚書省設立時曾有明文規定，提拔官吏，首先需由吏部擬定資品，然後呈尚書省，再由尚書省與中書省商議，然後上奏皇帝。阿合馬對此製度規定根本不予理睬，有事從不與其他大臣商議，更不與中書省商議，同時大肆排斥漢法派，提拔自己的親信和同黨。安童不滿，進行幹預，他趾高氣揚地說：“皇帝把大小事情都交給我辦了，任用什麼人，應由我來挑選。”安童亦奈何不得。
阿合馬的胡作非為對元初推行的漢法是一大破壞。一些漢法派大臣如史天澤，廉希憲等紛紛起來抗爭，但是，由於阿合馬奸詐善辯，這些漢法派大臣均不是他的對手。雙方爭執的結果，都以忽必烈偏袒阿合馬而告結束。有時候，忽必烈在心理上是矛盾的，也想抑製一下阿合馬的權力，但是他太需要和依賴阿合馬這樣一位“財神爺”了，因此忽必烈最終非但沒有對阿合馬采取任何懲治措施，反而稱讚他是回回人中難得的相才，對他言聽計從，寵信有加，使他日益專橫，更加肆無忌憚。
阿合馬破壞漢法，無疑是倒行逆施，忽必烈是積極推行漢法的，按理說，他們之間應是水火不容，可是為什麼忽必烈還如此重用阿合馬呢？一是阿合馬善於投其所好，能夠滿足忽必烈的嗜財貪利的欲望。二是阿合馬辯才出眾，善講歪理，而且頗能迷惑人，諸臣均辯不過他。可見，在玩弄權術中，口才是很重要的。不管你是雄辯還是詭辯，在封建社會中，隻要把皇帝說服了，就可以翻手為雲覆手為雨了，這都是由當時的製度決定的。