董卓野蠻、凶殘的行徑，激起了天怒民怨，各地紛起的討卓聲浪逐日高漲。就在他的集團內部，也有人在伺機謀殺他。初平三年（公元192年）四月，司徒王允、尚書仆射士孫瑞、中郎將呂布共同謀劃誅殺董卓。此時獻帝有病剛愈，借皇帝在未央宮大會群臣之機，呂布秘密布置同郡的騎都尉李肅等，帶領親信兵卒十餘人，身穿衛士服裝，守在宮殿側門，呂布懷揣詔書等在那裏，待董卓一到，李肅舉戟刺去，董卓受傷跌於車下，口喊：“呂布何在？”呂布應聲說：“有詔書在此，令討賊臣！”一戟將董卓刺死。隨後夷滅董氏宗族。長安百姓聽到消息，皆彈冠相慶。
董卓屍體肥胖如豬，油脂流淌。守屍的官吏在董卓的肚臍眼插上燈芯，夜間點燒起來，像燈燭一樣，足足亮了好幾天。
董卓的野蠻、凶狠、殘暴，在中國封建社會的曆史上，是絕無僅有的。他專權的三年，是野蠻統治的三年，在政治、經濟、文化方麵造成的禍害是前所未有的。
董卓生逢亂世，憑借豪強地主的地位和勢力，結連羌族豪首，創建武裝，占據地盤，名震關西。又借剿捕反抗朝廷的羌人和鎮壓農民起義軍之機，擴展勢力，終於成了割據一方的軍閥首領。因此，董卓十分相信軍隊的威力。在他看來，手中有軍隊，就沒有辦不到的事情。在他擁有強大的軍事力量時，貪婪的本性促使他覬覦皇權。朝臣中的有識之士，也有人覺察出董卓的豺狼本性與陰謀，兩次征召董卓，就是要把他與軍隊分離，使之失去爪牙、羽翼，但為時已晚，此時的董卓羽翼已經豐滿，爪牙已經堅利，已有足夠的力量與朝廷抗衡，因此他拒不就職，然而何進召他帶兵入京，他卻毫不猶豫地前往。董卓認為機會已到，一旦進京，就靠軍隊的威力脅眾搶權。董卓是憑著手中擁有的野蠻、凶狠、殘暴著稱的軍隊實現其“挾天子以令諸侯”的目的的。
董卓為亂，又一次證明任用賢能是治國之本。正如宋代政治家範仲淹所說：“王者得賢傑而天下治，失賢傑而天下亂。張良、陳幹之徒，秦失之亡，漢得之興。房（玄齡）、杜（如晦）、魏（微）、褚（遂良）之徒，隋失之亡，唐得之興。”像董卓這樣的人，無論誰任用他，都要亡國破家。