孫中山明白這些障礙，他隻好開業當中醫。但由於他的老師們說，他不是培養出來幹這種事的，他就以把兩種醫學結合起來作為妥協。他依靠幾位中國紳士的幫助，在靠近家鄉的澳門開辦了“中西藥局”。在這裏，他既配製傳統的中草藥，也配製新式的西藥。他向傳統的中國醫院——1871年在華僑幫助下建於澳門的鏡湖醫院借錢，作為他這個冒險事業的資金。他支付利息的辦法是：免費給醫院配藥，免費治療醫院的病人。這就給了他實習新式外科醫術的機會，有時遇到困難的手術，康德黎博士便從香港來幫助他。據他這位從前的老師說，他是一位熟練的外科醫生。
然而，如果英國人不完全承認他的西醫資格，那末，按照葡人的規定，他的地位更是岌岌可危了。他談到那些葡萄牙醫生，他們壟斷了這個殖民地的西醫業務，把他視為職業上的威脅，借口他沒有葡萄牙的學位，慫恿澳門當局禁止他營業。真正的原因，大概是由於在這兩個殖民地的醫務當局之間缺乏相互的承認。因為葡萄牙人也和其他持有外國學位的人一樣，是不準在香港行醫的，所以澳門政府也沒有義務承認香港的醫學文憑，特別是這種連英國標準也不符合的文憑。然而，葡萄牙人和英國人一樣，對於允許中醫的開業，並沒有感到不安。
這樣，孫中山在澳門開業行醫（中西醫）後不久，地方當局就取消了他治療葡萄牙病人的資格；後來，他們又進一步禁止一切藥房給外國醫生開的處方配藥。這顯然是一般的指示，並非專門針對孫中山的，但這樣一來，孫中山作為一個西醫就受到了限製，因為沒有采取什麼步驟禁止孫中山當中醫，所以不能確知他的中西藥局是否當即關了門。但不管怎樣，孫中山在澳門開業的時間足夠使他同當地一家姓佛蘭德斯的葡萄牙人結下了珍貴的情誼，幾年後當廣州密謀遭到失敗時，孫中山曾在他的家裏避難。
在澳門的挫折並未能阻止孫中山繼續行醫。1893年他遷到廣州，在這裏他又嚐試把中西醫結合起來。像別的傳統中醫那樣，他在這個省會中心的一家商店裏設下診所，同時又在城西開設一家“東西藥房”。擔任該藥房司理的是他從前在廣州博濟醫校的一個同學。不久以後，他和他的老師區鳳墀的女婿尹文楷醫生合作，在靠近香山縣屬的石歧鎮分設了一個藥局。由於孫中山集中力量辦診所，各個藥房又經營中藥，他的事業一開始就取得成功，他的醫術也很快出了名。然而，據陳少白說，孫中山花錢太快，不久經濟上就遇到了困難。
雖然這幾年孫中山獻身於醫學，但他並未忘記自己的政治抱負。我們記得，在1892年，大概是他在澳門處於進退兩難的時候，他在自己的村子裏又開始了炸彈試驗。次年，他又恢複了他的討論小組的活動，這個小組包括尤列、陳少白、鄭士良和陸皓東，他甚至首次提出了成立一個名叫興中會的反滿組織的建議。在這重新恢複政治興趣的同一時期，他擔任了葡萄牙文周報中文副刊的匿名編輯，這個周報是他的朋友佛蘭德斯在澳門出版的。該刊在華僑中流傳，據說上麵有激烈的反滿宣傳。根據這些軼事，持有同情態度的傳記作者相信了孫中山的這種說法，即他那時行醫的主要目的是為了推進革命事業。
然而，從多方麵來看孫中山的行為——順便提一句，關於這些行為，沒有兩種記載是完全一致的——卻並不表明他是堅持不懈和一心一意地獻身於革命目標的。從他的學生時代起，醫學和政治的衝突就開始了，甚至當醫學對他已經證明沒有多大吸引力的時候，他仍然沒有很快最後選定搞政治這條路。有跡象進一步表明，在下決心從事革命活動之前，孫中山對於同改良主義的權貴結盟一事，曾作了最後的一次嚐試。
陳少白在這個時期比任何人都接近孫中山，他說有一天（1893年底或1894年初），他突然接到孫中山的藥房的一封告急信，說店主不知去向，現金即將告罄。於是陳少白去廣州幫他照管店務。幾天以後，帶著歉意的孫中山拿著很大的一卷文稿出現了。原來他最近幾個星期在家裏寫了一篇極長的《上李鴻章書》。陳少白看了底稿，作了一些修改。他寫道，從此以後，孫中山對醫務工作就不再感興趣了。當孫中山準備到天津求見李鴻章上書時，陳少白沒有別的辦法，隻好關閉這個藥房。
從陳少白的記載可以看出，當他得知孫中山的計劃時是感到非常突然的。沒有人提到過在這之前孫中山曾經和他的朋友們討論過這個計劃。據另一位革命運動編年史作者馮自由說，這的確是孫中山的一個突然決定，當他看到藥房的收入日益減少，不能支付他所計劃的革命活動的經費時，這個決定就做出了。另外一些傳記作者也試圖給孫中山的北方之行添上革命的動機。有的說，孫中山此行是想試探清廷的虛實。其他人則斷言，孫中山根本沒有同清政府合作的任何打算，隻不過有關李鴻章的進步的記載給了他勇氣，使他想看看能不能在某些方麵利用李鴻章來支持革命事業。
我自己的結論是，孫中山真誠地希望投身於權貴們的改良派中去。李鴻章對新醫學的熱情，及其對香港醫校的讚助，可能早就使孫中山抱有這種希望。當孫中山畢業的時候，康德黎博士曾設法要李鴻章接見孫中山和其他領取開業證書的人，可是這次會見未能安排。雖然如此，這是想同李鴻章建立私人聯係的先聲。最後，還有萬言書本身作為證據，它表明孫中山不僅真正讚同改良，而且熟悉改良主義的文獻。
孫中山送呈李鴻章的這份文件，與他早期的文章風格是相同的，其論點的精神和內容同進步學者如馮桂芬（1809-1874）、王韜提出的相類似。它也包含了類似鄭觀應和孫中山的老師何啟博士所述的觀點。孫中山最重要的論點，是認為西方富強之本，不盡在於船堅炮利，而在於人能盡其才，地能盡其利，物能盡其用，貨能暢其流。按照孫中山的說法，這四件事，是西方成功的奠基石，是當世生存所必需。如果他的國家能照此奮籌富強之術，那麼她定能“□□乎將與歐洲並駕矣”。但是中國必須尋求西方力量的本源，而不應滿足於獲得槍炮和船艦（這個主張正是1887年何啟博士駁斥曾紀澤的主要論點）。孫中山主要關心的是教育——吸收和鼓勵人才——以及基礎工藝和科學革新，特別是在農業方麵。這個問題也是他從前在寫給鄭藻如的信中談到過的。
在孫中山談的四件事情中並沒有什麼特別新鮮或特別革命之處。早在30年前，馮桂芬在列舉漢人與“夷人”的主要區別時就曾寫道，夷人優越的地方在於他們不忽視人的才能和不浪費地利（馮桂芬還舉了其他兩點——外國人成功地消除了統治者和老百姓之間的隔閡以及做到“名與實”的一致）。我們再看鄭觀應的文章，也會發現不僅主題，而且文體也有驚人的相似之處。鄭觀應在其《盛世危言》（1892年）的緒言中，自稱精通西方的思想，熟悉外國的製度。跟孫中山一樣，他那時就指出，外國“富強之本，不盡在船堅炮利”（所引的這句話在措詞上與孫中山的萬言書實際上一樣）。雖然鄭觀應還列舉了其他幾點，但包括了孫中山所談四件事中的三件，我們再一次發現在表達方式上非常相似：“使人盡其才；使地盡其用；使物暢其流。”
因此，孫中山的請願書很難說有獨到的見解。非同尋常的倒是他用它來向全權大臣接近這個事實。實際上，他是在尋求一個進身之階，以進入中國權貴者的行列。但是，他有什麼資格呢？孫中山承認自己不會寫“八股文”，沒有功名，但有的是不同的造詣。他認為自己“曾於香港考授英國醫士，幼嚐遊學外洋，於泰西之語言文字，政治禮俗，與夫天算輿地之學，格物化學之理，皆略有所窺，而尤留心於其富國強兵之道，化民成俗之規”。
當孫中山讚揚李鴻章是善於選賢任能的人時，他可能想到許多在李鴻章手下任職的歸國留學生。但這些學生大都不是受外國傳教士教育的農民，而是出身於官紳家庭由官方派出國的年青人。他們是在儒家經典方麵受過嚴格基本訓練的“洋務”專家，而不完全是外國教育的產物。
孫中山暗示，對西方的學問有專門知識這本身就是一種造詣。鑒於其他改良派曾希望把新的知識和技術灌輸進傳統的知識界的小圈子裏，孫中山像何啟那樣，現在建議把這個圈子擴大，把那些隻掌握了新知識的人也包括進去。這一點在請願書的最後一段是很明顯的，他表示希望得到李鴻章的提攜，恭順地請求這位中堂支持他去法國考究蠶桑新法，以便將來能幫助這個帝國貧瘠地區的發展。
孫中山是懷著他先前接近改良派的同樣心情向李鴻章籲請的，這我們可以從他去天津采取的路線看出來。1894年年初，孫中山由他的老朋友陸皓東陪同前往上海，請求鄭觀應幫忙，這個人他以前有過接觸。鄭對孫表示同情，把他介紹給王韜。由於1861年王韜上書太平軍，在官場中他已是不受歡迎的人，但他有許多官方關係。在看過請願書的底稿並作了某些修改之後，王韜把孫中山介紹給他的朋友羅豐祿，羅是李鴻章的幕僚。王韜希望通過羅的關係，使孫中山有可能受中堂的接見，於是，孫中山展望前程，高高興興地向天津進發。王韜的朋友也深受鼓舞。但就在這時，中日關係惡化了。戰爭即將爆發，李鴻章是否有時間看孫中山的請願書是值得懷疑的。孫中山焦急地期待著李鴻章的接見，但未得到同意，這使他大失所望。雖然鄭觀應讚助教會主辦的改良主義月刊《萬國公報》在11、12月合刊上發表了這份請願書，但這對孫中山來說是不夠的。放棄行醫後，他對天津之行曾寄予極大的希望。然而，此行的失敗，終於促使他不再猶豫了。改良主義的可能性已被消除。從此以後，他唯一的目標就是推翻清朝的統治，而曆史學家有理由假設：“如果李鴻章讓他擔任了秘書或是別的什麼職務，他很可能變成另一個人，有另一番經曆了。”
據說孫中山在天津時，曾從李鴻章的衙門獲準組織一個改進農業的學會。因此，他心裏可能早已有了把未來的地下組織偽裝起來的想法，在遊曆了北京和長江流域以後，他回到上海，拜訪了鄭觀應，接著，在這年的下半年就去夏威夷了。
孫中山赴天津使命的失敗，使一位正在成長中的中國政治人物的第一階段結束了。顯然，孫中山的故鄉的地理位置，特別是13年外國的正規學校教育和專業訓練，把他推向19世紀中國社會中一批歐化了的思想激烈的人們一邊。在他那一代，也許還有別的中國人比他更熟悉西方的思想、語言和製度。然而，以孫中山來說，他是隻靠西方的學識取得知識分子的地位的。其他的人先讀孔子和朱熹的書，然後才解釋達爾文和穆勒的學說。至於孫中山，誠如我們看到的，在他身上這個程序是相反的。就在他開始考慮政治的時候，他必定已經看到了這種顛倒及其含義。他可能試圖在學習生理學和化學之餘努力鑽研各個朝代的曆史，但他永遠不會裝出紳士學者的樣子，或是被中國權貴們承認為紳士學者。他始終隻是一個農民出身的持有外國學校畢業文憑的人。
如果孫中山不是那樣專注於政治，他本可以像醫校的其他一些早期畢業生那樣，在一個通商口岸，或在東南亞的一個英國殖民地裏出人頭地。或者，如果行醫不順利，他也可能轉向商業。以他所受的教育，同教會的關係，以及孫眉的讚助，這是完全做得到的。到那時，他就可以滿足於向當地的英文報紙寫寫信，或者開展禁煙和反對纏足的運動，與祖國的“維新”運動保持一種不即不離的關係。
但是，孫中山生來不是做買辦或“英王的中國臣民”的料子。他的關於創造一個強大的現代中國的夢想，需要他扮演一個重要的角色。沒有紳士的地位，他就從外圍對改良主義運動的營壘進行探測，首先是利用同鄉關係，像對鄭觀應和鄭藻如那樣，同時謀取被遺棄了的學者王韜的同情，然後直接向官方的改良倡導者提出自己的建議。他的推理看來合乎邏輯：既然進步的官吏都自稱“洋務”派，那麼他們的代言人李鴻章就應該歡迎真正的外國貨。但是，接受改良主義和被改良派所接受，並不是一回事。一張西方醫校的畢業文憑，仍然頂不上一篇精心製作的八股文章。孫中山抱這種希望，是在他一生的經曆中第一次表現出來的天真，而將來他還會由於天真的政治希望而跌倒。
讓我們回顧1894年：孫中山在中國社會的最上層遭到拒絕後，便轉向下層，轉向華僑和會黨，他和這些人有著相同的社會地位。率領這幾種力量，他能夠運用突擊戰術，而不用寫文章和祈求，這已證明沒有用處。毫不奇怪，當孫中山決定采取斷然行動建立一個革命組織時，他首先轉向夏威夷的華僑——從這裏他能夠取得最好的支持。在這裏，他可以依靠他的哥哥的影響和財富；在這裏，他會找到一個廣東人的——更具體地說，香山人的社會，對他來說，這個社會是不需要介紹的。