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當侯恂滯留黃河北岸，左良玉龜縮襄陽，崇禎乃至整個朝廷都因開封被圍而焦慮不安時，有一個人正在西安秣馬厲兵。此人就是今年春天剛剛出獄、回到西安剛剛半年的孫傳庭。
這是他第二次出任陝職。第一次是崇禎九年取代庸懦的甘學闊成為陝西巡撫。這一次則是接替在襄城被俘殺的汪喬年，就任陝西、三邊總督。
雖然職務比第一次高，但他遠不像第一次蒞陝時那樣自信，仿佛勝券已經在握。他一直苦苦地忙於征兵、籌餉、練兵。自崇禎十二年下入詔獄後，他有近三年時間與世隔絕，隻偶爾從看監頭目嘴裏聽說一點重大的外界消息，以至於出獄後竟當麵對皇上誇下了以“五千人馬即可蕩平流賊”的海口。現在他不得不為自己的信口開河付出代價；特別是作為一個富有閱曆的統帥，他深知練成一支精兵的重要，因此總是不斷地督促手下的總兵官們加緊訓練士卒，以便盡早出關，去河南“剿滅流賊，紓聖上宵旰之憂”。他自己也不顧年屆五十，每天都是黎明即起，在總督衙門的後花園中舞弄兵器。
出獄半年多來，他對於過去三年中朝野發生的大事、中原和關外的嚴峻局勢以及自己獲釋的原因、肩負的重任都已十分清楚。親曆的往事加上各種聽聞和聯想，也就經常以連續的畫麵浮現腦際。這天，因新任監軍蘇京已抵西安，即將前來總督衙門造訪，他明白蘇京此來無非是挾天子之威催促自己出關，不由得心中十分煩惱。在等候蘇京的時候，思緒又一次回到以往。
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那是崇禎十二年暮春三月，孫傳庭在召對時受到皇上嚴厲申斥，差點當場就被褫奪衣冠。受此意外刺激，回到駐節地後，他發現雙耳突然失聰了，於是上疏請求辭去保定總督的官職回籍。沒有料到的是，崇禎竟然命保定巡撫楊一俊前來察看他是否真聾。更沒有料到的是，當楊一俊回奏他耳聾屬實後，崇禎不但不信，還認定他們朋比為奸，立即派錦衣旗校將二人逮捕進京，下入獄中。
這是孫傳庭平生第一次坐牢。在剛入獄的日子裏，他心情很不平靜，為自身遭遇的不公感到悲憤和不平。他是萬曆四十七年進士，客魏當道時期，他潔身自好，辭官家居。出任陝撫後，他不畏地方勢力的阻撓，雷厲風行地整頓軍屯方麵“田歸豪右，軍盡虛籍”的積弊，在短期內就取得了顯著成效。在“剿賊”軍事方麵他更是屢屢得手，尤其是將高迎祥“獻俘闕下”和在潼關南原幾乎全殲李自成軍這兩件戰功，在當時無人可與比肩。雖然他上麵還有總督洪承疇運籌帷幄，但許多謀略都是由他先提出來並付諸實施的。
孫傳庭的短處是不如洪承疇那樣鋒芒內斂、圓融沉穩，所以陝西士紳一般都更喜歡洪承疇。在處理與朝廷關係方麵，兩人更沒法相比。洪承疇雖然心裏並瞧不起楊嗣昌，但他從不與後者正麵衝突。而孫傳庭有著北方人的直腸快性，加上自負，每每對楊嗣昌的決策不以為然而自行其是。這就使後者暗暗銜恨。在率軍勤王過程中，他又不把督察劉宇亮放在眼裏，與監軍太監高起潛更合不來。這樣，三人都在崇禎麵前大進讒言，他的蒙受冤獄也就不可避免了。
在那些日子裏，他常常想起孟子說的：＂古之人，得誌，澤加於民；不得誌，修身見於世。窮則獨善其身，達則兼善天下。＂他想，他本來一心要為疆事向皇上披瀝建言，當這一願望受挫後他就想辭官退隱了，不料連辭官退隱也不可得，竟以無罪而係於詔獄。他不禁在心中苦笑：“天威莫測，雖欲‘獨善其身’，其可得乎？”
由於舉朝皆知孫傳庭冤枉，而掌管詔獄的錦衣衛北鎮撫司對他並無惡感，加上他的繼室張氏很快就帶著管家和一幹仆人趕到北京，設法在獄中上下打點，所以他入獄後住進了單獨的囚室，也沒有吃什麼大苦頭。分管這一片牢房的頭目叫胡誠善。從孫傳庭入獄第一天起，他就知道此人耳聾是真。每次開鎖進牢房，孫傳庭對腳步聲、開門聲、掛在獄卒腰間叮當作響的鑰匙聲都充耳不聞。同他說話，必須大聲而且湊得很近他才能依稀聽到。而孫傳庭一開口，則嗓門大得驚人，惟恐對方聽不見。這正是一般聾子常有的表現。因為拿過孫家銀子，內心又很同情、敬重這位富有魄力和才幹的封疆大吏，所以胡誠善對孫傳庭一直比較照顧。盡管與聾子談話頗吃力，但每逢朝中發生與“剿賊”相關的大事，他還是願意向這個犯人透露一二。
孫傳庭入獄不久，張獻忠在穀城重新起義的消息就傳到了北京。錦衣衛和東廠都是消息最靈通的部門，所以胡誠善很快就聽說了。那天他特地親自提著一壺開水來到囚室。囚室中靠床有一張小方桌和一條板凳。胡誠善將開水倒進桌上的破瓷茶壺裏，又倒一點在桌上，然後在板凳上坐下來，先望一眼坐在床邊的孫傳庭，然後用中指蘸了水，在桌上寫了六個字：“穀城張獻忠反！”
“嗨！……”孫傳庭剛大叫一聲，就看見胡誠善將右手食指緊貼在閉著的雙唇上，於是他放低了聲音，“此事早在我預料之中。熊文燦是個又蠢又貪的人。一味主撫，而不懂撫事應操之在我；貪得無厭，以致養虎遺患！”
當時張獻忠反出穀城的消息正驚動朝野，胡誠善對此事以及朝廷可能采取的對策都深感興趣，便又在桌上寫了六個字：“何謂‘操之在我’？”