慈禧回到北京後，從1901年到1905年，先後頒布30多道上諭，推行新政。主要內容有：
一、改革官製。光緒二十七年（1901年），清廷應帝國主義列強的要求，撤銷總理各國事務衙門，改設外務部，“班列六部之前”。為適應“新政”的需要，光緒二十九年著設商部（後來與工部合並，改為農工商部）、練兵處（後來與兵部合並，改為陸軍部），光緒三十一年又增設巡警部（後改為民政部）、學部。在此期間，先後裁撤了河東道總督、雲南、湖北、廣東三省巡撫及詹事府（並入翰林院）、通政司等“冗衙”，並宣布裁汰胥吏差役、停止捐納實官（“虛銜、封典、翎枝、貢監”等除外）、廢除勒索性“陋規”、“供應”等。自隋唐以來傳統的六部建置至此瓦解。
二、改革經濟。由前一年派往英國、法國、比利時、美國、日本考察的宗室親貴載振任商部尚書，管理商、工、礦業和鐵路。並製訂商法，陸續公布了《商律》、《公司注冊試辦章程》、《商會簡明章程》、《獎勵公司章程》以及《礦務章程》、《試辦銀行章程》等。1905年，商部在北京設立勸工陳列所、高等實業學堂，開辦戶部銀行。《獎勵公司章程》後經修訂，還公布了《獎給商勳章程》、《華商辦理農工商實業爵賞章程及獎牌章程》等。提倡獎勵實業，振興商務，鼓勵私人出資興辦企業、交通，保障工商業者權益和提高工商業者地位，促進了近代民族資本主義的發展。在大、中城市，新的“商紳”階層開始崛起，他們不僅躋身於傳統“士紳”的行列，而且有取代“士紳”地位之勢。
三、改革教育。主要包括“停科舉”、“設學堂”和“獎遊學”三項內容。光緒二十七年，清廷在全國範圍內設立大、中、小學堂；光緒二十八年，朝廷再次通令各省選派學生到東、西洋各國講求專門學業，學成者回國給予任用。當時以留日學生最多，許多留學生在國外接受資產階級民主革命思想，成為以後民主革命運動的重要力量。光緒二十九年，頒布學生章程。此時已實行了對各級學堂畢業生分別授予貢生、舉人、進士等名銜的辦法，而且規定按照科舉考試製度通過會試的人必須入京師大學堂分門肄業。光緒三十年，頒布《奏定學堂章程》，這是中國第一個以法律形式公布並在全國推行的近代學製，為中國近現代教育體製奠定了基礎。光緒三十一年正式宣布自翌年起廢除科舉考試製度。科舉的廢除加速了學堂建立的步伐。據學部統計，1904年全國學堂總數為4222所，學生9.2萬人；1909年學堂總數猛增為5.2萬所，學生達156萬人。留學生人數也大幅度增長。一個不同於舊式文人和封建士大夫的新興知識分子群體開始活躍於曆史舞台，在政治和社會生活中發揮著越來越大的作用。他們或多或少接受了西學之後，在民族危難的刺激下，逐漸走向朝廷的對立麵，成為清朝統治者所無法控製的社會力量。
四、改革軍製，編練新軍。光緒二十七年（1901年），清廷廢除武科舉。光緒二十九年，於北京成立練兵處，任命奕劻總理練兵事務，袁世凱為會辦練兵大臣，鐵良襄同辦理。練兵處的實權為袁世凱所掌握。又令各省設立督練公所，領導各省編練新軍。袁世凱統率的北洋六鎮是最先成立的新軍，清朝末年各省新軍亦在此時開始形成。為培養新軍官兵，光緒三十年，頒布《陸軍學堂辦法》，令各省建立武備學堂，各主要城市建立軍事學堂，派遣留學生到國外學習軍事。清廷的軍事改革，有利於中國軍事的近代化進程，但新軍並沒有起到維護清朝統治的作用，許多新軍在資產階級革命派的宣傳鼓動下，投身反清革命，成為清王朝的掘墓人。
五、改革法律。光緒二十八年起，清廷參照西方各國法律，修改《大清律例》。光緒三十一年，清廷廢除梟首、淩遲、黥麵等酷刑。此外，還頒布了禁纏足、禁鴉片以及允許滿漢通婚等法令。並開始編纂新法典。等等。