1509年，葡萄牙人向馬六甲蘇丹提出分享獲利頗豐的香料和瓷器交易，蘇丹拒絕了葡萄牙人的無理要求。1511年，葡萄牙人卷土重來，他們全副武裝，用武力侵占了城市，並在聖保羅山的山腳下建造了法摩沙堡，用以保衛他們新到手的財寶。在占領了馬六甲之後，葡萄牙人並沒有得到他們預期的利益。他們雖然能夠攻占港口，卻不能強迫人們去那兒做生意。來自阿拉伯和印度的穆斯林商人把他們的生意轉移到其他伊斯蘭教統治下的港口去了。
1641年，馬六甲最終落入了荷蘭人的手裏。在荷蘭人統治時期，馬六甲的貿易有了一些增長，但再也沒有達到過葡萄牙人入侵前的那種繁盛程度。後來，英國人用他們在蘇門答臘島的港口班庫倫從荷蘭人手中換來了馬六甲。英國人占領了馬六甲以後，開始著手拆除那些防禦工事。但是這座城堡在建成的150多年內經受了許多次攻擊依然巋然不動，無可奈何的英國人隻好用大炮徹底摧毀了這座寧死不屈的石頭城，僅有一座石門幸存，當地人稱它為“沒有牆的城門”。聖地亞哥古城門也被當地人視為馬六甲的精神象征。
至今，在門的內側還能看到荷蘭東印度公司軍隊的盾形紋徽。這座城門見證了馬六甲反抗殖民統治的曲折曆史。
聖保羅教堂
聖保羅教堂位於馬六甲河口的升旗山(又名西山，滿刺加國王拜裏迷蘇拉曾將明成祖贈送的金龍文箋在山上勒石樹碑，後改名為聖保羅山)，遙對浩渺無邊、風光迷人的馬六甲海峽。它一位是由葡萄牙將軍建立的，它與聖地亞哥城堡同時建成，與城堡用的是同一種建材。
著名的葡萄牙傳教士聖法朗西斯於1553年死後曾葬在此地。教堂前的白色雕像就是聖法朗西斯神父的塑像，但是雕像沒有右臂。相傳聖法朗西斯神父死後肉身不腐，荷蘭人占領馬六甲後不相信這個傳說，於是起出神父的屍體，斬了他的右手，屍體果然血流如注。荷蘭人大驚之餘，視其為神聖，遂把他的屍體移葬於印度的果亞，並在教堂前立起他的塑像。同聖法朗西斯神父死後的軀體一樣，雕像也沒有右手臂。
荷蘭人占領馬六甲後，將教堂用做城堡。因此在聖保羅教堂的外牆上仍可見到不少子彈孔。1753年，荷蘭人另建了一座教堂，而把聖保羅教堂做為荷蘭貴族的墓地。現在的聖保羅教堂裏仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。
聖保羅教堂是歐洲人在東南亞修建的最古老的教堂，它曆經了馬六甲的滄桑歲月，幾經戰亂，早已麵目全非。不過，每到周末，仍有荷蘭人的後裔到教堂或教堂前的雕像處祭拜。
基督教堂
基督教堂是建於1753年的古老教堂，同樣是一座高雅的荷蘭建築物。
這座紅彤彤的教堂位於荷蘭廣場的尾端，是為了取代聖保羅教堂作為祈禱聖地而建的，後來也成為馬六甲的地標之一。在教堂內的聖壇上方，擺放著已有兩百年曆史的手工製作的靠背長凳。
一棵棵樹的軀幹被做成看不到接頭的天花板橫梁，教堂裏擺放著黃銅聖經架和用亞美尼亞文書寫的墓碑，牆壁上用光滑的瓷磚粘貼出達·芬奇的名畫“最後的晚餐”。這裏處處都散發著基督教的氣息。
英國人占領馬六甲後，在教堂內加了一座風標和鍾塔，將這個荷蘭式基督教堂轉變為英國式風格。但教堂的地板仍是舊荷蘭的碑銘，此地也陳列著古時配有荷軍武力的船隻。教堂裏甚至可找到亞美尼亞人的經文。
鄭和廟
鄭和廟位於馬六甲市三保山麓，因此又叫三保廟，是當地華人為紀念鄭和於1673年而建的。這是一座典型的中國特色的建築，據說為保持其正宗，所用磚瓦建材全部采自中國。小巧玲瓏的中國式寺廟掩映在熱帶雨林中，有一種難以言說的味道。
廟內有鄭和坐像，上掛“鄭和三保公”橫幅，門柱的對聯上書：“五百年前留聖跡，四方界內顯英靈”。大殿上還設有鄭和的牌位，正中掛著“福佑一方”的匾額，香案上擺放著供奉用的鮮花和水果，紅黃兩色的布幔隨風飄舞。人們把鄭和當做了保護神，紛紛向寺廟捐款上香，有的求子，有的祈福。