四強賽第二場，劉嶼很幹脆的敗給了一個戴麵具的男人，結束了他這次的決鬥王征程。不過對於這個男人劉嶼有種似曾相識的感覺。而且，全國大賽的決賽上，麵具男擊敗了憤怒不已的齊紗，獲得了冠軍。齊紗憤怒的原因是世界各地的全國大賽都出現了這樣的麵具男，他們都以犀利的手法取得了冠軍，而且都在決賽結束後就是去了蹤跡。決鬥結束後，琪莎拉跟蹤麵具男到了山裏，當她發現這一切都是陷阱的時候，已經有數把阻擊槍槍口對準了她……
全國大賽結束後，羅德和倉田各自回到了美國和日本，施川生則去了KOG總部，晴天沒有向劉嶼透露更多的情況就離開了。之後的一段時間，仿佛什麼都沒發生一樣，俱樂部照常運行，雖然管理員換了個不認識的年輕人，那個人似乎對KOG的內幕完全不了解。孔羽在大賽結束後終於找到了一份穩定的工作，從此再也沒有來俱樂部了。
在和瑪娜過了一段安逸的生活後，劉嶼打聽到了黑市決鬥的消息。與一般決鬥不同的是，黑市決鬥是以各自參與決鬥的卡組為賭注的決鬥，介於這種決鬥所帶來的影響，KOG協會最終沒有通過這項決鬥方式。但是這種非法的決鬥在地下決鬥場進行的異常的火爆。但引起劉嶼注意是黑市決鬥的幕後支持者：“瘋癲博士”托洛爾。於是，帶著新組的暗係卡組參加了黑市決鬥。一路過關斬將並最終擊敗擂主的劉嶼，引起了托洛爾的注意。當他邀請劉嶼來到他的實驗場的時候，托洛爾開門見山的告訴劉嶼關於空間通道裝置他已經完成，隻要啟動就可以讓世界上的卡片靈魂全部回到他們原來的世界。但前提是劉嶼要和他在他新發明的決鬥場裏進行一場決鬥並擊敗他。當他們走上決鬥場，啟動了裝置後，托洛爾才說出這個決鬥的名稱：死亡決鬥。如果不分出勝負，這個裝置就不會停止，受到傷害的人將會受到同等程度的實際傷害，LP歸零或者受傷太重的人都會死亡，隻有把他殺死，空間通道裝置才能啟動。劉嶼這時候才知道托洛爾為什麼會被稱為“瘋癲博士”。經過一番苦戰，傷痕累累的劉嶼終於以微弱的優勢戰勝了托洛爾。
“太、好了……這樣……你們……就可以……回去……回到屬於自己的……世界了……”
劉嶼緩緩的倒在了實體化的瑪娜懷中。當瑪娜哭喊著問劉嶼為什麼要做到這種地步的時候，劉嶼瞬間明白了，為什麼他的心會如此的疼痛。當卡歐斯接受索爾斯的混沌力量後，便將心中的光明與黑暗徹底分開了。留下來替瑪娜承擔毀滅世界責任的是孔羽的靈魂卡混沌黑魔導卡歐斯，也就是其黑暗的人格。而光明的人格則直接來到了這個世界與劉嶼的靈魂融合了。
“這樣就說的通了，為什麼碰到那些事情心會如此的痛……為什麼會情不自禁的將她擁入懷中……為什麼會不自覺的為她做到這個地步……”
但是，已經無力開口說話的劉嶼隻能對瑪娜報以歉意的微笑，然後慢慢的閉上了眼睛。
滾滾的眼淚沿著瑪娜的臉龐流下，滴落在劉嶼的臉上。隨後，空間通道裝置發出劇烈的光芒，瑪娜的身體開始變得虛無。麵對即將消失的身體，瑪娜緊緊的抱住劉嶼的身體。隨後……
“啊啊啊啊啊——————！！”
隻留下那靈魂的淚水……
《遊戲王靈魂之淚》完