太陽發出的一縷陽光穿梭時空，來到了一個蔚藍的星球。透過層層的雲朵，可以看到那廣闊無垠的大海，這無盡汪洋猶如一麵深藍的鏡子，可以印射下整片美麗的長空。
突然，陽光發生了扭曲，似乎消失在了這片海域。
從高處看去，這裏似乎籠罩著一片濃濃的灰霧；眨眼再看，卻又什麼都沒有。
……
海浪拍打著峭壁，激起數米高巨浪，遠處傳來陣陣不知名的吼聲，高空彌漫著灰霧，阻擋了部分陽光，但可以看出太陽快要墜入大海。
令人差異的是，如此詭異的氛圍，峭壁上卻坐著一位少年。
少年看起來隻有十一二歲，衣著破爛單薄，就那樣靜靜地冰冷的岩石上。他注視著海平麵那未知的彼岸，那是一雙怎樣的眼睛啊！孤獨深邃，帶著少年人的憧憬，卻又還帶著一絲耐人尋味的憂傷。
飛濺的海浪，淒厲的寒風，渺小的身影……
……
“吼~~~~~~~~~~”
一聲刺耳的吼叫聲從遠處傳來，整座島嶼好像都震了震。
快速起身，緊了緊身上的衣服，少年快步向吼聲傳來處跑去。
……
看起來弱不經風，但他動作敏捷，穿過一片樹林後來到一片空地。空地上已經站了很多人。
空地很大，有方圓千米大小。前方有一個長方形高台，上麵好像畫出了一個足有25米寬，70米長的樣子的對戰場地，中間有分割線和圓圈，兩頭白線外好像還有一塊站人的地方。而高台四周又都是簡單的一個個長方形白框，布滿整個空地。
此時，高台前站了許多像少年一樣年紀的少年少女，還有一些正陸陸續續趕來。少年走到人群邊，望向高台。
隻見高台上站了一名魁梧的中年人，滿臉胡渣，左眼角到嘴角還有一條刀疤，顯得猙獰可怕。他的身旁站著一隻奇怪的生物。隻見那怪物有1米5高，深藍色的皮膚，赤紅的眼睛，頭占了身體一半，大張著的嘴巴又占了頭一半，頭上一圈還有身上腳上甚至尾巴，都伸出一條條管道。隻見空氣從那些管道吸入，然後從那大嘴裏發出驚人的吼聲。原來這就是集合號聲的發出地。
沒錯，這裏就是神奇寶貝的世界，這座島，位於無際的大海上，名曰——“黑暗島”。而剛才那隻小精靈則是噪音精靈——爆音怪。
“都給我站好了！”凶惡中年男人吼道。
少年少女們應聲立馬從高到矮排成了四列。
“報數！”
“1、2、3……47、48”在這共有二十個女生，二十四個男生。年齡最大的不過十三四，小的才十來歲。
“現在，開始今晚的格鬥訓練。先繞場跑五圈！”
大家自覺地跑起來，接著在氣喘籲籲中兩兩選一個場地開始互相對打。顯然都不是第一次了。
……
在峭壁上深沉看海的少年就是阿玄，隻有十二歲，但被帶到這座島上已經兩年了。兩年，讓一個本該純真快樂的孩子變成了暗藏的冷鋒。
阿玄現在還記得自己家住在一個叫真砂鎮的地方，鎮上安寧祥和。因為有一個小精靈博士在鎮上，所以經常有世界各地的訓練家路過那裏。而阿玄從小就立誌成為小精靈大師，隻不過，一切都因為那天而改變了。