在實行軍官世襲的同時，還實行軍官遷轉法，一般是3年為滿升遷，出征時則驗功過決定升降。掌管探馬赤軍的軍官升遷後，原來的職位由他們的“弟侄兒男”繼任，管漢軍的軍官升遷後，留下的職務由他人繼任。
世祖至元七年（1270），確定以管領軍隊多少區分軍官等級。至元二十一年，又規定了軍官的品級、各軍府設軍官的人數以及軍官所持的符牌標準。萬戶府、千戶所分成上、中、下三等，侍衛親軍各衛指揮使司與上萬戶府等級相同；百戶所分為上、下兩等。萬戶府設達魯花赤、萬戶、副萬戶、鎮撫；侍衛親軍各衛設都指揮使、副使（有的衛也設達魯花赤）；千戶所設達魯花赤、千戶、副千戶、彈壓；百戶所設百戶。草原上的蒙古軍，仍保持過去的千戶長、百戶長等職務。
蒙古國時期，已給官員發放符牌，以表示身份、地位和權力。進入元朝之後，隻有軍官才能夠佩符牌。牌與符是一回事，分為虎頭金牌、平金牌、平銀牌三等，又稱為虎符、金符和銀符。大致上是萬戶佩虎符，千戶佩金符，百戶佩銀符。虎符還有三珠、二珠、一珠的區別，三珠虎符最高，隻有上萬戶府達魯花赤、萬戶以上的掌軍者才能發給。符牌由政府頒發，軍官升遷或去職後，按規定要交回原持符牌。除符牌外，各級軍官還有印章。
軍事物資和戰鬥保障
元朝十分重視軍事後勤建設，對武器裝備、軍需物資和軍事通信都有嚴格的規定。
元朝設立軍器監（後改為武備寺），專門管理各種冷兵器和火器的生產、貯存和發放。元朝軍隊使用武器以冷兵器為主，各種長短兵器、拋射兵器（弓箭）仍是元軍最主要的武器。但是火器在元代得到了進一步發展。燃燒性火器（火箭、火筒）和爆炸性火器（鐵火炮）等，已是軍隊經常使用的武器。至遲在14世紀上半葉，已經發明了金屬管形射擊火器——火銃。元朝末年，火銃已被廣泛使用。
元朝對武器的管理，有很嚴格的規定。除了由政府組織的武器生產外，任何人都不許私造兵器。漢人、南人不得私藏武器，彈弓、鐵棒等都在禁用之列，違反者要治罪。漢軍和新附軍人隻有在作戰或出戌時才許持有武器，使用之後就要交納倉庫，統一保管。蒙古軍和探馬赤軍人則不受此限製。
為了解決軍隊的糧食供應問題，蒙古國時期已開展大規模的軍事屯田。元朝統一全國後，侍衛親軍各衛和地方的鎮守軍隊都撥出部分士兵從事耕作。軍屯按照軍隊組織係統進行管理，設立屯田萬戶府、千戶所等機構，各級官員都是軍官。每年年底，朝廷要對軍屯的耕田畝數、糧食收成和耕畜情況進行考核，獎優罰劣。被調充屯田軍人的主要是新附軍和漢軍。屯田所用耕牛、農具和種子，大多由國家供給，少數由軍人自備。屯田的收成，大多數上繳國家，少數留作口糧和種子。軍屯對邊疆地區的開發和軍事活動的物質保障，有積極的作用，但是由於軍屯官吏貪汙和壓迫屯軍以及屯田軍人的消極怠工等因素，軍屯的經濟效益較低，不能滿足軍隊的糧食需求，政府每年還要從民戶中征收來的稅糧中撥出部分糧食供應軍隊。
蒙古統治者重視騎兵建設，對馬匹的繁殖、管理和調撥，逐漸形成一套製度。由政府設置、管理的牧場，主要分布在大都周圍和漠北、漠南的草原上，牧養的馬匹一部分供軍事上使用，一部分則用來滿足皇室的生活需要。每當遇到重大的軍事行動，政府即臨時在民間“刷馬”、“括馬”和“買馬”，從民間強製征調馬匹以供軍用；蒙古人與各級官員可以得到一定照顧，漢人、南人百姓的馬匹則往往全部征收。通過這種方法來滿足軍馬的需求，雖然比較便捷，但往往遭到人民的反抗，引起很多矛盾。
為了保證龐大的軍事機器運轉，隻靠軍戶自備武器裝備和提供封椿錢、調發軍人屯田等是遠遠不夠的。政府每年還要拿出大量錢鈔，支付軍官俸祿、怯薛歲幣、賞賜軍功以及邊備與戰爭費用。政府為屯田軍人提供牛具、種子，組織武器生產，賑濟貧乏軍人，撫恤死亡將士家屬等，也要計入軍費開支。軍費開支一般占朝廷財政收入的1/4或1/3以上，是元朝政府的一個沉重經濟負擔。
為了保證軍隊的通信聯絡，元朝政府建立了完善的站赤（驛傳）係統。驛站設置以大都為中心，通往全國各地。各站都備有馬匹和糧食、肉食，備來往的信使使用。此外，還有急遞鋪，用來往返遞送緊急軍情公文。
軍事法規
元代的軍事法規，既保存了相當多的蒙古傳統，又吸收了前代封建王朝的許多原則規定，形成一種混合的體製。軍人的服役辦法，軍官的職責和獎懲，軍隊的紀律，以及軍事法令的執行和監督，是軍事法規的主要內容。軍官的考核標準是“治軍有法，守鎮無虞，甲仗完備，差役均平，軍無逃竄”；軍官不許擅自離職，違者治罪。軍隊紀律分為群眾紀律和戰場紀律，有很多具體規定，如不得隨意牧放牲畜踐踏農田，作戰時臨陣逃脫處死，同在一個作戰單位的人也要受罰，等等。軍法的執行，原來由軍隊自身負責。忽必烈改革軍政後，從中央到地方的監察機構對軍官的不法行為也實行監督。士兵犯法，由所在軍府核實情況後向上級機構申報處理意見，批準後方可實施處罰；如果事關民間百姓，還要與地方官府合審。由於軍官享有種種特權，軍事法規實際上不能嚴格實行。到了元朝中期，軍律鬆弛，軍紀渙散，已經成為普遍的現象。