軍隊管理體製
蒙古建國之後，軍隊組織迅速擴大。如何管理眾多的士兵及其家屬，保證軍隊的兵器、糧餉需求，是蒙古統治者麵臨的重大問題。為解決這些問題，成吉思汗、窩闊台、蒙哥等製定了一係列製度。
兵役製度
蒙古各部的成年男子（15歲至70歲），不分貴賤，也不管家中人口多少，都有服兵役的義務。他們平時從事牧業生產和其他工作，一旦戰爭發生，就要根據蒙古政權的需要，或則“空營帳而出”，舉國皆兵；或則抽調其中一部分人出征，被抽調出征人的奴仆也要隨軍出征。15歲以下的少年有時也要從軍，以使他們早日熟悉軍旅生活，蒙古人稱之為“怯困都軍”（意為“漸長成丁軍”）。這種成年男子皆兵的兵役製度，是由蒙古人的遊牧生活方式決定的，在遊牧民和戰士之間，並沒有嚴格的界限，“上馬則備戰鬥，下馬則屯聚牧養”，是很多遊牧民族共同的兵役製度。
漢人的兵役製度不同於蒙古人，實行專門指定一部分人戶出軍的征兵製度。蒙古統治者在中原漢人民戶中簽發士兵的同時，即著手定立漢軍軍籍。凡列名軍籍的人戶，就要世代服兵役，不能任意改變。
自備武器裝備
蒙古國時期，蒙古軍、漢軍士兵的武器裝備都要自己籌備。波斯史家誌費尼關於蒙古政權屬下軍隊的軍需裝備情況有如下記載：“無論何時，隻要抗敵和平叛的任務一下來，他們便征發需用的種種東西，從十八般武器一直到旗幟、針釘、繩索、馬匹和驢駝。人人必須按所屬的十戶或百戶供應攤派給他的那一份”。出征以前，要集合軍隊檢查軍需裝備，如有不足或武器破損等情況，管軍官長要受到懲罰。隨著戰爭規模的不斷擴大，僅靠士兵自備鞍馬器仗應付不了戰爭的需求，蒙古汗廷則招收一批工匠，製造石包具、弓矢和盔甲，同時在戰爭中盡可能擄掠敵方馬匹和軍需物資，補充己方的物資不足。各降附國和蒙古政權屬下的漢軍將領定期輸送的軍需物資，也是武器裝備的重要來源。由汗廷籌集的軍需裝備和糧草，往往作為出征全軍的軍需儲備，以供不時之需。
奧魯製度
為了保證軍隊出征時的食宿供應和管理留守軍人家屬，蒙古統治者專門設有一種稱為“奧魯”的組織。奧魯是蒙古語Auruq的音譯，原義為“老小營”、“營盤”，既指軍人家屬，又指管理軍人家屬的成員。蒙古軍（包括探馬赤軍）出征時，都在統兵官下設置奧魯官，管理隨軍出征的軍人家屬。漢軍萬戶下後來也設置了奧魯官，管理軍人家屬，為出征軍隊準備武器糧草。
軍事訓練
為了保證軍隊的戰鬥力，蒙古統治者采用大圍獵的方式來訓練軍隊。成吉思汗非常重視圍獵的作用，他認為“行獵是軍隊將官的正當職司”，通過圍獵可以鍛練士兵熟悉弓馬和吃苦耐勞的能力。不出征的秋冬季，往往由大汗親自組織軍隊進行大圍獵。大圍獵的程序和戰爭程序完全一致，從傳令、聚兵、列陣到合圍、清點獵獲品、論功行賞等，“每個細節都是吻合的”。對蒙古幼兒的騎射技術，也有一套傳授培養辦法。
軍事法令
成吉思汗建立蒙古國後，為了鞏固統治秩序，頒布了許多法令。這些法令，在蒙古語中稱為“劄撒”，劄撒中關於軍事的內容不少，既有萬戶長、千戶長、百戶長等軍官的職責和選用標準，也有戰場紀律的規定和軍隊組織的約束。違反軍法的人有三種處置辦法，一是馬上處死；二是罰作敢死隊，以戰功抵罪；三是以財產贖罪。軍法的規定和實行，起到了保證軍隊戰鬥力的作用。