殿前司：紹興五年，改神武中軍為殿前司軍，共7軍。紹興九年（1139），殿前司有統製13，統領21，正、副、準備將178.紹興十八年（1148），兵力增至7萬餘人，轄12軍。宋孝宗時（1163～1189年在位）規定，殿前司軍的編製為7.3萬人。從此維持到南宋末年未改變。
侍衛馬軍司：紹興七年（1137）開始組軍，共6軍12將、6000人。紹興十四年（1144），從四川右護軍調入4個軍。到紹興三十一年（1161），馬軍司共有兵力3萬人。孝宗乾道七年（1171），調馬軍司戍建康，臨安隻留殿前司和步軍司兩支部隊。此時，馬軍司共有6個軍，實有兵力2.7萬人。
侍衛步軍司：紹興十二年（1142）始組軍。紹興二十九年（1159），有5軍編製。南宋的軍，相當於北宋的廂；南宋的統製，相當於北宋的廂都指揮使。孝宗乾道年間，規定步軍司編製為2.1萬人，南宋末年，步軍司有兵力2.3萬人。
使臣、效用和軍兵：北宋禁兵分上、中、下三等，南宋屯駐大兵分效用、軍兵兩級，或使臣、效用、軍兵三級。使臣是八至九品的十等武階官的總稱。使臣並不全帶兵，有的擔任偵察任務，稱探事使臣；有的給大將管印，稱背印使臣。使臣也有充當戰士的，因此禁軍中形成使臣、軍兵兩級。宋孝宗時，對軍隊進行改革，改變使臣充軍的狀況，實行效用、軍兵兩級製。
效用的身份和待遇高於軍兵。在軍情緊急時，招效用是一種高價的募兵手段。效用一般不刺字。效用的出現和普及，是南宋兵製的一項重大改革，反映了兵士社會地位的提高。刺字製的部分廢除，也使應募的壯士，願充軍前效用，而不願為軍兵。
騎兵、水師：南宋的騎兵建設和北宋相比變化較大。由於陝西的喪失，南宋隻能從廣南西路少數民族地區和四川購買軍馬，由於廣馬和川馬體型矮小而且數量不多，所以南宋的屯駐大軍缺馬情況比北宋更為嚴重。如左護軍劉光世5.2萬餘人，僅有戰馬3000；右護軍吳軍7.3萬人，僅有戰馬9000，殿前司的騎兵有五分之一無馬。戰馬的嚴重缺乏削弱了南宋的戰鬥力，這是在同金軍作戰中常常失敗的原因之一。
南船北馬，宋金各有優勢。南宋為了發揮自己的優勢，很重視水師建設。嶽飛、劉光世、韓世忠、張俊率領的各路大軍中都有強大的水師。紹興末年，當完顏亮再次大舉攻宋時，南宋水師的戰績比陸軍顯著得多，多次擊敗金軍。孝宗以後，為了防禦金軍南侵，南宋在沿江、沿海陸續設置了20餘支水軍，防禦從武昌到常熟、從嘉興府杭州灣的澉浦到廣西欽州的海防的戰略要地。重點配製在長江下遊和兩浙路沿海。後來在抗擊元軍南侵時，南宋水軍發揮了重要作用。