軍隊的兵種
南朝軍隊有水軍、步兵、騎兵等兵種。南朝的地理特點是江河湖泊星羅棋布，又曾先後以黃河、淮水、長江為守，因而南朝水軍極為發達、南朝各代出兵，或以舟師為主，或必輔以舟師。如宋元嘉末，與北魏大戰，太子劉劭總統水軍，當時沿江戰船相接，達六、七百裏之遠。梁代平定侯景之亂，荊州水師起了重要作用。陳宣帝在位時，平西將軍、郢州刺史魯廣達曾領舟師4萬，進駐江夏。南朝水師戰船種類很多，見於史籍記載的，大船有金翅、青龍、平虜、樓艦等名稱，大艦上置重樓，高達10餘丈。此外，又有蒙衝、鬥艦，梁徐世譜又創製拍艦、火舫、水車，這些船大多用於攻堅陷陣，如拍艦，上裝以拍竿，可以拍碎敵人船具。拍竿本是艦用重型兵器，出現於東晉初，稱“桔槔”，至南朝始稱“拍竿”。蒙衝，專用於衝鋒，劃船者和戰士皆在船倉內，劉裕征後秦時曾用此類船。火舫，是在船上裝以火攻之具，戰鬥時焚燒敵人舟艦。梁朝侯景軍中有一種“舟烏舟了”快艇，配160槳，“去來趣襲，捷過風電”。南朝除水軍為主要兵種外，步兵地位也很重要，宿衛守邊，攻伐征戰，都主要由步兵擔任。騎兵在古代戰爭中戰鬥力最強，南朝也擁有騎兵，但因其地理環境特點，騎兵遠不如水軍與步兵發達。南朝雖也常以騎兵出戰，如宋元嘉七年（430），就曾命驍騎將軍段宏率8000精騎，隨到彥之北伐。齊、梁、陳等朝也常以步騎配合出戰，但從總體上看，南朝騎兵不甚發達。所以，劉宋元嘉末北伐，太子步兵校尉沈慶之分析南北雙方軍事形勢時說：“我步彼騎，其勢不敵。”說明南朝軍隊脫離了適宜水軍的南方地理環境後，就要以步兵為主了。
軍隊編製
南朝軍隊編製的最高一級單位是軍，軍有軍主、軍副，負責指揮全軍。軍的基本兵力有多少，史無明文，根據一些史料推測，一軍大約有兵2000餘人。軍以下的單位是隊，隊有隊主、隊副，負責指揮全隊，一隊擁有的兵力，也沒有明確記載。但宋武帝劉裕進軍討劉毅，攻破江陵時，“大城內，（劉）毅凡有八隊，帶甲千餘”，又金城（內城）內“尤有六隊千餘人”。據此推測，則每隊大約擁有兵力200人左右。隊以下有幢，幢有幢主、幢副，指揮全幢。一幢兵100人，幢主相當於曹魏時的都伯。幢以下又有什、伍，五人為伍，二伍為什，伍有伍長，什有什長。南朝軍隊的基本編製由上至下依次是軍、隊、幢、什、伍。
軍隊訓練
南朝各代比較重視中軍的訓練。劉宋元嘉二十五年（448年），專修宣武場，以操練步兵騎兵。其後，宋孝武帝又在玄武湖大閱水師。南朝各代皇帝都在宣武場講武，訓練步兵、騎兵，在玄武湖訓練水師。講武的主要目的，一方麵是平時訓練軍隊，戰時便於指揮戰鬥。另一方麵，也是炫耀武力，宣揚國威。
後勤製度
南朝的軍事後勤工作，由中央設專門部門管理。製造弓弩槍槊鎧甲等兵器戰具諸事，由尚書庫部郎負責，具體由少府、尚方、東冶等部門製作。南朝中央設南、北二武庫，兵器製好以後，入武庫儲存，由尚書庫部郎掌管。建造戰船，裝配水師等軍，則由都水使者、尚書水部郎負責。軍隊糧食衣著供應，由度支尚書主管。關於外軍後勤供給，各地都督府下也有武庫、糧倉等後勤設施。軍隊出征時，由武庫配給兵器甲仗。如劉宋元嘉三十年（453），太子劉劭謀反，將原來發給諸王及各處的兵仗，全部收存武庫。劉宋末年，桂陽王休範謀反，形勢危急，來不及發放兵器，開南、北二武庫命將士自取。蕭梁天監四年（505）北伐，主帥蕭宏為梁武帝之弟，庫部發給的兵仗全為精品，因而軍容甚整。軍隊出征時，由中央和地方政府專派吏、民運送軍糧兵器等輜重。兵士出征之後，尚書省還要按期供應兵器、戰具、糧食等軍資。或從京師運送，或命令各州郡運送。當時交通不便，在戰爭中後勤輜重供應較為艱難，因而對戰爭的成敗影響巨大。