繼1982年12月代表中央音樂學院為鋼琴家傅聰頒發兼職教授證和校徽終於為其平反之後，同時一直為馬思聰冤案積極奔走的吳祖強終於在1984年底迎來了令人欣慰的好消息：公安部批示同意和批準中央音樂學院黨委關於為音樂家馬思聰平反的報告。緊接著在1985年初，文化部也下達了同意和批準為馬思聰平反報告的批示。
馬思聰先生是一位在中國現代音樂史和國際樂壇享有盛譽的著名小提琴演奏家、作曲家、指揮家和音樂教育家、社會活動家。他曾任我國最高音樂學府中央音樂學院的首任院長、中國文學藝術界聯合會副主席、中國音樂家協會副主席等職務。他的音樂活動涉及眾多領域，他創作的小提琴樂曲、各種體裁的室內樂曲、歌曲、大合唱、管弦樂曲、交響樂、戲劇音樂，以及舞劇、歌劇等，不僅是我國現代音樂創作成果的重要組成部分，更為後人留下了豐饒的寶貴音樂財富。尤其是他創作的大量小提琴獨奏曲，一直作為我國幾代小提琴演奏家們在音樂會上的保留曲目，而且曆演不衰，深得聽眾喜愛。在中國，馬思聰被譽為“中國20世紀音樂的開拓者和奠基人之一”。
在災難性的“文化大革命”中，馬思聰這樣一位著名的音樂家自然也不能幸免。運動一開始，馬思聰就遭到了殘酷迫害。1967年，實在不堪淩辱迫害的馬思聰在萬不得已的情況下，攜全家出走，經香港後僑居美國。在那個特殊的年代，一個具有民主和愛國思想、在中國共產黨領導下為祖國的社會主義建設作出過貢獻的藝術家，采取這樣的行動，不得不說是一幕悲劇。
1984年，吳祖強代表中央音樂學院在費城拜會老院長馬思聰夫婦於是僅僅在一夜之間，中國一代著名的音樂家成了“叛國投敵”的“反革命”。而當時執掌公安部大權的“頭頭”則親自將馬思聰出走的事件定性為“反革命”的“大案”。在那個“叛徒”、“特務”政治帽子滿天飛，“叛國投敵”者累累的年代，馬思聰遭此迫害本不足為奇，但是由於當時定為“大案”，性質嚴重，即便是在“四人幫”被打倒後幾年的時間裏，國內一般人在公開的場合下，仍然不太敢正麵談論有關馬思聰的一係列話題。
正是在這個時期，已經擔任中央音樂學院院長並在1984年1月至1985年1月兼任學院黨委書記的吳祖強，主持學院黨委作出了為馬思聰平反的決定並呈報上級批準。
1984年11月，吳祖強在率領中國藝術教育考察團赴美國考察訪問的途中，曾經專程看望了馬思聰先生一家。其中詳情，吳祖強曾撰寫了如下文字：
“……我在率領藝術教育考察團訪問美國時，曾經專程前往費城探望馬思聰先生一家，並向他轉達了文化部幾位領導同誌、音樂界的老朋友和中央音樂學院師生們的問候。馬先生和夫人王慕理及兒子馬如龍一同親切而熱情地接待了我。馬思聰先生已是73歲高齡，但身體和精神都很好，對我去看望他們和帶去國內同誌們的問候非常高興。他說很懷念祖國並一直記掛國內的朋友、學生和其他同誌們，關切地逐一詢問他們的情況，要我代他向大家致意。他輕鬆地和我談到在美國多年來的生活和創作活動，以及數次去台灣開音樂會及參加他的舞劇《晚霞》演出等情況。他說起話來還是和以前一樣慢慢地，坦然並平和，言談中常帶些許幽默的習慣也並無改變。令我極為感動的是，在一個多小時的交談中，他除了無限感慨地說：‘我出來18年了，這比我以前在國內生活的那段時間還要長！’而對於帶給過他極大不幸和傷害的‘文化大革命’中的不愉快往事，竟然未置一詞，倒是問了我不少關於國內各方麵、文藝界及中央音樂學院的現狀，多次提起並為近年來我們自己培養的青年、少年優秀人才在世界樂壇上連續為國爭光，感到非常欣慰。給我的印象是：現在他關心的主要還是國內各個領域，特別是文藝和音樂界的變化，關心學院工作的進展，關心國內青年音樂家的培養和成長。他仍然和我們一同為國內所有新的成就而興奮歡愉，同我們一樣希望國家取得更多和更快的進步。我清晰地感到，他的心仍然是和我們連在一起的。