天妒英才，1958年2月6日，可怕的災難降臨到“巴斯比的孩子們”身上。在參加歐洲俱樂部杯、淘汰了貝爾格萊德紅星隊後，曼聯隊一行在慕尼黑轉機，準備飛回英國。在那個天氣糟糕的下午，曼聯乘坐的G－阿爾蘇－609飛機兩次試圖起飛都沒有成功，在第三次嚐試中，飛機衝出跑道盡頭，撞入了那裏的建築物中。在這次災難中，機上43名乘客中有23人喪生。
主教練巴斯比和鄧肯.愛德華茲被從廢墟中救出，德國的醫生們救活了前者，但後者在16天後去世，年僅21歲。愛德華茲被認為是英國足球曆史上最有天賦的年輕人之一，他的死至今讓曼聯和英國人惋惜不已。這就是著名的“慕尼黑空難”。
之後的幾個賽季，曼聯進入了緩慢的恢複期，聯賽第7、第15，隻有1963年的足總杯是個驚喜，“黑馬”曼聯在決賽中擊敗了萊斯特稱雄。60年代中期開始，巴斯比帶領曼聯重振雄風，1965年和1967年，紅魔兩奪聯賽冠軍，曼聯從慕尼黑空難的廢墟上又站了起來。
1968年的冠軍杯冠軍是巴斯比留給曼聯的最輝煌記憶，在這支紅魔隊中，擁有博比.查爾頓、喬治.貝斯特(GeorgeBest)等一批優秀球員，5月19日，曼聯在冠軍杯決賽中4比1擊敗本菲卡，查爾頓打進2球、貝斯特1個、基德也有進帳，曼聯成為了第一支奪取歐洲冠軍杯的英格蘭球隊。
1986－87賽季開始後，阿特金森執教的曼聯隊戰績糟糕，在積分榜的末尾徘徊，聯賽杯又早早的出局，足總杯也被淘汰。曼聯在11月份做出決定，亞曆克斯.弗格森成為了曼聯的新主帥。在此之前，弗格森在蘇格蘭的執教成績很有說服力，他率領阿伯丁隊打破了凱爾特人和格拉斯哥流浪者輪流坐莊的局麵。在執教阿伯丁的8年中，弗格森率隊3奪蘇格蘭聯賽冠軍、4次蘇格蘭杯和1次蘇格蘭聯賽杯，還奪取了歐洲優勝者杯冠軍。
1987－88賽季，弗格森開始了對球隊的改造，他完成了三筆重要簽約，布賴恩.麥克萊爾來自凱爾特人、維維.安德森來自阿森納、斯蒂夫.布魯斯來自諾維奇。在這個賽季裏，麥克萊爾打進了31個聯賽以及杯賽進球，成為了繼喬治.貝斯特後又一個聯賽進球超過20個的曼聯球員。到1996年時，麥克萊爾為曼聯出場447次，打進了126球。布魯斯則在後來成為了弗格森手下最出色的中衛之一，是曼聯90年代王朝開端的重要功臣。
在87－88賽季奪取聯賽亞軍後，曼聯進入了一段低迷期，弗格森甚至差點丟掉帥位。88－89賽季，曼聯隻排名第11名，聯賽杯和足總杯中也沒有表現。與此同時，弗格森仍然在購買他想要的球員，韋伯從諾丁漢森林加盟，加裏.帕利斯特來自米德爾斯堡，保羅.因斯從西漢姆加盟。
89－90賽季是弗格森的關鍵一年，上賽季的糟糕成績讓他的聲望下跌，這個賽季聯賽中的持續低迷，讓曼聯開始考慮解雇弗格森。1990年初，弗格森在曼聯最困難的時刻到來，但足總杯上的勝利拯救了他，1/4決賽是一切的轉折點，曼聯1比0客場擊敗諾丁漢森林，馬克.羅賓斯的進球讓弗格森起死回生，後來有知情者透露，如果這場比賽輸掉，曼聯就將開掉弗格森。後來，在足總杯決賽中，曼聯3比3戰平水晶宮，又在加賽中1比0獲勝，這項冠軍保住了弗格森的帥位，雖然曼聯在聯賽中隻獲得第13名。
1990－91賽季，曼聯繼續在杯賽賽場獲得勝利，他們在決賽中2比1擊敗巴塞羅那，奪取了歐洲優勝者杯冠軍，這也是曼聯自1968年後的第一個歐戰獎杯。在聯賽中，曼聯比起上賽季有了提升，最終奪取第六，其間曾因和阿森納在場上打架被扣掉1分。當然，弗格森的陣容構建還在有條不紊的進行，舒梅切爾從布隆德比加盟，坎切爾斯基來自頓涅茨克礦工，英格蘭右後衛保羅.帕克則從皇家園林巡遊者隊加盟。這個時候，還沒有人意識到，一個空前強盛的新王朝正在醞釀中。
1991－92賽季，曼聯拿到了聯賽亞軍，坎通納率領的利茲聯隊捧起了獎杯，不過，聯賽杯冠軍給了紅魔安慰。1992年12月，曼聯完成了王朝構建的最後一筆簽約，他們從利茲聯挖來了坎通納，難以征服你，就把你招致帳下，弗格森的收購為曼聯帶來了日後的國王。另外值得注意的是，一批曼聯青訓係統培養出來的年輕人奪取了青年足總杯的冠軍，在這支青年隊中，有這樣一些日後如雷貫耳的名字：“李.夏普、貝克漢姆、吉格斯、內維爾兄弟、斯科爾斯、巴特……”