在一個城市中，有一個上初一的少年他叫王明輝（簡稱小輝），他是一個門門不及格的愛看《神奇寶貝》的白癡生。
這天他騎車子的時候想‘我神馬時候也可以穿越’就在這時他被車撞了，最後說了句話：“不是吧我隻是開個玩笑”然後，上天了。過了一段時間，他聽見有人叫他，他起來一看一個老頭站在他麵前，老頭說：“我可以讓你去另一個世界還可以讓你許7個願望”。“不是三個嗎”？老頭說：“你是第10個人，所以紀念一下”。“不是吧，這都可以，好了言歸正傳，第一個願望我要有超能力，能聽得懂精靈的話。第二個願望我要有所有的神獸。第三我要人見人愛車見車爆胎的容貌。第四我要有個神魔都能裝的空間盒子。第五我要帶12隻精靈。第六我要運氣好像陸小果一樣。第七我要個好的家庭背景，好了沒了。老頭說：“不是把這麽貪心？算了，好吧幫你實現吧。不過會在以後慢慢出現，好了再見，拜拜我去打電腦去了”。小輝說：“我倒。”
過了不知多久，小輝慢慢睜開了眼睛發現有兩個人在看著他，他忽然發現自己變成了嬰兒，原來不是夢是真的他發現他的父母一個是用龍係的，一個是普通係的，而他的身邊有兩個還沒孵化蛋。
過了十年終於可以去訓練了，他拿這伊布和寶貝龍的球，去大木博士那裏領了一隻蛋（因為他比小智起的還晚）。他在村口碰到了小蘭和小茂。小蘭說：“小輝我用的是妙蛙種子，小茂用的是傑尼龜，你用的什麼”？小茂在一旁冷冷的笑道：“他比小智那家夥還晚怎沒可能有精靈那，算了就算有也打不過我，哈哈哈哈哈”！！！！小輝說：“有種比比”。小茂說：“你連精靈都沒有打神馬打啊，有精靈再打吧。”小輝召喚出寶貝龍，小茂說：“你居然有精靈，不過還是我厲害”。小茂說著召喚出了傑尼龜。
比賽開始，寶貝龍使用了頭擊，速度快的驚人，一瞬間就把傑尼龜打趴下了。小輝說：“垃圾”收起寶貝龍揚長而去，隻剩下小茂抱著傑尼龜吃驚的神色。
出了村口小輝看到了一隻特別的皮卡丘，突然小輝的球掉了下來隻聽啪的一聲抓到了，過了半個小時小輝就抓了4隻閃光精靈。都是精英中介的。他快馬加鞭的跑到了小智碰到鳳凰的地方，這時小智果然來了他躲在一處拿著照相機拍下了鳳凰的照片。然後去了常磐市的神奇寶貝中心。
到了那碰到了小智，小智說：“小輝我太沒用了竟然讓比卡丘受了那樣的傷”。小輝說：“你以後要好好愛惜精靈啊”。小智坐到電話旁跟大木博士聊天，內容當然是鳳凰。但大木博士不信，小輝拿著照片給大木看了，大木吃驚死了。十二點，他起床拿起一個球，一個神秘的球。火箭隊一出現，小輝對球說能量提升。之後皮卡丘一個電就把火箭隊他們打飛了，然後他又睡了。
第二天，他去了深灰市，突然蛋發光了孵出了一隻金色鯉魚王。進了道館我們的棍神小剛同誌拿出小拳石愣了出去，小輝找出鯉魚王。小剛說：“鯉魚王就是鯉魚王，你以為塗上金油漆就很強嗎，看來你還不懂，想贏徽章還早一百光年那。”結果小拳石被一個衝擊打敗了，這是鯉魚王進化成了一隻銀色的暴鯉龍。小剛自動認輸，他拿著徽章揚長而去，隻留下剛哥的狂汗。
第三天他給大木博士看了暴鯉龍，大木博士還是一樣驚死了，小輝去了湛藍市。話說他已經抓了8之精靈了。（下次給大家列一下）到了道館拿出皮卡丘，櫻花拿出毒刺水母，比卡丘一個電擊被毒刺水母返回來擊斃了。小輝拿出暴鯉龍，暴鯉龍用水爆，毒刺水母用毒素，兩股力量在天空上相碰撞引起了大爆炸。爆炸後毒刺水母果然不如暴鯉龍血厚，因體力不支倒下了。所以小輝勝利，小輝拿上徽章走出道館，心想天氣真不錯訓練一下精靈吧。
小輝看到沒人在就把精靈都召喚了出來，有：尼多蘭、尼多朗、暴鯉龍、皮卡丘、波波、寶貝龍、伊布、大鉗蟹（比小智那隻還發育不良，不過時至閃光的），還有隻沒召喚。小惠開始布置所有精靈的任務。突然從天上掉下個小盒子，裏麵有很多訓練用的東西。小輝拿出腳墊綁在皮卡丘身上讓皮卡丘練速度，給大鉗蟹一個剛石來鏈鉗子，給尼多蘭和尼多朗沙袋來練角部，也給寶貝龍一個沙袋，給波波和暴鯉龍帶上重量裝置來練力量和速度，而伊布則是玩毛線球，其他精靈都眼紅了。然後小輝帶著那個球做到樹上說：“沒想到我的第一隻神獸精靈竟然是你，開神馬玩笑，童鞋們千萬不要相信陌生人。”