神奧地區，米季納鎮中的神殿一族居住地內。
一名長相英俊的少年正盯著一隻停在樹上的姆克兒，不過少年的表情有些吃驚、迷茫還夾帶著一絲害怕，嘴裏還念念有詞的說道：“真的是姆克兒，這到底是怎麼回事，難道我真的穿越到神奇寶貝世界了？”
這名少年叫凱文，是神殿一族為數不多的後裔之一，他還有一個不為人知的秘密。
三天前凱文還是中國的一位宅男，名字叫文凱，因為家中有兩座房子用於出租，讓他根本不需要為生計所困擾。平時也是無所事事，隻能用漫畫跟遊戲打發時間，其中最喜歡的就是跟神奇寶貝，隻要跟神奇寶貝有關的一切他都想辦法接觸。
那天晚上他重新看完了所有的劇場版，無聊之下打開了NDS，加載了他覺得最經典的《鑽石與珍珠》版本。不過由於通關了太多次，不想在前麵的練級浪費時間，凱文打開作弊器，開始修改他想要的神奇寶貝。
在眾多神奇寶貝當中，他最喜歡的還是傳說中創世神阿爾宙斯的影子，實力強大並且異常霸氣的騎拉帝納，也就是俗話所說的冥王龍。因此他首先修改的神奇寶貝就是騎拉帝納，將各項屬性都調到最高，等級也改成滿級，身上攜帶的道具是白金玉，可以讓騎拉帝納在現實世界當中保持起源形態。
可是他當準備修改第二隻神奇寶貝的時候，機箱卻發出了一陣“劈裏啪啦”的聲音，接著冒出火光，還沒來得及做出反應，機箱就發生了爆炸，之後他就感覺一陣黑暗襲來，等到醒來的時候，就發現自己來到了神奇寶貝的世界當中。
這個被他占據身體的神殿一族的後裔的名字也叫凱文，三天前正好是十五歲的生日，不過也正是他覺醒超克之力的日子。
當時的他正在覺醒的關鍵時刻，不過可能因為天賦的不足，卻想要強行覺醒，使得意識陷入了昏迷，就在要覺醒失敗的那一瞬間，因為不知名的力量，自己穿越時空占據了他的身體，而且還在那股不知名的力量幫助下完成了超克之力的覺醒。
聽神殿一族的西娜和克賓說自己覺醒超克之力之時，騎拉帝納突然從反轉世界中出來，來到了自己的房間上空，差點引起了守護神殿一族的時間之神迪亞魯卡和空間之神帕魯奇亞的誤會，不過後來發現騎拉帝納好像並沒惡意之後，眾人才安心了下來，可是之後發生的事情又讓大家的心提了起來。
可能是感受到了穿越時空所帶來的空間能量，讓帕魯奇亞感到不安，一度想要發起攻擊，不過帕魯奇亞還是涉於騎拉帝納的實力不敢亂來，最終這股能量來得快去得也快，發現並沒有什麼危險之後，帕魯奇亞也就放棄了攻擊的打算，確認沒有危險之後，騎拉帝納回到了反轉世界去了，看見騎拉帝納走掉之後，迪亞魯卡和帕魯奇亞也更自回到了自己的空間。
等到醒來自己的時候已經第三天的早晨了，就有了之前的這一幕，可是讓凱文更吃驚的事情發生了，他發現並不是隻有自己穿越了，爆炸之前正在使用的作弊器也跟著穿越過來了，不過不知道因為什麼原因使得作弊器變了模樣，變成了一個超級係統。
超級係統分為三部分，任務係統、商店係統和寵物係統，任務係統顧名思義就是發表任務的係統，完成任務之後就可以獲得積分，積分是用於購買道具和商品還有神奇寶貝所要的。商店係統之內有著各式各樣的道具和商品，像什麼雷之石、火之石之類的普通道具應有盡有，甚至還有創世神阿爾宙斯的生命之源，十六塊石板之類的超級道具，不過這類道具所需的積分高得嚇人，每個十萬積分。最後就是寵物係統了，裏麵有出售幾乎包含了所有的神奇寶貝，排在第一的當然是創世神阿爾宙斯，‘阿爾宙斯，神奧神話中世界的創造者，被稱為“神”的幻之神奇寶貝。購買所需積分：？？？，購買條件：？？？’一個堆問號搞得凱文有些頭大，排在下麵的就是眾多神獸，所需積分也會因能力的強弱、稀有的程度而不同，高的比如像騎拉帝納、迪亞魯卡和帕魯奇亞之類的超級神獸購買所需要的積分高達數十萬，而且不單單需要積分，還必須要成為某個地區的天王之後才有資格購買，低的也有像火焰鳥、雷電鳥和急凍鳥之類的普通神獸購買所隻需要的一、兩萬積分，隻需要取得某個地區的大賽冠軍就可以購買，還有就是像快龍、烈咬陸鯊和暴蠑螈之類的龍係準神獸，購買所需要的9999積分，最後就是一些普通的神奇寶貝，購買也需要不扉的積分，不過除了神獸之外其它的神奇寶貝都可以購買最初形態，可是就算是這樣也是非常的強大，因為係統出品的神奇寶貝天賦都非常的出眾，而且初始形態隻需要三分之一的積分。