書齋生涯，讓閻錫山的身體每況俞下，帶著“反攻大陸”的不死之心，離開了人世；他曾經占據的山西，他叱吒風雲的幾十年，也隻能出現在曆史的某一頁中了。
閻錫山曾被孫傳芳（兩人係留日時的同窗）戲稱為“廚子將軍”。孫傳芳的本意是譏諷他“隻守著山西一省的範圍，沒有雄略遠誌”，就如同一個廚子，“整天雙手勤勞操作，總是周旋在廚房內的一小塊方寸之地，用刀範圍不超出那塊菜板之外”。但同時又是對他生活上不尚奢華，崇尚自然的白描。
閻錫山一生，在風雲際會搏擊政壇的同時，頗注重養生之道。平日裏起居有定，飲食有製；布衣素食，反對鋪張；深居簡出，疏於遊曆；煙酒不沾，嗜好全無。
山居之後，雖生活益加規律，但由於不遺餘力地潛心著述——有時一天伏案時間長達12小時；有時“午夜忽醒，略思有得，即起而錄下”。久而久之，體質便有所下降。起初是糖尿病，後來又引發動脈硬化症，同時伴隨有較為嚴重的胃病。
1959年初，閻錫山因胃病複發，動脈硬化加劇，心跳間歇嚴重，不得不暫時擱筆，住進台大醫院治療調養。
也就是在1959年這一年，他的兩個至交好友先後故去。
1月2日，始終對他言聽計從的五台同鄉、昔日的戰區副司令長官楊愛源病逝。同年7月12日，另一在台同鄉、與他相知相交，並能直言是非的徐永昌又隨楊愛源而去。兩友的相繼辭世使他傷感不已，在親往台北吊祭的同時，分撰祭文。
身體的每況愈下，摯友的去世，使閻錫山在憂傷之餘產生了緊迫感。因此，1959年4月24日，他在複友人函時，寫下了這樣一段話：“我寫書就是我最樂做的事，我是為古人鳴冤，為今人申冤，為後人防冤，如泉水外湧，越湧越舒暢。我需要在世的日子很短了，再有二年，就將我一切願說的話，願做的事，可以說完做完了。我這雖不是聞道而死，可以說是盡情而死，了無遺憾。”
就是在如此的背景與心境下，閻錫山立下了他的遺囑，並自擬挽聯。遺囑的主要部分說的是身後舉喪之事，具體內容如下：
一、一切宜簡，不宜奢。
二、收挽聯，不收挽幛。
三、靈前供無花之花木。
四、出殯以早為好。
五、不要放聲而哭。
六、墓碑刻思想日記第100段：“義以為質，禮以行之，遜以出之，信以成之，為做事之順道。多少好事，因禮不周，言不遜，信不孚，致生障礙者，比比皆是。”第128段：“突如其來之事，必有隱情，惟隱情審真不易，審不真必吃其虧。但此等隱情，不會是道理，一定是利害，應根據對方的利害，就現求隱，即可判之。”
七、七日之內，每日各讀選作（事先已選好）之《補心錄》一遍，每七早晚各讀一遍，至盡七為止。
挽聯則甚為蹊蹺。閻錫山生前自擬挽聯共有四副，並具體安排了所掛之處：
其一，上聯：“避避避，斷斷斷，化化化，是三步工夫。”下聯：“勉勉勉，續續續，通通通，為一等事功。”橫批：“朽嗔化欲。”掛於靈前。
其二，上聯：“擺脫開，擺脫開，沾染上洗幹淨很不易。”下聯：“持得住，持得住，掉下去爬上來甚為難。”橫批：“努力擺持。”掛於簷柱前。
其三，上聯：“有大需要時來，始能成大事業。”下聯：“無大把握而去，終難得大機緣。”橫批：“公道愛人。”掛於院中。
其四，上聯：“對在兩間，才稱善。”下聯：“中到無處，始叫佳。”橫批：“循中蹈對。”掛於院門。
自擬挽聯的做法本來就非尋常人所為，若再加上充滿玄機的內容，更令人捉摸不透。這些似警句非警句，似讖語非讖語的文字，是他自己的人生感悟？是他對世事的洞察？是“高深莫測”？是故意賣弄？是，又不是，虛虛實實，實實虛虛，成了善於故弄玄虛的閻錫山留給世人的最後一個難以解開的謎。
來日無多的緊迫感使閻錫山更加全身心地投入他所謂“為古人鳴冤，為今人申冤，為後人防冤”的著述之中。1959年2月16日住院之前，正擬做《三百年的中國》、《世界大同》兩稿的修改工作。住院期間，便帶書稿到醫院，著手進行。住院50天，病情有所好轉後，出院繼續他的“工作”。這年，除修改上述兩書外，又寫《閻錫山早年回憶錄》、《我對孔子的認識》、《我國的人口問題》等。
1960年初，《三百年的中國》初稿，複核將畢，閻錫山命隨員選購市麵各種版本的《二十五史》及《十三經》，擬將《三百年的中國》及《世界大同》稿修改複核完成後，秋季開始寫《讀史感想》、《讀書隨錄》。手無毛瑟的一級上將，緊握寸管，執著地實施著雄心勃勃的寫作計劃，要說完他“願說的話”，做完他“願做的事”。
然而，天不假年。
5月2日，老暮的閻錫山突患腹瀉。10日開始又添下肢浮腫之症。16日，腹瀉雖止，浮腫卻延至臉部，且精神欠佳。病況日重一日，乃至連5月20日舉行的台北國民黨政府第三任總統、副總統就職典禮也不能出席。
5月21日，病情繼續加重。在此之前，曾與人有約。待上午11時，客人在賈景德陪同下依約而至時，閻錫山已“不能站立，舌僵，語言困難，頭低垂”。遂延醫緊急調治，病情稍緩。