（3）放置元器件：就是將所需要的元器件符號從元器件庫中調入到原理圖中，並對元器件進行整體布局。
（4）進行布線及調整：將各元器件用具有電氣性能的導線連接起來，並進一步調整元器件的位置。在比較大型的係統設計中，原理圖的走線並不多，更多的時候是應用網絡標號來代替直接的線路連接，這樣既可以保證電路的電氣連接，又可以避免整個原理圖看起來雜亂無章。
（5）電氣規則檢查：可以檢查原理圖中是否有電氣特性不一致的情況。如果存在電氣特性不合理的情況，係統會按照用戶設置的電氣檢查規則及問題的嚴重性，以錯誤或者警告等信息來提示用戶注意。
圖紙設置
1）圖紙的大小與形狀
如果用戶想設置圖紙的大小與形狀，選擇“DocumentOptions”對話框，在該對話框的SheetOptions選項卡中進行設置。
（1）設置圖紙尺寸
用鼠標單擊Standard旁邊的下拉按鈕，可以從中選擇所需要的圖紙尺寸。各種標準圖紙的大小比較為：A0、A1、A2、A3、A4為公製標準，依次從大到小；A、B、C、D、E為英製標準，依次從小到大；此外係統還提供了ORCAD等其他一些圖紙格式。
區域中各項的內容說明如下：
CustomWidth：設置圖紙寬度。
CustomHeight：設置圖紙高度。
XRefRegion：設置X軸框參考坐標刻度。
YRefRegion：設置Y軸框參考坐標刻度。
MarginWidth：設置圖紙邊框寬度。
（2）設置圖紙方向
單擊Orientation旁邊的下拉按鈕，就可以設置圖紙方向。
Landscape：圖紙水平放置。
Portrait：圖紙垂直放置。
2）圖紙的網格
（1）網格類型
Protel99SE提供了兩種不同形狀的網格，分別為線狀網格（LinesGrid）和點狀網格（DotGrid）。
網格的設置可以通過以下步驟來完成：
①單擊菜單欄“Tools”，在下拉菜單中選擇“Preference”，係統會彈出“Preference對話框”。
②在“Preference”對話框中單擊“GraphicalEditing”選項卡，在“Cursor/GridOptions”區域中單擊Visible選項的下拉箭頭，從中選擇合適的網格類型。
③設置完成後單擊“OK”按鈕。
（2）柵格尺寸
圖紙柵格尺寸的設置是在前麵進行的，該區域中有兩個選項。
SnapOn：鎖定柵格。選中此項表示開啟柵格鎖定功能，也就是原理圖中的元器件或者導線等電路符號隻能放置在柵格線線條上。該選項後麵的編輯框用於輸入柵格的大小，單位為mil。
Visible：可視柵格。選中該項表示開啟柵格顯示功能，也就是原理圖的背景上會出現網格。該選項後麵的編輯框用於所輸入顯示網格的大小，單位為mil。
ElectricalGrid：電氣節點。若選中此項，係統在連接導線時，則以光標位置為圓心，以Grid欄中設置的值為半徑，自動向四周搜索電氣節點，當找到最接近的節點時，就會將光標移動到此節點上，並在該節點上顯示一個圓點。此項一般選中。
3）圖紙顏色
Protel99SE默認的工作區顏色為淡黃色，如果用戶想自己設置一個滿意的顏色，可以Options區域中進行設置。
單擊選項右邊的顏色條，係統會彈出“顏色選擇”對話框，用戶可以從中選擇自己需要的工作區顏色，選擇好後單擊確認按鈕即可成功設置工作區顏色。
如果在“顏色選擇”對話框中沒有找到自己滿意的顏色，還可以單擊按鈕，進入的“自定義顏色”對話框。在該對話框中自定義一個滿意的顏色後，單擊“確定”按鈕，即可將該顏色設置為工作區的顏色。
4）設置係統字體
用戶如果希望設置係統顯示的字體，則可以在工作區單擊右鍵，在“DocumentOptions”（文件信息）對話框中單擊SheetOptions選項卡下方中部的按鈕，即可進入的“字體設置”對話框。在該對話框中設置好字體選項後，單擊“確定”按鈕，即可完成係統字體的設置工作。