從第一部開始，宇智波佐助、春野小櫻、漩渦鳴人（九尾被其爸爸四代火影封印在他體內）是第七班（老師：卡卡西），後來大蛇丸（三忍之一）攻擊木葉把三代火影殺了。之後，宇智波鼬（佐助的哥哥，曉成員）出現了，佐助不知真相，以為鼬滅族，便想複仇。之後綱手（三忍之一）當了火影。佐助發現實力遠遠不及鼬，便投靠大蛇丸，在投靠途中於終結之穀與鳴人發生天崩地裂的決戰，勉強獲勝。鳴人發現自己無法帶回佐助而跟從自來也（三忍之一）修行。第一部就這樣草率的結束了。第二部（疾風傳）時間為第一部5年後，大家都成長了，曉（為了捕獲尾獸的組織，創始者：佩恩，幕後黑手：宇智波斑）也開始活躍。鳴人修行回到木葉後，得知風影我愛羅（一尾在他體內）被曉成員迪達拉、赤砂之蠍捕獲，前往沙忍村。我愛羅後來複活了（具體不說了）。後來佐井（木葉暗部根成員）加入第七班，卡卡西養病（寫輪眼過度），大和代替了他。他們遇見了長大後的佐助，佐助太強了，他們都輸了，佐助也離開了。角度和飛段（都是曉成員）抓了二尾，在木葉殺了阿斯瑪。鳴人用新術螺旋手裏劍幹掉了他們。佐助殺了大蛇丸，找了水月、香菱、重吾做夥伴尋找鼬。佐助在途中與迪達拉戰鬥，迪達拉自爆，佐助成功逃脫。佩恩與自來也發生激戰，自來也戰死。佐助將鼬幹掉了（鼬嚴重放水）。斑告訴佐助宇智波一族滅族原因（不多說了，你自己看）。佐助等人加入了曉，靠著新的萬花筒寫輪眼成功捕獲八尾，但其實捕獲了八尾的提替身。鳴人學了仙術，在木葉與佩恩發生激戰（這段特別精彩，有四代出現，長門回憶），最終長門（控製六道佩恩擁有輪回眼的人）改邪歸正，犧牲性命複活了很多人（自來也除外）。團藏在五影大會會議中企圖用寫輪眼控製會議主持推舉自己為盟軍首領。被水影隨身護衛青識破（青有一隻白眼），原來團藏繃帶下的右眼和右臂是從宇智波止水身上移植而來的。這時白絕出現在會議場，打斷會議，佐助在場外準備找團藏尋仇。團藏趁機逃跑，佐助仗著須佐之男跟其餘幾影硬拚敗陣，斑及時趕到救下佐助。斑開始講述六道仙人的故事，六道曾是十尾人柱力，臨死前用地爆天星將十尾實體困在月球上，並將十尾查克拉分成九份成為九隻尾獸。斑說出收集尾獸的目的：成為十尾人柱力，實行對全世界進行催眠的無限月讀。隨後要求忍者五大國交出八尾九尾，遭拒絕後宣布第四次忍界大戰。斑帶佐助追上團藏，團藏亮出右手（手上N隻寫輪眼），發動寫輪眼禁術：伊邪那岐，但依然敗下陣來。佐助寫輪眼使用過度失明，斑為佐助移植鼬的雙眼。同時，八尾VS鬼鮫，打得難解難分的時候雷影趕到，兩兄弟幹掉了鬼鮫（其實鬼鮫沒死，隱藏在大刀鮫肌中被八尾帶回雷隱村，執行潛入任務）。兜移植了大蛇丸的細胞，變得比大蛇丸還BT。他找到斑要求合作，使用穢土轉生召喚出長門、蠍、鼬、角都、迪達拉及最後一具神秘棺材，斑答應合作。鳴人來到八尾修行的島嶼（隨行人員有大和、凱和另一位上忍山城青葉），跟隨八尾學習控製尾獸。在修行中，需要拉出九尾查克拉，在鳴人被九尾的意識侵蝕的時候，鳴母玖辛奈出現在鳴人的意識中（跟四代出現的方式相同），鳴人在母親的幫助下成功分離了九尾的意識和查克拉，顯現出了仙人體。接下來，玖辛奈開始講述16年前九尾襲擊事件的真相。玖辛奈來自渦之國，她是作為下一任人柱力而來到木葉村的，千手一族與漩渦一族乃是血親，漩渦族的人擅長封印（四代的封印術是玖辛奈教的）和擁有超人的生命力（渦之國後來在忍界大戰中覆滅），上上任九尾人柱力是初代火影的妻子，同樣來自於漩渦一族。16年前，玖辛奈將要分娩時（即她對九尾的控製力最弱時），麵具男（也就是現在的阿飛）抓準時機利用剛出生的鳴人將四代調虎離山，抓走玖辛奈強行召喚出九尾。在九尾攻擊木葉的時候，調開四代並交了手（兩大時空忍術的交鋒），四代能夠傷到他卻無法打敗他（用螺旋丸打斷他一隻手，但他擁有恢複肉體的能力），阿飛占不到便宜遂隱遁（或者說也許阿飛的目的已經達到了），四代回到戰場麵對九尾。四代原本可以不用死，玖辛奈準備以最後的查克拉與九尾同歸於盡以保全丈夫兒子以及木葉，但四代為了今後有人能夠對抗麵具男，選擇了將九尾的一半查克拉進行了屍鬼封盡，一半查克拉用八卦封印封印在鳴人體內，在鳴人體內設置了查克拉為了能在將來見到鳴人，然後與玖辛奈共赴黃泉。故事講完，玖辛奈離開。鳴人完成修行，在使用九尾查克拉時會顯示出仙人體（再加上仙人狀態與兩大蛤蟆合並，估計實力會更上一層樓），並擁有了新的能力（擁有強盛的生命力，能夠感受到負麵感情，得到了在一定程度上可與金色閃光媲美的速度），因此發現了藏在鮫肌中的鬼鮫，一拳打得鬼鮫吐血落荒而逃。鬼鮫在逃跑過程中剛好遇上來找鳴人的凱一行人（AB故意創造了機會給鬼和凱兩人單挑，其他人被迫狗血地讓道了，凱一下子就開到了六門）。鬼鮫把情報放入召喚出的鯊魚腹中，被凱追上，於是施術出現無數鯊魚混淆視線，由於鯊魚數量太多朝孔雀應付不過來，凱被迫開到第七門，使出必殺技“晝虎”，鬼鮫的大鮫彈之術瞬間瓦解，截下了鬼鮫的情報，鬼鮫被秒到遍體鱗傷被俘，其他人追上，山城青葉使出與山中亥一類似的能力讀取鬼鮫的記憶（來到的島上的人個個人盡其用，AB太假了），記憶中出現鬼鮫第一次見到阿飛的場景（阿飛一直在操縱三尾人柱力四代水影矢倉，這時從水影身後現身在鬼鮫麵前），鬼鮫對阿飛的忠心類似於君麻呂之於大蛇丸以及白之於再不斬（知遇之恩可以為之兩肋插刀，火影中很少有絕對的壞蛋）。這時鬼鮫為了不讓情報泄露咬舌以保持清醒，並掙脫束縛召喚出鯊魚把自己吃掉了鬼鮫壯烈犧牲。鳴人等人為了確認情報裏的內容，打開卷軸後中了陷阱被攜帶情報的鯊魚逃脫。