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時代是新西曆，人類正式進出宇宙已達兩個世紀，但2次的大型隕石墜落，讓人們的生活依然停留在21世紀初的狀態。
新西曆179年，第3顆隕石墜落於南太平洋。但它不是顆單純的石頭，而是封有人類未知物質與技術情報的特殊物體。地球連邦政府成立專職研究與管理的「EOTI機關」與「EOT特別審議會」進行秘密調查。之後，EOTI機關的代表「比安博士」提出了研究結果，表示地球有被地球外生命體侵略的危機。作為對抗的力量，人型機動兵器「PersonalTrooper」（簡稱「PT」）的研究開始蓬勃發展。
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茫茫宇宙中，飄浮著一顆蒼白色的星球，此刻在它的內部，一名藍色長發的男子漸漸蘇醒了。
“這裏是……哪裏？我是……我的名字是Aleph……不對……”藍發男子正在默念著，這時麵前的屏幕上出現一個戴著奇怪麵具的人。
“你是？”
“現在，憑依在此時此刻了嗎？真是因緣哪……不過，現在的話也許可以收服你……”
還沒等藍發男子反應過來，一個尖銳的聲響在他腦中“嗖’地響過……
藍發男子此刻腦中一陣劇烈的疼痛，而麵具男詭異的聲音仍然在他耳邊響起：“給你戴上枷鎖了，從今以後，你就是我的傀儡了。……有人從禁斷之地中走出去了，他們自己打破了結界，這樣一來，我們就可以幹涉那個星球了……”
“我們必須比愚蠢的靈帝和那些監察官們先下手。得到最後的王牌的，非我們哥茨莫屬。去執行任務吧，Aleph·Balshem，我會從遙遠的地方，注視著你……”
從白色星球中出現了大群的蟲狀物體，向著未知的地方飛去。
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新西曆179年，人類在探索宇宙的征途中遇到了極大的阻礙，也許，廣闊的宇宙空間並不是人類應該去涉足的區域。
在太陽係冥王星外的宙域，人類派遣的第一艘向外太陽係區域探索艦——飛龍號，正麵臨著它最大的危機，人類從未見過的可怕機體，把這艘先進戰艦死死包圍。
“趕快報告本艦受損情況！”艦長水無瀨大鐵回頭望著身後。
“從第4到第9區，還有第2艦橋嚴重破壞。第1、第2主炮無法一起使用……”副艦長肖恩答道。
“巨盾的情況怎樣？”
“正被身份不明的機體圍住，無法脫身。”肖恩望著舷窗外的激烈戰況，無可奈何地說道，“敵人的科技遠遠超過了我們，戰力差距太大了……艦長，還是撤退吧……”